至十一月，董卓擔任相國之後，王允擔任太僕時還能「守尚書令」，王允從來都不是袁隗的幕僚，我們可以推出：袁隗已經失去了掌控尚書臺的權力。
袁隗真沒想到招來故吏董卓，原以為董卓能成為自己的助手，現實卻變成了董卓反客為主，成了主宰朝政的權臣。
更讓袁隗無所適從的是，袁紹和袁術這兩位侄子棄官逃亡不說，甚至在地方上要起兵反董勤王，此時，袁隗的位置非常尷尬。
當初「廢長立幼」，袁隗是有份的，袁紹起兵的政治訴求是否定劉協繼位的合法性，自然也是對袁隗政治路線的全盤否定。
雖然袁隗和董卓是捆綁在一起的政治同盟，但是「血濃於水」，董卓對這位失勢的太傅大人是越發看不順眼了。
初平元年（190年）二月，在董卓的主導下，東漢朝廷遷都長安，史書上沒有說太傅袁隗是否反對遷都，只能推出他只能順從董卓，也去了長安的。
長安朝廷剛剛運作不久。三月十八日，在董卓的授意下，長安朝廷以將太傅袁隗、太僕袁基逮捕並滅族，罪名大概是「勾結亂黨（袁紹）」。
範書《獻帝紀》：（初平元年三月）戊午（18日），董卓殺太傅袁隗、太僕袁基，夷其族。
99%解讀「袁隗之死」的史家都會認為袁隗死的冤枉，其實在史料中有個很不起眼的細節，似乎告訴我們，袁隗和關東聯軍（屯兗州陳留郡酸棗縣這一支）是有聯繫的。
在廣陵郡太守張超帶著功曹臧洪一同前往陳留郡投奔兄長張邈時，張超把廣陵郡的政務交給了本郡人袁綏，而袁綏之前的職務是：太傅掾，也就是袁隗太傅府裡的官員。
袁隗的影視形象
袁隗擔任太傅的時間為中平六年（189年）四月至次年（190年）三月，在這不到一年的時間裡，袁綏又離開太傅府的時間未知，以張超對其信任，我們可以推出：
袁綏是在董卓為相國之後離任，返回家鄉，再將袁隗對董卓的不滿之情告知張超和臧洪，由此引發反董聯軍集結酸棗縣。
到了三月，董卓得知袁綏接管廣陵郡之事，借題發揮，以袁隗通敵，將其滅族。當然袁紹、袁術也是袁隗之死的主要原因之一。
袁氏宗族共被捕殺二十餘人，分別埋葬在長安青城門外與東都門內，後來又擔心有人會盜走屍體，再將這些屍體轉移至郿縣藏起來。
範書《袁隗傳》：董卓忿（袁）紹、（袁）術背己，遂誅（袁）隗及術兄基男女二十餘人。
《三輔黃圖·卷1》：長安城東出南頭第一門「霸城門」，民見門色青，名曰「青城門」，或曰「青門」。
《三輔黃圖·卷1》：長安城東出北頭第一門曰「宣平門」，民間所謂「東都門」。
範書《袁紹傳》李賢注引《董卓別傳》：（袁氏族人）悉埋青城門外，東都門內，而加書焉；又恐有盜取者，復以屍送郿藏之。
後來，朝廷（董卓）又任命「幽州牧兼大司馬」劉虞為太傅，徵其入朝，但是由於反董地方勢力已經形成，朝廷的詔書無法抵達幽州，劉虞依舊在幽州擔任他的「幽州牧兼大司馬」，而朝廷的「太傅」就成了虛位以待了。
例如同時，朝廷（董卓）任命平原相陳紀為太僕、又徵拜尚書令，陳紀都沒有應命。大概和劉虞的情況類同，朝廷詔令無法抵達平原國，或者是陳紀根本就不想去長安。
當然，如果劉虞和陳紀若真去了長安，也只會成為受控於董卓的傀儡，不可能有任何實權的。再後來，陳紀棄官，帶著兒子陳群至徐州避難（投奔陶謙），這是後話。
話說在兩漢時選拔官員實行的是舉薦制度，因此，「門生故吏」這種官場潛規則是世人所尊崇的。董卓作為袁隗的故吏，按照潛規則，他必須在禮節上屈於袁隗，結果，董卓根本不按套路出牌，直接把老領導給滅族了，這麼霸道的事是兩漢歷史上的獨一份。
董卓殺袁隗，其動機不過是畏懼袁隗會對自己不利，但是這件事與董卓殺伍瓊、周毖一樣，太輕率了，哪怕是將袁隗廢其官職，將其軟禁也好啊。汝南袁氏四世三公，門生故吏遍布天下，所以說，董卓此舉得罪了更多的人，導致更多的人投奔兩袁（袁紹、袁術）的陣營，走向了董卓的對立面。甚至於董卓被刺身亡後，很多汝南袁氏的門生都去將董氏族人挫骨揚灰以洩憤。
當然，董卓這種「嗜殺」的政治行為源自於「涼州」、「武人」這兩個標籤，這也證明了他成為權臣之前的「養名」行為不過是沽名釣譽，也註定了他無法真正與中原士人相容，最終以悲劇收場。
最後分析一下「袁隗之死」的時間爭議話題。
範書《獻帝紀》是說袁隗死於初平元年（190年）三月十八日，範書《袁紹傳》也是說袁隗死於袁紹起兵之時（190年），而陳志《袁紹傳》則寫成袁紹得了冀州（191年）之後。
又在範書《袁紹傳》中，建安元年（196年）袁紹答獻帝文中卻寫道：「會故冀州牧韓馥懷挾逆謀，欲專權勢，絕臣軍糧，不得踵系，至使猾虜肆毒，害及一門，尊卑大小，同日並戮。」似乎也把時間指向了初平二年（191年）。
但是在陳志《袁術傳》裴注引《吳書》中，袁術寫給袁紹的信中就提到「室家見戮，門戶滅絕」，而袁術寫這封信的時間應在初平元年（190年）末，二年（191年）初，也就是說，袁隗死在袁紹得冀州之前。
如此，袁隗死亡時間在初平元年（190年）的可能性更大。
陳志《袁紹傳》則涉及記載錯亂的情況，範書《袁紹傳》中的袁紹答獻帝文則可能是袁紹在推卸討董失敗的責任。