引言
正是在這樣的情形之下，澳門葡萄牙人盡一切可能極力維持與日本斷斷續續的貿易聯繫。面對荷蘭人的海上軍事優勢，葡萄牙人只得放棄了行動緩慢的大帆船，使用荷蘭人不能完全攔截的小型快速的運輸船。同時，荷蘭人處心積慮地減損和危害葡萄牙人在日本的利益和影響。
1619年，荷蘭人交給日本當局一封由一名叫若熱的葡萄牙基督徒所寫的信，此人為僑居日本的葡萄牙人的首領，信中說要聯合葡萄牙人共同顛覆日本帝國，還提到需要西班牙國王提供戰艦和士兵，並列出了參與陰謀的日本藩主的姓名。荷蘭人聲稱他們是在好望角附近俘獲的葡船上找到這封信的。若熱因此被斬首。事實 上，關於此信的來歷大可懷疑，但是它肯定促使了日本幕府下決定禁教。17世紀30年代， 幕府禁止「朱印船」以外的船隻與人員航行海外，在海外僑居超過五年的日本人，禁止回 國；1635年，禁止一切日本船隻與人員回國，違者處死。
最後，在1637年，終於爆發了由於德川幕府禁教政策以及九州大名的殘酷的剝削與壓迫引發的日本天主教徒規模巨大的島原之亂，日本幕府和九州大名調動十餘萬軍隊，並要求荷蘭人在海上用重炮轟擊起義 的中心原城，才將起義鎮壓下去。這一重要歷史事件引起日本德川幕府統治者的深深的疑慮，並最終導致長達95年葡萄牙日本貿易終結的直接原因。日本的統治者認為島原的信奉天主教居民理所當然是受到某種外國勢力的支持的。實際上當時澳 門葡萄牙人的議事會已經想盡一切辦法嚴禁天主教的傳教士搭乘葡萄牙的商船，以免給日 本當局以口實，在島原城中也沒有任何外國傳教士。
但是在日本當局看來，與馬尼拉的貿 易在25年前已經被禁止，「朱印船」後來也被取締，中國人與荷蘭人是不可能與日本天主教徒合作的，那麼剩下的只有長崎與澳門的葡萄牙人之間的貿易。所以，在1638年，日本的 德川幕府統治者下決心最後關閉葡萄牙與日本之間的貿易，並禁止日本人民出海，驅逐所 有在日本的葡萄牙人。 1638年，還有葡萄牙船隻來到日本，但是，當1639年艦長阿爾梅達率領兩艘船隻來到長崎的時候，日本政府已不再讓他進行貿易。
日本人交給他一份籤署於同年7月5日諭令的抄本，指示立即永久地關閉澳門的葡萄牙人和長崎之間的貿易，如果葡萄牙人再來長崎，就要被處死。日本幕府列舉的理由有三條：葡萄牙船 只用於偷運傳教士，故意違反禁教令；葡萄牙人的船隻用來運輸給傳教士的給養； 葡萄牙船隻為「島原之亂」的信奉天主教的農民提供人員和金錢的幫助。日本幕府命葡萄牙船隻必須在順風的情形之下離開，在其停泊港口期間不允許任何人登岸，以等待東北季風的來臨。日本人在口頭上和書面上通知葡萄牙，禁止任何葡萄牙人再來日本貿 易，否則處以死刑，並將通知傳達給果阿和澳門的葡萄牙人。
在阿爾梅達艦長帶回這個對 於澳門的葡萄牙人來說是致命的消息以後，澳門的葡萄牙人還是極力挽回局面，因為與日本的貿易對於他們的生存實在是太重要了。1640年3月13日，澳門的葡萄牙人議事廳決定派遣一個龐大的使團前往日本，懇請日本當局重新開啟貿易。使團於6月22日出發，7月6日駛進長崎港口。他們立即被日本人帶去審問。8月2日，長崎奉行召集全體使團成員，宣讀了日本的決定：由於葡萄牙人利用貿易資助天主教的傳教活動，幕府已經禁止澳門的葡萄牙人與日本的貿易，違者處死。此前已經將日本的禁令明確告知澳門的葡萄牙人，故此次使葡萄牙人的再訪日本是違反了禁令，日本當局不能將來訪的葡萄牙人視為使者，只能視為違反禁令的罪犯，日本當局將從這些葡萄牙人中選出13人，命他們將消息帶回澳門。
其他的人在8月3日早上被帶到位於長崎港口的處死天主教徒的「致命山」，使團成員被分為三組，一組為使團領袖以及葡萄牙人和西班牙人，一組為其他被判死刑的人，餘下的13人 為一組站在一邊高處的山上，他們將會回到澳門，將此消息帶給在澳門的葡萄牙人。在眾多觀眾的注視下，63名葡萄牙人被殺害了。他們碇泊在長崎港口的大船也被焚毀了，剩下 的13人被釋放，乘小船於9月1日離開長崎，一路漂流，於當月20日回到澳門，報告這一不幸的消息。 隨著德川家族出於政治和宗教的目的禁止與葡萄牙人貿易並查禁天主教，整個歐洲與日本的貿易便逐漸被荷蘭人壟斷了。從根本上來說，德川幕府與荷蘭人進行貿易的最大的益處就在於荷蘭的商船不會帶來天主教的傳教士，同時又能夠與獲得來自東南亞的商品。
羽田正教授指出另一個重要的原因就是荷蘭人對於日本人的那種恭順的態度。荷蘭人嚴格 遵守不向日本人輸出武器的規定；1628年，在中國臺灣地區的東印度公司商站企圖向日本 的「朱印船」徵收關稅，雙方發生糾紛與衝突，荷蘭人後來把駐中國臺灣地區商站的站長帶往平戶交給日本當局處理。1633年以後，平戶商站的站長總是定期前往江戶拜謁幕府的將軍，表達他們被獲準在日本從事貿易的謝意。在「島原之亂」時，荷蘭人受德川幕府的邀請，把船駛往有明海，向叛亂軍隊的最後據點原城發射了一些炮彈。
1637年，在荷蘭東印度公司在遠東的總貿易額中，平戶商站所佔據的利潤已經高達70%，所以，在日本的荷蘭人必須忍耐和屈尊。1640年，日本當局命令荷蘭人拆除剛剛在前一年建設完成的石頭建造的倉庫，荷蘭人立即照辦。1641年幕府命令荷蘭人將商站從平戶搬遷至長崎的「出島」，荷 蘭人也毫無異議地立即執行。當時荷蘭人在東亞的許多地區都不是這樣卑微地行事的，他 們在南中國海經常劫掠中國人的船隻，充當海盜的角色，在東南亞也經常以暴烈的手段攫 取香料貿易的權益，這與他們在日本的行為形成鮮明的對比。
由此，日本進入了所謂「鎖國」時期。日本歷史學家坂本太郎指出：「有關鎖國的利弊，歷來議論紛紛，但它確實是加強和鞏固了幕府封建統治的有效政策，長達二百餘年的 江戶時代，能在國內保持和平，幕府政權得以維持，鎖國無疑是一個有力的措施。在經濟方面，國內產業得以發展，在文化方面，日本獨特的文化得以昌盛等，可以說都是由於鎖國的影響。但是，在另一方面，它縮小了人民剛剛開始的、面向世界的眼光，扼殺了不斷探索的精神，妨礙了歐洲近代合理精神在日本的傳播與成長。這對於整個日本歷史的發展來說，不能算是值得慶幸的事。然而幕府並沒有認識到這一點，所以它難免要受到只是為了維護自己政權而愚弄人民，阻止文化發展等譴責。
這畢竟是武家專制政治 發展的必然結果，換言之，它是武力統治對於文化專制的勝利，是封建統治實現了對於自 由思想的徹底壓迫，進而也開闢了國粹主義壓制國際主義的道路有關認識還可以參見和 計哲郎《鎖國日本的悲劇》，1950年，築摩書房出版。作者認為近代日本人民缺乏理 性和科學精神，根源在於鎖國。從1640年起，荷蘭人接受日本幕府的安排，居住在長崎港口外面的扇形的人工島出島上與日本人從事貿易活動。出島是幕府將軍德川家光於1634年下令建造的，它原本是為了圈定葡萄牙人的活動範圍而建造的，1636年初步完工。
這個人工島範圍北側長達190米、南側長達233米，東西寬約70米，面積13.698平方千米，有一座橋連接長崎市內。最初幕府是想將葡萄牙人的活動限制在此區域內部，其建築費用是由有錢有勢的25位商人出資的，這些富商分別來自長崎、博多、京都、大阪和堺等地，這些富裕的商人大多以長崎為基地從事「朱印船」的貿易。1637年「島原之亂」以後，1639年幕府 下令驅逐所有葡萄牙人，停止與澳門的葡萄牙人的貿易，原先出資建造出島的町眾，對於資金不能收回感到為難，1641年幕府便強令原先在平戶貿易的荷蘭人遷往出島居住。
荷蘭人每年向町眾支付一定數量的金錢，原則上日本人除商業事務或其他公事以外不能進入該島，荷蘭人也不可以隨意走出該島。從理論上來說，出島是「天領」，所以居住在這裡的荷蘭人的身份不過只是「店子」而已，當時外國人是不允許在日本列島取得不動產的，所以荷蘭人居住在這裡的建築物由身份為「家主」的商人準備，然後由荷蘭東印度公司每年支付白銀55貫目的房租。
根據羽田正教授引述另一 位日本學者片桐一男的研究，這筆錢如果換算成現代的日元，其金額近1億日元。被稱 為「出島町眾」的房東，把「地子銀」繳納給德川家族以後，剩餘的金額就根據出資 額進行分配。如果屋子出於颱風等原因損壞了，房東要負責維修。島上的建築物除了經過特別許可自行建造的2棟荷蘭建築風格的倉庫以外，所有的建築物都是日本風格的家屋， 其中有商館館長的住宅、商館員住宅、倉庫、炊事場、浴室、家畜小屋、 菜園和日本官員住屋。
目前長崎市已經將出島的建築物進行復原，一共有十餘棟，復原時 儘可能地採用當時的建築工程技術以及建築材料。這些屋子有著日本風格的建築結構和外觀，配上荷蘭風格的室內裝潢與家具，重現了當時東西方文化合璧的獨具特色的建築群。