公元1673年12月22日，康熙準備對抗三藩之亂時，康熙朝的第一件「朱三太子案」爆發。當時，抗清人士楊起隆自稱明朝「朱三太子」與心腹黃吉、陳益在北京聚集眾多信徒，戴白巾，穿紅衣，自號「中興官兵」，改年號為「廣德」。由於清廷應對及時，這件事本身很快被解決了。但是，此後各地興起加盟「朱三太子」的浪潮，康熙朝時，「朱三太子案」頻頻發生，且直到乾隆朝才真正消失。這現象放在日本，相當於明治政府建立初期，由各地藩士所造成的動亂。
但就反抗意識來說，「朱三太子案」背後隱藏的是一個民族認同的問題，之後天地會、白蓮教也紛紛打著「驅逐韃虜」口號與清廷為敵，滿清也終其朝代無法解決「排滿」隱患。與元朝時期反抗蒙古人的明教極為相似。崇禎皇帝明朝末年，李自成攻陷京城，三皇子定王出逃，之後下落不明。清兵入主中原後，抗清事件頻出，抗清分子紛紛假借明朝宗室的名義，自稱是失蹤的「朱三太子」，一方面想獲得南明宗室的款待，一方面想獲得漢人認同，同時借著託名的方式，保護自己不會輕易被官兵抓捕。
「朱三太子」並不是皇位繼承人，按理說不應有「太子」之名，但是當時的嫡長子在亂軍中失蹤，被民間稱為「悼皇帝」，而嫡次子剛出生即夭折，於是嫡三子定王，便被民間稱為「朱三太子」。康熙在位時，總共就出現了70件「朱三太子案」。是什麼導致「朱三太子案」頻頻爆發呢？
第一，中國歷代都是漢人的天下，滿人在明朝內亂時，突然入關統治，這讓許多漢人並不服氣，尤其明朝後代在江南建立南明，並沒有宣布滅亡，因此部分漢人只願承認明朝政權。
第二，清朝統治漢人的方式簡單粗暴，除了收走明朝官員的爵位與大部分田地，還下令讓漢人剃髮、穿旗服，激起漢人的不滿。
第三，除了中國內部之外，歸順明朝的藩屬國也支持漢人反清。比如朝鮮，自認為大明子民，公開支持南明政權與三藩，試圖北伐滅清，甚至一直沿用明朝的年號，在清末的時候，標記事件的年份都已經記到「崇禎兩百多年」。
第一件「朱三太子案」的主人公楊起隆本來是個無業游民，但受到三藩舉兵抗清的號召，決定自封為明朝宗室三太子，聚集北京遊民和八旗叛奴，一起商議反叛之事。不料，就在楊起隆等人商議的時候，官兵突然攻陷他們所住的鼓樓客棧。驚慌之下，楊起隆獨自逃跑，其餘黨羽盡數被捕捉。影視劇中的楊起隆為什麼楊起隆的「朱三太子案」如此輕易就被清兵瓦解了呢？
首先，這個案子發生以前，意外地被滿人注意到，官府適時應對，成功瓦解了事件。當時，鑲黃旗監生郎廷樞發現家裡的裁縫師有些不對勁，不跟主人打招呼，工作往往敷衍了事。郎廷樞懷疑之餘，發現家僕會圍聚在一起，共同商議反清之事，於是馬上向官府報案。此外，住在鼓樓西街的正黃旗人周公直，也碰見家中三十幾個僕人聚集，意圖縱火，反清復明，便跑去找都統祖永烈告發此事。巧合不止如此，祖永烈尚未帶兵到場之前，將軍鄂克遜恰好在鼓樓附近走動，發現鼓樓失火，鼓樓客棧裡的人披甲露刃，面露兇光。他立即奔告納蘭明珠與圖海。於是鄂克遜、納蘭明珠、圖海、祖永烈等人紛紛率兵登場，擒獲黃吉、陳益等三十餘人，唯獨楊起隆成功逃脫。
同時，負責謀劃對抗三藩的索額圖，早就發現北京有一批反清勢力，借著這次「朱三太子案」東窗事發，索額圖用半天時間把楊起隆的萬餘黨羽緝捕歸案。其次，趁著「三藩之亂」鬧事的楊起隆，雖然極為機敏果敢，但是反清這樣的大事，他當時卻未做好全盤謀劃，更缺乏有效的行動，只是帶著信徒黃吉、陳益等三十餘骨幹成員，四處放火，因此清兵不費吹灰之力就將其撲滅。原本康熙接到通報，聲稱楊起隆不久後定能落網，但案件發生後的七年，楊起隆才在陝西鳳翔被圖海捕獲，隨後伏法。不過，楊起隆只是七十分之一的「朱三太子」，其他「朱三太子」還對清朝政權虎視眈眈，頻繁作案。
「朱三太子案」層出不窮的現象對清朝造成什麼樣的影響呢？
第一，康熙是清代受到最多抗清分子侵擾的皇帝，於是康熙在創立功業之餘，還得花費許多精力對付這些抗清分子。乾隆之後，可能抗清一方意識到三太子不可能活這麼久，紛紛放下了「朱三太子」的旗號。但是天地會、白蓮教的起事還在繼續，加總起來，這些事件幾乎佔據清朝大半的戰爭史，並以嘉慶時的白蓮教起事最為嚴重，可以說清朝的氣數有一部分就斷送在反清勢力的手裡。
第二，清朝花了很多心思改良漢滿政策，其中江南文人士大夫尤其堅韌，因此康熙曾經六下江南，安撫士族，拜謁明孝陵，提拔漢官，也安置了不少眼線。這個下江南的舉動也被後來的乾隆皇帝效仿。於是，清朝許多制度，都是為了安撫這些反清勢力而來的。乾隆下江南至於，真正的朱三太子真的存在嗎？據《清實錄》記載，1708年，官府發現了一位教書老師王士元，很有可能是真正的朱三太子，於是將王士元全家斬首。但是王士元死後，仍有朱三太子案爆發。
因此，這個人是不是真的朱三太子，成為一個千古謎案。「朱三太子」現象之所以層出不窮，是因為「朱三太子」已經成為一個符號，背後則是反清人士抗清的理念，這也驗證了目標凝聚的規律而清朝面臨無數抗清分子的起事，需要在位者適時變化政策，適應民間的需求，印證了因俗而治的規律。
歷代評價聖祖不容明裔，亦胸中自有種族之見，唯恐人望之有歸。此則後來排滿亦自種之因也。──近代史學家孟森