雖然《賽德克·巴萊》在島內的票房收入沒能達到贏利點，但是，魏德聖拍攝了前所未有的臺灣大片。要談論《賽德克·巴萊》，那開篇部分必然會是不同版本的考證。因為觀看的版本不同，那也會直接影響對電影本身的評價。就以刪減版的《美國往事》和《天堂電影院》為例，其故事甚至發生了實質改變，觀眾很容易偏離作者意圖。
《賽德克·巴萊》的第一個版本是威尼斯電影節放映的國際版（電影節版），片長150分鐘，映後反饋以惡評為主。尤其是內地記者和影評人，清一色的狂毆痛罵，此舉也引發了臺灣媒體的反擊。後來魏德聖解釋說，這個版本不是自己剪的，它是為了趕時間參賽，吳宇森公司那邊剪出來的。正因如此，這才有了後來的第二個國際版，也就是送去美國放映和參選奧斯卡的導演剪輯版，片長155分鐘，簡稱國際通行版。毫無疑問，第二個國際版比第一個要強，也肯定比臺灣的上、下兩集連映要強（276分鐘）。可能考慮到影片實在太長，無異於「膀胱大作戰」，香港上映時，下集被刪減到109分鐘，大大縮減了長度，無奈依然評價反響不佳。到了引進內地時，那肯定是在第二個國際版的基礎上刪改。所以，你沒看錯，沒發行DVD之前，光是參加影展和上映，《賽德克·巴萊》一共就有五個版本……顯然，魏德聖拿了吳宇森的錢，又拿了很多人的錢。他「不得不」沿用《赤壁》的上下集發行模式，另一邊還捨不得刪減素材，好以此向世人證明：你們看到了吧，我把錢都用上去了，沒有任何私吞。簡而言之，如果《賽德克·巴萊》仍舊沿用上下集的模式，我會覺得上集不錯，有新意更有銳氣，其格局比《海角七號》要大出太多，耗費導演不少心力。但是評價一旦落到下集，那當真是又臭又長，硬傷無數，只想快進。
我們常說，大片不只是大投資、大導演，更不是搬來一堆巨星，那就能拱出個好來。對《賽德克·巴萊》而言，大片並不一定就要276分鐘的片長。恰恰相反，一百五十分鐘已經是它的極限了。從投資級別來說，《賽德克·巴萊》耗資巨大，動工了臺灣大批的技術人員，完成度也還可以，島內震動。只是對著一堆素材不知道如何下手，這點上，魏德聖多少有點優柔寡斷，沒有快刀斬亂麻的利索勁。影片的最大優點是獨樹一幟，它以原住民的歷史題材入手，這在內地是不可想像的，在香港是沒有歷史條件和天然環境。在選題和執行上，魏德聖完成得很出色。他對霧社事件的關注，對身份認同的反思，這些都促成了《賽德克·巴萊》的拍攝。影片的拍攝成功，又給華語導演的勵志故事添上一筆。對很多臺灣人來說，《賽德克·巴萊》的意義就是把歷史課本上的一行字，變成了一部有血有肉還有「人頭」的歷史大片，算得上精彩好看。對華語觀眾來說，他們終於看到了氣質不大一樣的大片，技術出色、演員樸實，內容激蕩，更能引起一定的反思。
然而，《賽德克·巴萊》也有它的莫大缺陷，那就是主要人物太過平板，缺乏內心戲。尤其是賽德克族一方，從強勢、隱忍到反抗，其中是有明顯的掙扎過程，不過這些都太表面化了，流於形式。到了後面的戰鬥場面，那就是千篇一律，毫無懸念可言。不過解釋其原因可能也很簡單，這些非職業演員能改造身體，更能頑強堅持，但是他們難以駕馭住情感，控制自如。試想，如果沒有一郎、二郎這般角色的存在，從劇本上去描畫，《賽德克·巴萊》將失去真正的靈魂，同時缺乏討論的意義。在他們身上，電影呈現了身份認同的痛苦，他們不知道自己身屬何方，自知萬劫不復，惟有以死謝罪。再不然到日本一方，無論是小島源治還是派遣軍司令，他們除了在血櫻花下感慨一番，似乎功能無多。
但即便有明顯的瑕疵不是，《賽德克·巴萊》依然展示了驚人的信息容量。在還原歷史和文化習俗的決心、對信仰和神話傳說的表現、適當提拔和升華的英雄主義、穿越林間的運動長鏡頭、近乎外語片的觀賞語境……這些東西不僅在過去一年極為罕見，即便放到過去十年的華語電影裡，《賽德克·巴萊》依然值得肯定。有趣的地方還在於，《賽德克·巴萊》完全沒有對野蠻和文明的話題指手畫腳，它讚美原住民的勇氣和信仰，又表現了他們殘殺日軍婦孺的血腥場面；它站在日本人的角度上拋出了武士精神的同源之說，對原住民的行為產生了敬佩之心。它重現了上世紀30年代的霧社事件，展示獵場和家園之爭，讓斑駁的巖石壁畫從模糊到清晰——一場關於野蠻與文明的交戰。無論選擇抗爭還是選擇自刎，賽德克族都抱有野蠻人的驕傲，這恐怕也是最能打動魏德聖的地方。