自從曹魏實行「九品中正制」以來，門閥士族又踏上了新的徵程，地位開始穩定提高。
其中九品顧名思義是官員等級，而中正是評估這些官員品級的官員。
到兩晉初，晉武帝司馬炎又在「九品中正制」的基礎上實行了佔田制，使得門閥不光政治地位提高的同時，經濟也有了一定的主導權。
及永嘉南渡，出身琅琊王氏的王導、王墩兄弟幫助晉元帝司馬睿重建了東晉，門閥士族進入全盛時代，史稱「王與馬，共天下」。
在這時期，王墩掌軍、王導主政，而朝堂官員也多出於他們的故舊門生，琅琊王氏地位之高，作為天子的司馬睿也要給他們幾分薄面。
而之後潁川庾氏、譙國桓氏、陳郡謝氏分別崛起，貫穿東晉一朝，可以說門閥之顯赫，在他們身上體現的淋漓盡致，但是到南朝以至於隋唐就風光不再，所以中間經歷了什麼？以至於幾乎完全衰落？看看時間跨度，和比較著名的歷史事件就知道，不是完全沒有道理。
先是琅琊王氏獨大，滋生了王墩的野心，開始密謀反叛朝廷，元帝子明帝司馬紹最終平定，開始各門閥互相牽制，制衡時代。
王墩之亂-門閥全盛到互相牽制
前面也提到過王導主政、王墩掌軍，朝廷官員大多出於王氏的故舊門生，這逐漸滋生了王墩的野心，準備以王氏取代司馬氏，開創政權。
永昌元年（322），王墩開始向東晉國都建康進軍，並很快攻佔，但同出身於琅琊王氏的王導，因為考慮到利害關係，並沒有支持王墩，選擇站到了明帝一邊。
在他看來，司馬氏仍然佔據大義，容易引起司馬氏的反抗和其他門閥的聲討。匹夫無罪懷璧其罪，本身成了第一望族，再取代，結果也可想而知，多少人忌恨也不是完全沒有道理。
所以明帝司馬紹倚仗王導和其他重臣很快平定了之亂，之後利用琅琊王氏和吳中原有的士族-朱張陸顧以及其他南渡士族之間的矛盾衝突，使得各門閥互相制衡，這也是東晉這個開國就呈現亡國之象的王朝能奇蹟般的挺過百年的根本原因。
第二個主要原因就是到末期，門閥皇族內訌，使得寒門崛起。
孫恩之亂-門閥皇族內訌，導致劉裕等寒門崛起
到東晉末期，因為門閥士族壟斷朝堂，普通人沒了上升渠道，孫恩盧循先後崛起，並且攻佔了朝廷大片州縣，此時劉牢之奉命討伐，倚靠其子劉敬宣和心腹劉裕等很快平定了孫恩之亂，劉牢之劉裕等相對寒門的軍人逐漸抬頭。
到譙國桓氏的桓溫幼子桓玄和皇族內訌，劉牢之很快投靠了桓玄，指示皇族司馬道子被殺。桓玄逐漸掌握了朝堂，並準備改朝換代。
及至稱帝，使得眾多人開始不服，劉裕利用自身威望率領北府兵舊部1700餘人，在京口舉兵起義
最終平定桓玄，搖身一變成了再造山河、安定內部的大功臣。
後來的事情，我們也就清楚了，劉裕多次北伐、又實行義熙改革，到420篡晉建宋，開創了新政權。
繼位後，出於自身集權需要，冒天下之大不韙殺盡皇室、打壓士族，使得魏晉以來的士族受到慘烈打擊。
再次就是劉宋孝武帝劉駿繼位後，開始寒門掌機要的時代，門閥士族在政治更加邊緣化。
宋孝武帝劉駿繼位-寒門掌機要
當劉宋元嘉北伐之後，南北朝彼此都元氣 大傷，免除了外在的威脅和壓力，劉宋皇帝開始改革內政，及孝武帝劉駿繼位之後，開始重用戴法興、巢尚之、徐爰等人處理中樞機要事務，形成後代所謂"寒人掌機要"的政治局面。
而由士族擔任的尚書令、尚書僕射只剩下在公文上簽名的權力。同時又分設兩位吏部尚書，取消五兵尚書，將人才官員的銓選大權徹底收歸皇帝手中。孝武帝的集權化統治也被史書稱為"主威獨運，官置百司，權不外假"。 孝武帝同時重用江東寒門沈慶之與北人柳元景，開啟河東柳氏和吳興沈氏時代。
彼時以王謝為首的頂級門閥，實力衰弱厲害，只剩昔日聲望維持望族體面。所以南朝的琅琊王氏和陳郡謝氏是聲望大於實力的時代。
此後這項制度一直被南朝帝王所延用，但到了南梁末期，侯景之亂時，對於江左門閥才是滅頂之災。
侯景之亂-王謝等頂級門閥的滅頂之災
在南梁後期，因為梁武帝蕭衍大興佛寺，使得南梁國力衰退嚴重，彼時在北方東魏、西魏的實際掌權人物是梟雄高歡和宇文泰，這也就使得國力此消彼長，南朝勢力開始落後北朝。而北方叛將侯景投降南梁又再次叛亂，甚至攻入東晉國都建康 ，將以王謝為首的世家大族屠殺殆盡。南北朝顏之推曾云：
中原冠帶，隨晉渡江者百家，故江東有《百譜》；至是，在都者覆滅略盡。
王謝輝煌從此不復，及至隋唐，著名詩人劉禹錫也只能用「舊時王謝堂前燕「來形容類如王謝等兩晉南朝一流高門的衰落。
王謝兩門，因制度與機遇而興，因在特殊的歷史事件時，人丁衰落、沒有好的家族決策而衰，一流高門到泯然眾人，不過數百年，令人唏噓。