理藩院是清朝政府統治蒙古、回部及西藏等少數民族的最高權力機構。洋務運動前也負責處理對俄羅斯的外交事務。理藩院初掌蒙古事，隨著清廷全國政權的建立，更為總管蒙古、西藏、新疆等各少數民族地區事務的中央機構。清統治者通過理藩院實施對各少數民族地區的統治，加強與他們的聯繫。康熙年間，修定《理藩院則例》，用法規固定了對少數民族地區統治的各項措施。
理藩院六司分掌爵祿、朝貢、定界、官制、兵刑、戶口、耕牧、賦稅 、驛站、貿易、宗教等政令。理藩院所轄，先後尚有內館、外館、蒙古學、唐古特學、託忒（衛拉特）學、俄羅斯學，木蘭圍場、喇嘛印務處，則例館等機構。此外還派司員，筆帖式等常駐少數民族地方，處理特定事務，定期輪換。光緒三十二年（1906年），理藩院更名為理藩部，辛亥革命後北洋政府改為蒙藏院。
理藩院的設置，使得清朝中央政權有了統一管理藩屬事務的機構。它不僅與六部並列，而且管理院務大臣在滿人中「特簡大學士為之」，其地位遠在六部尚書之上。《清史稿》中說 「明之藩衛，虛有名字，蓋未可以同年而語「，這不僅表明了清朝對理藩院的重視，也說明了清政府對藩屬地區的管理，比清代以前確實是有效加強了。理藩院在清朝前期充分發揚了大國本色，抵制了沙俄的侵略擴張，維護了清王朝的國家主權和統一。在沙俄屢犯中國邊境的情況下，理藩院多次出面交涉，代表清政府指斥沙俄的侵略行徑，為雅克薩之戰的勝利和驅逐沙俄侵略者準備了條件，維護了中華民族的尊嚴和中國的主權。