保皇派於1861年9月攻陷安慶，這非常鮮明地標誌著太平天國西線作戰中(它曾經是洪仁開在1860年制定的宏偉戰略的一部分)的失敗。對太平天國的地位來說，西線戰役在某些方面比東進更為重要，它的失敗部分是由於叛軍將領之間缺乏配合所致。李秀成(他曾因指揮才幹於1859年受封為「忠王」)這時更多地關注他自己在長江下遊的權勢基地，而不是戰略全局。
這次指揮上的不統一， 僅僅是太平軍在楊秀清死後企圖重建中央統一領導而遭到失敗的一個方面。洪仁軒一直不穩固的地位，也由於天王當時已不問政事甚或神志失常而更有所削弱。在戰地將領的妒忌和朝臣的誣陷下，他於1861年初被剝奪了總理朝政的職權。嫉妒和野心也使太平軍的權貴變了質，因為為了滿足軍事將領的欲求，冊封了許許多多「王」，而其中某些人不過是很勉強地投身於這場運動的。
雖然個別叛軍隊伍仍保持著令人可畏的兵力，但安慶的失守和中央控制的瓦解業已鑄成太平天國覆滅的局面。太平天國的覆滅最後是由曾國荃對南京的圍攻，以及李鴻章對沿海地區和左宗棠對浙江省進行的清剿來完成的。李鴻章從東面橫貫江蘇發動的強攻有著特殊的歷史意義，它反映了這位精明而善於應變的首領力求控制上海及其鄰近地區的商業財富，因為這是財富和權力的新的源泉。
作為中外貿易的新中心，上海因人口急劇增長，並有資財雄厚的流亡紳士階層以及與內地商業的多方面聯繫，所以成了一個無與倫比的軍事基地。李鴻章剛就任江蘇巡撫，便立即著手控制關稅收人和江蘇釐金。這兩項貿易稅，尤其是江蘇釐金，確實是他以後幾年軍事行動的財政支柱。李鴻章經過無情的官場鬥爭後贏得了對這些財源的控制權，到了1862年下半年，他不僅能夠維持他自己迅速擴大的淮軍，而且能夠為曾國藩那支因欠餉而日漸不滿的軍隊提供大量的經費。
當1863年李鴻章的軍隊節節擊破堅守在江蘇東部和浙江北部城鎮中的太平軍時，他的軍隊已經超過了5萬人，這就為中國武裝力量具有重大意義的第一次現代化創造了條件。李鴻章與他的作風守舊的老師曾國藩頗不相同：曾國藩不讓他的湘軍採用外國裝備，而李鴻章則敏銳地認識到他控制上海時在技術上得到的意外收穫。
他不僅從西方購買了大量來復槍輕武器和西式野戰炮，而且僱用英、法兩國軍官來川練他的軍隊使用這些武器。到1864年春，李鴻章的軍隊已裝備了約1.5萬支步槍。為了供應這支軍隊所需的彈藥，還要進行另一項改革：李鴻章從1863年起在上海、蘇州，最後還在南京迅速建起了生產現代軍火的兵工廠。為鎮壓國內叛亂而在軍事現代化方 面所進行的這種種早期的冒有風險的事業，展示了清朝統治最後幾十年的態勢。把現代化裝備用於正統的軍隊，這意味著在未來50年內能夠相當成功地維持國內的秩序，儘管在這個時期中國尚不能建立一支抗禦外國侵略的武裝力量。
常勝軍自1860年建立以來，雖然有過連續幾次領導危機，卻安然無恙地維持了下來。它的第一任統領華爾與支持他的中國商人及清朗當局的關係搞得不錯。為了顯示和加強他作為中國軍事制度的助手的作用，華爾被授予了中國綠營軍的管帶官階。1862年9月華爾受傷致死。他的繼任人是另一個美國人白齊文，此人桀驁難馴，很少順從中國方面的意圖。
他被解職以後，常勝軍改由英國皇家工兵少校戈登(英國駐上海指揮官土迪佛立將軍的密友和親戚)指揮。他收到了倫敦發來的要他接受中國人指揮的明確指令。上海的英國當局起初不同意擴大分遣隊的作戰範圍，後來才作了妥協，這樣分遣隊的作戰範圍就從最初防衛上海地區擴大到協同李鴻章的軍隊到西線攻打太平軍的據點。在這些戰役中，戈登的炸炮和突擊隊證明確是清軍手中的得力武器。
在整個1863年中，常勝軍都在戰場上為攻取叛軍在江蘇東部和浙江北部據守的城鎮而衝鋒陷陣。在常熟、太倉和崑山取得的重大勝利使清軍空前地逼近了該地區的行政和經濟中心蘇州。1863年12月5日蘇州的陷落(部分得力於守城者有人變節)確是叛軍遭到的一次重大挫折。戈登作戰有兩個特點特別值得提： 由於應用了英國按優惠條款提供的現代火炮，在根本上改變了迄今為止內戰所特有的古老攻堅方式。
許多曾經庇護過太平天國文職政府並成為軍事防衛的支撐點的城市，它們的牆垣不再能安全無虞了。其次，李鴻章在江蘇東部戰場上的勝利，牽制了太平軍防禦天京的力量(當時它正處在曾國荃的圍攻下)，從而加速了太平軍運動的最後失敗。太平軍在都城被圍和他們長江下遊的經濟基地業已喪失的情況下，仍狂熱地進行了最後的殊死戰。
1864 年7月19日曾國荃破城而入，大肆屠殺南京居民，並縱火焚燒了這座城市。據說約有10萬人在最後的這場浩劫中喪生。洪秀全在南京陷落前就病歿了。其餘的領導人被窮追不捨，直到捕獲處死為止。逃出來的少數小股部隊被趕到廣東，第二年也在那裡被消滅了。唯一倖存的力量是遵王賴文光的軍隊：他這時招募了許多被清朝殘酷的「剿捻」戰爭弄得無家可歸的安徽難民，並按太平軍方式對他們加以組織和進行教育，誓死要繼續進行鬥爭。賴文光和捻軍的結盟使太平軍的這支殘部一直延續 到1868年。
不過作為一個政體和宗教團體，這個運動在1864年就被有效地撲滅了。應當認為，勝利者一心一意搞橫暴行為， 它不僅毀滅了太平軍的軍政機構，而且使太平軍的傳統本身也實際上在劍與火中煙消雲散了。當考察太平軍失敗的原因時，我們立刻會遇到的困難是，不能完全用純軍事方面的理由來解釋。叛亂在最後三年出現火力方面的差距，但僅歸因於這個因素，還不能令人滿意。太平軍不乏新式武器。
眾所周知，李秀成到1862年已經通過西方商人和投機家弄到了幾千支步槍。然而太平軍在戰略上的敗局卻早在1861 年隨著西徵最後失敗就已命定地形成，這時甚至李鴻章的淮軍尚未建成。同樣，也不能把外國軍事力量的介入看成是決定性的因素。其中領導集團的分裂比這些原因都重要：洪秀全在政治上的無能意味著一元化的集權只能通過他的親信之間的競爭才會出現。
不過即使根據太平天國內部虛弱這說法仍不能充分解釋，何以清王朝的保守派人士在如此可怕的挑戰面前而仍能重新控制國內局勢。答案只有通過我們重新估價太平軍運動的內部特點以及它與其社會環境之間的關係才能找到。為此目的，我們將太平軍與捻軍這支大約同時在北方和中部各省活動的叛亂隊伍作一番比較，可能不無益處。