同人遊戲的發展和被稱為「遊戲引擎」的開發工具有著密不可分的關係，遊戲製作技術的變遷很大程度上也會使得製作環境發生劇變，每個時代的同人遊戲都有著各自時代所獨特的遊戲引擎風格，而業餘的遊戲愛好者們也都是在這個不斷摸索的過程中，逐漸將同人遊戲這個有趣的文化發展起來。
若是追溯同人遊戲的本源的話，那最早就得從1970年代個人電腦的黎明期說起。最初電腦只是相關的技術人員與興趣愛好者用來製作和學習編程的工具，但隨著1978年日本由太東公司發行的街機遊戲《太空侵略者》所帶來的熱潮，為製作遊戲而學習編程的用戶大幅度增加。
之後更大程度帶動日本業餘遊戲製作風氣的，就是從1980年代開始發行的《ベーマガ》和《I/O》這類微電腦雜誌。由「電波新聞社」發行的《ベーマガ》正式名稱是《マイコンBASICマガジン（微電腦BASIC雜誌）》，最初定位是BASIC語言（BASIC語言是早期微電腦的主要語言）的入門教學雜誌，但是在那個網絡還未興起的時代，雜誌卻成為了將自己的程序代碼投稿、分享自製程序的最佳途徑。而雜誌讀者投稿的程序代碼內容，自然是以遊戲程序為主。同時「日本微電腦聯盟」發行的「I/O」也有類似的功能，但不限定於BASIC，而是以組合語言或機械語言為主的更進階內容。除了這兩本代表性的雜誌之外，當然還有很多類似性質的電腦雜誌。在日本遊戲界有重要地位的SQUARE-ENIX，早期許多著名作品其實都是通過比賽募集，將出身自《ベーマガ》與《I/O》世代的遊戲創作者所製作的遊戲進行商業化發行，像中村光一（CHUNSOFT會社社長，代表作《弟切草》、《風來的西林》、《428 被封鎖的澀谷》）、河津秋敏（遊戲製作與設計師，代表作《最終幻想》）等人都是代表性的例子。不過隨著網絡的普及、交流途徑的多樣化以及程式技術的演進，這類雜誌漸漸失去了提供分享自製遊戲的功能性，要麼消亡要麼轉型。
90年代是Windows OS（作業系統）席捲市場的時代，而在這種電腦產業的劇變之中，餘波也對同人遊戲製作界造成了非常大的影響。縱覽同人遊戲的發展史，可以很鮮明的發現1995年成為了同人遊戲發展的分割線。伴隨著Windows95的發售，以及之後兩到三年的電腦作業系統過渡期，這也很不幸的成為了同人遊戲短暫的衰退期。
導致這種現象的罪因有很多，如遊戲製作者對OS的生疏、未裝備DirectX接口的系統複雜性、相比之下家用機平臺遊戲更具高性能的表現等等，但不得不說在其中佔據了重要因素的，就是支持同人遊戲文化主要群體的隱退。伴隨著80年代的同人遊戲熱潮走來，到現在他們大都進入了成家立業的階段，接下來的人要麼就是從同人遊戲製作畢業轉而專心從事本業，或者進入商業遊戲製作公司。缺少了這部分主力軍的支持，同人遊戲新作產量一時蒼涼無比（leaf的三部曲為商業作品），唯有一些早期經典的移植版遊戲，以及少量的格鬥、視覺小說類遊戲能撐撐場面。
到了90年代後半，同人遊戲界裡倖存的開發者大都是從90年初就加入創作的忠實用戶層，以及入手了較為便宜的電腦而冒然進入遊戲開發界的新手層，同時也有少量職業遊戲開發者因興趣的原因參與同人遊戲製作（這個流向到現在依舊持續。比如說無法在工作中製作遊戲的人，就會把用在工作中學習到的技能活用在同人技術上如此等理由）。但是難以使用的Windows系統使得業餘的遊戲製作者們遇到了很多挫折，畢竟現在已經不同於早期易用的BASIC語言時代（不過那個時期所製作的遊戲也大都非常簡陋），想要製作更複雜有趣的遊戲必然也需要更高深的技巧。因此，源於這種急迫的需求，各式各樣的入門開發工具紛紛出籠，給製作者們打造出了能夠較輕易於Windows系統製作遊戲的環境。其中具有代表性的就是通用遊戲製作環境「HSP」（1996-）、以及由同人遊戲圈發展出來的腳本語言「吉裡吉裡」（1998-）和「Nscripter」、enterbrain推出的《ツクールシリーズ》（遊戲製作工具系列，誕生了很多經典作品。如「RPG遊戲製作大師XP」，想必只要玩過免費遊戲的玩家都熟悉這玩意）。
到了技術積累已經逐漸成熟的98年，打破同人遊戲界一潭死水狀況的劃時代作品應運而生，那就是在前文提過的格鬥遊戲《格鬥女王98》。這款同人遊戲所造成的巨大效應，部分無疑是來自《ToHeart》愛好者的追捧，但更大程度上還是歸功於在「QOH」上所展現的同人遊戲中最強的技術能力（90年代）。「玩過QOH之後，我才第一次知道在Windows系統上也能夠做出這樣出色的遊戲」從早期同人遊戲製作者的談話中時常可以見到諸如此類的言論。而且「QOH」也成為了之後格鬥遊戲的學習範例，形成了「以出名遊戲中的人物為模型，製作爽快的格鬥遊戲」這種製作風氣。如「黃昏邊境」的「Eternal Fighter ZERO（永恆格鬥）」(格鬥角色全為key系人物，在國內也有相當人氣的經典格鬥遊戲)、「MELTY BLOOD」等等。
從80持續到90年代中期的同人遊戲界，在迎來成熟的同時，在整個計算機界自身處於過渡期時也陷入了一時的衰退，不過以「QOH」為出發點， Windows平臺上的同人遊戲再度迎來了蓬勃的發展。