1961年，有人在今北舞渡鎮賈湖村勞動，勞動之餘在村東的溝坎、井壁上發現了人骨和紅燒土顆粒，他趕緊跑去向村長報告。村長請來了專家探查，後來經過專家確認，這是一處九千年前的新時代遺址。
後來經歷了從1983年到1987年的六次發掘，在這個地方發現了具有原始文字性質的刻畫符號、世界上最早的含酒精的飲料、中國最早的家豬和具有馴化特徵的稻米等，其中，最具有文物價值的，是在隨葬中發現的30多支骨笛。
其中，一件骨笛最為引人注目，其出土時放在墓主人左股骨外側，剛好是手自然垂下拿得到的位置，出土時斷為三截，但經考證骨笛並非入土後斷裂，而是墓主生前就已經折斷，墓主捨不得丟棄，就一直放在身邊。為了讓笛子可以繼續使用，墓主鑽了14個小孔在兩處斷茬處，用細線精心綴合，可見主人對骨笛的珍愛程度。
賈湖骨笛多使用鶴骨作為原材料，鶴骨約等於人骨硬度的 30 倍，加工難度十分大。古人是用由水晶或堅硬的石頭等材料所製成的鑽頭，使用鑽頭一點一點螺旋往復轉動開成。製作骨笛之前先測量計算，在管身上留下記號，然後再開孔。有些笛子主音孔旁還有小孔，經研究判定為調音孔，一般情況下開孔後要先試音，如果音律不準，還可再開小孔做微小調整。不同鶴骨的質感也不同，不同材料的音色和音律也不相同，每一次骨笛製造都要重新度量，需要製作人極高的耐心和強大的信念。
賈湖骨笛區別於橫吹之笛和豎吹之簫，它是以骨管的一端作吹口，管身斜持，管口與嘴呈45度斜角，演奏時兩唇如吹口哨般貼著管端吐氣，通過氣流在管內壁摩擦震蕩發音。實際演奏音域至少可以達到兩個八度，若以十二平均律為參照，大多數七孔賈湖骨笛的音準誤差都在普通人耳難以察覺的範圍內，音樂聲學特徵幾乎完美，完全可以達到現代笛蕭樂器那樣的演奏效果。
在骨笛出土後1987年的新聞發布會上，專家還用一支完好的七孔骨笛吹奏了一首五聲階的河北民歌《小白菜》，九千年前的骨笛所發出的美妙旋律引起了轟動。據發布會上音樂專家所說，骨笛和現代民族管樂器很類似，會運用打小孔的方式，調整音孔的音差，說明九千年前的賈湖人已經有了音差的基本概念，也反映了當時的音律水平，因此，賈湖骨笛有「中華第一笛」的美譽。