在持續了40多天的血腥納卡衝突中，當地的平民無疑是最大的受害者，在籤署了形同戰敗的停火協議後，納卡地區的亞美尼亞人將失去祖祖輩輩居住的故土，被強迫在限定期限內從割讓的領土上撤離，由於擔心遭到亞塞拜然佔領軍的迫害，大批亞美尼亞平民已經隨著軍隊撤離納卡，但是還有不少人不打算就這麼認輸低頭，而是堅決不放棄自己的家園，揚言要留在納卡地區和「侵略者」戰鬥到底，其中不乏一些經歷過戰火考驗的老兵，外界普遍認為，如果抵抗武裝在納卡「遍地開花」的話，那麼無疑將給亞塞拜然的統治帶來巨大威脅，而後者對此也十分清楚，因此在停火協議中明確表示了「人走地留」的條件，要求亞美尼亞軍隊和平民全部撤離，最好是直接留給亞塞拜然「無人區」。
據報導，為了震懾並驅逐那些不打算撤離的亞美尼亞人，亞塞拜然軍方近期也再次出手，頻繁曝出了虐殺平民的醜聞，俄羅斯媒體透露，阿軍虐殺了大批亞美尼亞人，採取的手段包括割耳朵、剁手甚至斬首，從流出的零星視頻來看場面可以說是慘不忍睹。希臘「五旬節」網站則表示，亞塞拜然軍隊的行為和種族滅絕頗為類似，但是國際社會對此卻沒有給予任何強制性的幹涉措施，任由阿軍士兵對亞美尼亞的戰俘或平民實施酷刑。
俄羅斯方面日前也表示，目前納卡地區的人道主義災難已經十分嚴重，大批耳聞目睹亞塞拜然軍隊暴行的亞美尼亞平民不惜一切代價也要逃回本土避難，在他們離開家園之前，很多人都將自己的房屋放火焚毀，甚至連祖先的墓地都挖開帶走棺材。此外，除了平民自發的破壞行為外，亞美尼亞軍方也採取了類似行動，將納卡地區博物館等文化設施的全部有價值物品全部帶走，其餘實在帶不走的東西，而寧肯全部破壞也不留給亞塞拜然軍隊。
軍事專家表示，雖然亞塞拜然贏得了這場血腥的局部戰爭，並達到了期待已久的戰略目標，收復了納卡的大部分地區，但是外界普遍認為，由於戰爭的殘酷程度遠超以往，並且曝光的種族對抗行為比比皆是，因此戰敗的亞美尼亞一方勢必會臥薪嘗膽，準備在未來合適時機報仇雪恨，這實際上已經陷入了惡性循環，之前是戰敗的亞塞拜然念念不忘復仇雪恥，如今這一角色則變成了亞美尼亞，這意味著兩國的仇恨將進一步加劇，很可能未來將兵戈再起，導致更嚴重的流血衝突。