滿清入關之後，雖然漢族人士為了抵抗異族入侵奮起反抗，但是實在架不住內訌和漢奸的破壞。南明歷經了十八年三位皇帝和兩位監國，史可法、李定國、鄭成功、張煌言等人為恢復大明王朝鞠躬盡瘁，但是最終也無能為力，清朝取代明朝已經成為不可阻擋的歷史潮流。
對於士子或者讀書人來說，這是他們最難熬的時期，儒家的忠義思想、華夷之辨讓他們不可能心安理得的投靠滿清政府，可是他們又沒有足夠的力量去反對清朝的統治，所以他們只能選擇遠離俗世，去做自己的學問，成為大思想家，比如黃宗羲、顧炎武等，或者遠離世事、遁入空門、以僧服去掩蓋自己那顆儒心，比如方以智等人。
但是有些人做得更加決絕，他們不滿足於僅僅在事務上與滿清政府劃清關係，他們甚至連清朝佔領的土地都不願意待，連一個普普通通的清朝人都不願意做，連一口清朝的飯都不願意吃，頗有一點上古時期伯夷叔齊「不食周粟」的風骨。
如果不呆在中國，那麼只能選擇去周邊的日本、安南（今越南）、暹羅（今泰國）等地了，而緬甸、暹羅等南方氣候與中原地區相差太大，且風俗文化大有不同，所以日本成了當時很多遺民的最佳選擇，曾經被稱為「日本孔子」的大儒朱舜水就是其中一位。
朱舜水，名之瑜，浙江餘姚人，因看清晚明政治的黑暗，不願從政，但是清朝入關之後，他卻積極參加抗清運動。先參加魯監國政權抗清，後又與鄭成功並肩作戰，多次赴日本求援，但是日本當時閉關鎖國，未能取得理想的效果。
隨著抗清形勢的不斷惡化，南明的主要人物永曆帝、李定國和鄭成功等人的被殺或者病逝，復明大業已經無望，無奈之下的朱舜水選擇東渡日本，在日本友人安東守約的幫助下才得以在日本長崎安定下來。
在日本的頭幾年，朱舜水並不為人所知，後來日本政府下令尋求碩德耆儒，朱舜水才因為其學問和才華被發現。於是，朱舜水被水戶藩主德川光國聘為賓師，在水戶講學，這位德川光國可不是普通人，他是德川幕府初代將軍德川家康的孫子，有著極高的家世。但是德川光國對朱舜水十分尊敬，不僅執弟子禮，而且還不敢直呼先生名諱，求朱先生取一號以便稱呼，所以朱先生以家鄉之水「舜水」為號，這就是朱舜水這一稱呼的來歷。
在被尊為賓師之後，德川光國經常向朱舜水先生請教國家大政、禮樂制度和文化學術等問題，通過十幾年的講學，朱舜水深深的影響了日本的學術界，最後形成了著名的「水戶學」，而水戶學又以德川光國主持編纂的《大日本史》為中心，這本書後來甚至影響了日本的明治維新，為日本走上了快速近代化提供了思想基礎。
除此之外，多才多藝的朱舜水還教日本人學習中華建築學，教他們如何種地，甚至連衣服裁製都有所涉及，可謂影響了日本的方方面面。
1682年，朱舜水先生於日本逝世，他一生以反清復明為己任，卻獨木難支，難以阻擋歷史潮流，但是其旅居日本期間，卻無疑推動了日本思想界的發展，甚至包括農業、建築業、手工業等行業的發展。朱舜水先生實現了他不做「清朝人」的目標，也順帶推動了日本的發展，可惜最後日本卻不領情啊。