360年前，也就是魯濱遜飄落荒島的第2年，即1660年，他在六月十九日的日記中寫道：很不舒服，發抖，像天氣很冷似的。六月二十日：整夜不安寧，頭很痛，發高燒。……六月二十五日：嚴重的瘧疾，持續了七個小時，時冷時熱，最後才出了點汗。
魯濱遜一個人在荒島上好不容易安頓下來，突然因得了瘧疾，四顧茫然，悲從心來，很快感覺自己就要死了，時時刻刻都在恐懼與後悔中煎熬。曾經不曾懺悔過的自己，現在懂得了懺悔。
他在書中唉聲嘆氣地寫道：
我是一個沒有善惡觀的人，8年來我一直過著水手的罪惡生活，並且一直跟一些和我一樣罪大惡極、不信奉上帝的人混在一起，小時候從父親那裡受到的良好教誨早已消失殆盡，這麼多年來，我不記得曾經想到過上帝或者反省過自己的行為，我的心靈完全被愚昧冥頑所佔據，不知向善，也不知棄惡，我完全變成了一個麻木不仁、頭腦簡單、作惡多端的水手，危難時不知畏懼上帝，得救時也不知感激上帝。
……現在我病了，死亡的痛苦開始擺在我面前，同時我的精神因為肉體的病痛而逐漸低沉，我的體力因為劇烈的發熱來逐漸消耗。我那沉睡已久的良心，便開始覺醒，開始責備我過去的生活，顯然由於我在過去的生活中犯了許多不同尋常的罪行，這才惹怒了公正的上帝，給我以這樣不同尋常的打擊，用報應來懲治我。
他在因病無助的時候一味地喊著：上帝，救救我吧！這時候他又想起了父親曾經勸告他不要航海的忠告。生病的那些天，他就這樣在痛苦與悔恨中，不停地向上帝祈禱懺悔。在向上帝祈禱與懺悔中，他反而變得安靜了下來。突然有一天，他想到了自救。他把這歸結於是上帝賜給他的靈感。
他想到了在巴西生活的那幾年裡，看到巴西人不管生了什麼病都不吃藥，只吃菸葉。可他從海上破船裡打撈上來的箱子裡就放有一捲菸葉，其中大部分是熟菸葉，也有部分未經烤制的青菸葉。於是他就去打開箱子找那些菸葉，也就是在找菸葉的過程當中，他發現了幾本自己曾經保存在箱子裡的書，其中有一本《聖經》。
這個多少年都沒有看過《聖經》的他，頓時覺得自己既找到了醫治肉體的藥——菸葉，也找到了醫治靈魂的藥——《聖經》。於是他把菸葉和《聖經》一起取出來，便開始試著用菸葉治病。在試了各種方法之後，他總結出把菸葉放在甘蔗酒裡浸泡幾個小時，在臨睡之前喝效果比較好。他還把菸葉放到火上燒，讓那菸葉慢慢燃燒時產生的煙子燻他的鼻子，一邊燻一邊讀著《聖經》。
那天晚上，他喝著泡了菸葉的甘蔗酒，居然睡了一天一夜才醒來。當他醒來的時候，突然覺得神清氣爽，痛快異常。經過幾次的藥酒治療，到了七月三日，他的病就完全好了。自從有了這次大難不死的經歷，魯濱遜才開始慎重其事地經常讀《聖經》。