前面我們談了媽祖最初的角色只是一個地方海神，又談了媽祖作為女神被觀音化的表現。現在可以確定一個事實：從形象上到功能上，媽祖向觀音同化是一個歷史的過程，並非與生俱來或一蹴而就。於是，我們在這一章節裡試圖解釋這個過程，討論這種同化形成的時間以及它和當時其他社會現象之間的關係。這裡為了方便論述，我們先提出觀點，即媽祖與觀音菩薩發生聯繫的過程是在白蓮教發展的影響和刺激下產生的。下面，我們將就這一觀點進行論證。
首先說明一些白蓮教的基本問題。白蓮教是由佛教的彌勒信仰異化而來，彌勒信仰則是佛教淨土信仰的一部分。在佛教淨土信仰中，有阿閦佛淨土、彌勒淨土、東方藥師佛淨土、西方阿彌陀佛淨土等等，其中以彌勒淨土和西方阿彌陀佛淨土對中國民間社會影響最大。中國的淨土宗主要信奉阿彌陀佛，期望通過念佛的方法在死亡的時候能夠進入阿彌陀佛的西方淨土。彌勒淨土與彌陀淨土不同，彌勒淨土在兜率天，是欲界的第四天，沒有西方淨土那種超出三界、直截五道的優勢；而且彌勒信仰有上生和下生的過程，未來彌勒下生，經歷與釋迦牟尼類似的過程以成為未來佛在龍華樹下說法，生入彌勒淨土的信眾也要並伴隨著彌勒一起從兜率天下生。由於彌陀信仰較彌勒信仰優勢明顯且修行起來更加簡單，因此中國民間對西方阿彌陀佛的崇拜比彌勒普遍。
不過學者已經指出，在早期的彌陀信仰中有彌勒信仰的存在，也就是說彌陀淨土和彌勒淨土信仰在最初是交融的。第一，被淨土宗視為祖師的道安、慧遠等僧侶的信仰中，有彌勒信仰的成分；第二，在宣揚彌陀信仰的文獻裡，含有彌勒淨土的思想；第三，在白蓮宗的彌陀淨土信仰中融合有彌勒信仰。白蓮宗是西方彌陀信仰的一個支派，從唐代就已經萌發產生，到南宋茅子元正式創立。這一派的彌陀信仰者，其修行和理論與淨土宗並沒有太大的差別，只是以白蓮作為信物。因為白蓮宗蘊含著彌勒信仰的因子，所以白蓮宗異化產物白蓮教能夠借彌勒信仰來造勢。
彌勒信仰主要是圍繞《彌勒上生經》《彌勒下生經》和《彌勒成佛經》構成。彌勒菩薩住兜率天，有兜率淨土。其未成佛前，居兜率天內院。信徒求生兜率淨土，其目的就是親近彌勒，以求將來能隨之一同到人間淨土，從而達到真正的解脫。其實「彌勒的淨土思想，起初是著重於實現人間淨土，而不是天上的，這如《彌勒下生經》所說。《彌勒下生經》，說到彌勒下生的時候，有輪王治世。彌勒在龍華樹下成佛，三會說法，教化眾生。人間淨土的實現，身心淨化的實現；這真俗、依正的雙重淨化，同時完成。佛弟子都祝願彌勒菩薩早來人間，就因為這是人間淨土實現的時代。」但是，中國的民間信仰素來有著很重的功利色彩，因此在中國的彌勒信仰逐漸演化出新的意義。「眾生既不是誓願上生兜率天，又非希望值彌勒下生而聽法成佛，所希望的不過是彌勒幫助他們擺脫現實中的苦難。」這種彌勒信仰實際上已經不同於前面所述傳統佛教彌勒信仰，而是一種唐五代時期所產生的新型民間信仰。在這種新的民間彌勒信仰中，人們希望彌勒菩薩的下生能夠給周圍的現實社會帶來一定程度上的改變。
為了迎合社會底層民眾改變社會不平等的政治需求，由白蓮宗異化而來的白蓮教極力宣揚一種異化的彌勒信仰，以「彌勒下凡救世」的理論來吸收信徒。簡單來說，白蓮教的彌勒下生邏輯是兜率天中的彌勒菩薩看到人間苦難而下生，在人間則謂「明王出世」帶領人民結束苦難，建立新的世界。白蓮教的這種信仰在南宋時期白蓮宗內部萌發，到了蒙元統治之時正式形成白蓮教，並開始以暴力進行反政府的鬥爭。白蓮教形成後在元、明、清三代都有很大的影響，不斷地和儒、釋、道三教互動融合，如今世俗生活的很多信仰文化或多或少受到了白蓮教的影響。由於白蓮教反政府的特點，其被視為邪教受到政府的打擊。歷史上白蓮教大規模的發生作用主要在兩個時期：第一是元明易代之際，白蓮教在蒙元政府地統治下舉行各種起義，動搖了元朝統治基礎，到明朝初年漸漸轉入地下活動；第二是清中期，爆發了涉及數省的白蓮教大起義。
說明了白蓮教的基本問題，我們來看白蓮教是如何刺激媽祖信仰觀音化的。需要注意的是，媽祖與觀音發生聯繫的時間不是從媽祖信仰出現就有的，而是在元明之際。也就是說，從時間上來看，媽祖向觀音同化的時候正是第一次白蓮教影響最大的時候。從文獻上考察，最早提到媽祖和觀音之間聯繫的是由宋入元的士大夫黃淵。黃淵，字仲元，福建莆田人。他在《聖墪順濟祖廟新建蕃釐殿記》文中說道：「按舊記妃族林氏，湄州故家有祠，即姑射神人之處子也。泉南楚越，淮淛川峽，海島在在，奉嘗即補陁大士之千億化身也。而莆聖墪實源廟之祖，墪以聖命之何？妃馮浮槎現，祥光遍夢於墩之父老，遂祠之，賜順濟。」其中「補陁大士」是「普陀大士」的異寫，即觀音菩薩。分析這段文字，我們不難發現所謂的媽祖廟或順濟廟，最早是供奉林默娘的林氏家祠，當地父老將林默娘視為「姑射神人之處子」這般的女神。同時河海沿岸和海島以前普遍奉祀觀音菩薩，媽祖出現後河海沿岸以及海島上的信仰者越來越多，媽祖廟也越來越多，而順濟廟是這些媽祖廟的祖廟。由此看來，在宋元之際的黃淵眼中，媽祖和觀音之間的關係是並存的，還沒有出現同化的趨勢。
到了明代成形的《天妃誕降本傳》中在媽祖降生的敘事中多了觀音送子的情節：「（林氏夫婦）二人陰行善、樂施濟，敬祀觀音大士。父四旬餘，每念一子單弱，朝夕焚香祝天，願得哲胤為宗支慶。歲己未夏六月望日，齋戒慶贊大士，當空禱拜曰：『某夫婦兢兢自持，修德好施，非敢有妄求，惟冀上天鑑茲至誠，早錫佳兒以光宗祧。』是夜，王氏夢大士告之曰：『爾家世敦善行，上帝式佑。』乃出丸藥示之云：『服此，當得慈濟之貺。』既寤，歆歆然如有所感，遂娠。二人私喜曰：『天必錫我賢嗣。』」這樣的故事，「為媽祖找到一個好的宗教淵源——觀音大士，將媽祖與觀音結合為一，謂媽祖是觀音化身，既能順利開展媽祖信仰，後世媽祖廟於後殿奉祀觀音大士，也鞏固了觀音信仰在民間的地位。」媽祖廟後殿奉祀觀音大士，這樣的建築布局最早可以追溯到明初。《天妃顯聖錄》的「湄洲聖跡圖」裡繪有觀音堂，也就是說明代文獻已經顯示出觀音和媽祖結合在一起了。這座觀音堂的建立，據《天妃顯聖錄》「藥救呂德」條的記載應該是建立於明初洪武年間：「洪武十八年（1385），興化衛官呂德出海守鎮，得病甚危篤，求禱於神。夢寐間，見一神女儼然降臨，命侍兒持丸藥，輝瑩若晶珀，示之曰：『服此，當去二豎。』正接而吞之，遂寤，香氣猶藹藹未散。口渴甚，取湯飲，嘔出二塊物，頓覺神氣爽豁，宿痾皆除，遂平復如初。是夕，夢神云：『疇昔之也夜，持藥而救爾者，乃慈悲觀音菩薩示現也，當敬奉大士。』呂德感神靈赫奕，遂捐金創建觀音堂於湄嶼。」可見至遲在明洪武年間湄洲嶼已有奉祀觀音的觀音堂，將媽祖與觀音的信仰結合在一起。需要注意的是，這則故事中的神女形象被認為是觀音，那麼呂德最初所祈禱的神以及後來在夢中告訴呂德神女是觀音的神又是誰呢？應該是媽祖。也就是說呂德向媽祖祈禱，而觀音來為呂德治病，這裡媽祖和觀音儼然是一體的。
明成祖永樂七年加封媽祖「護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃」，「普濟」二字第一次出現在媽祖的封號中並於此後一直存在。清朝康熙年間曾出使琉球的徐葆光在《中山傳信錄》中記載了琉球天后宮：「琉球天后宮有二，一在那霸，曰下天后宮……堂內有崇禎六年冊使杜三策、楊掄『慈航普濟』匾；順治六年，招撫司『普濟生靈』匾；康熙二年癸卯冊使張學禮、王垓『普濟群生』匾；大門上書『靈應普濟神祠』。」在觀音菩薩的信仰中「慈航普度」是對觀音神格重要概括，「普濟」與「普度」本就是同意之詞，更不用說諸如「慈航普濟」與「慈航普度」之間的共同性。可以認為，這是觀音元素在媽祖封號中的體現，也意味著媽祖與觀音的關係被官方所確認。《敕封天后志》卷首有明代林氏後人林堯俞的序，其中說到：「相傳謂大士轉身，其救世利人，扶危濟險之靈，與慈航寶筏，度一切苦厄，均屬慈悲至性，得無大士之遞變遞現於人間乎？」很明顯在明代的時候人們已經普遍接受媽祖與觀音的關係，觀音送子的故事與觀音託生的說法實際是一回事，「慈航寶筏」、「度一切苦厄」、「慈悲至性」也都是曾經用於表彰觀音菩薩功德的詞彙。至此，我們基本上可以認定媽祖與觀音融合在一起發生於元末明初，也就是與白蓮教第一次發生大規模影響同時。
觀音與彌勒同時下生，在佛教典籍和佛教史上也有說到過。著名僧人僧伽化跡主要在泗州，泗州僧伽信仰十分普遍。僧伽供奉的主要對象是十二面觀音，並且有三個隨侍弟子木叉、慧岸、慧儼。有意思的是，後代以《西遊記》為代表的小說中，木叉是觀音菩薩的弟子，法名慧岸。《僧伽傳》記載過「帝以仰慕不忘，因問萬迴曰『彼僧伽何人也』，對曰『觀音菩薩化身也，經可不云乎？應以比丘身得渡者，即現沙門相也』」。可見，僧伽最初被認為是觀因菩薩的化身。在《僧伽和尚欲入涅槃說六度經》中，僧伽預言：「吾後與彌勒尊佛下生本國，足踏海水枯竭，遂使諸天龍神八部聖眾在於東海中心，修造化城，金銀為壁，琉璃為地，七寶為殿。」這說明在以僧伽為主的觀音信仰中，是承認觀音會和彌勒同時下生的。雖然這種觀點並不是主流的佛教觀點，但是在僧伽生前主要活動的福建泗州附近多少都會產生一定的影響。
除了僧伽的事跡之外，還能說明在白蓮教興盛之際，觀音信仰產生重要變化的例證是白衣大士形象的定型。目前我們意識中的觀音形象，最多的就是一襲白衣卓然而立的女性修行者的形象。但是，如同女性形象不是與生俱來的一樣，觀音的白衣形象也不是與生俱來。從佛教傳統上說，白衣觀音只是眾多觀音形象中的一種，是三十三觀音之第六尊。我們從敦煌壁畫上可以看出，曾經的觀音形象是豐富多樣的，並不唯有白衣一種。但是隨著時代的發展白衣觀音取代了其他觀音形象，從文獻上看在元代以後白衣觀音被廣泛提及，幾乎成為觀音的唯一的形象了。白衣觀音常住白蓮花中，以純潔潔白的形象出現，正好符合白蓮宗的信仰取向。作為白蓮教前身的白蓮宗，其教徒身著白衣手持白蓮嚮往著西方蓮花世界。白蓮宗的信仰尚未脫離彌陀信仰，因此觀音是其重要的信仰對象。那麼我們可以認為，隨著宋元之際白蓮宗和白蓮教的發展，白衣白蓮的觀音形象逐漸定型。這也說明了白蓮教的發展造成了觀音信仰的新變化。明朝人李元嗣所刊《泗洲大聖明覺普照國師（僧伽）傳》也謂「僧伽大聖觀音化身……知白衣之開山默符前定」，可見在當時人心中僧伽就是不僅是「觀音化身」，而且是「白衣大士」的開山。根據僧伽的傳說中觀音與彌勒同時下生之讖，白衣大士形象普及的時間以及僧伽與白衣大士之間的關係，我們應該能夠確認觀音信仰在白蓮教時代有新的發展。媽祖與觀音之間產生聯繫，極有可能是這種發展的重要形式。
總結來說，第一、媽祖與觀音發生聯繫的時間與白蓮教興盛的時間基本重合，第二、在福建地區的僧伽信仰中存在著觀音與彌勒同時下生的說法，第三、隨著白蓮宗和白蓮教的發展觀音信仰確實出現了新的變化。從這三點上來說，我們可以認為媽祖與觀音發生聯繫同白蓮教的興盛有足夠的相關性。我們已經知道，白蓮教的下生邏輯是彌勒託生明王出世，而媽祖與觀音發生聯繫的起點是觀音託生媽祖。這兩個故事在建構時間上幾乎同時，建構邏輯上又幾乎完全相同，在信仰體系中又有跡可循，因此我們有理由認為講述媽祖與觀音之間關係的故事是在白蓮教降生邏輯的刺激下形成的。我們嘗試將媽祖、白蓮教和彌勒信仰中的下生故事繪成表格：
正如表格中顯示，三個故事的模式是非常接近的，但也存在差異：彌勒信仰和白蓮教中彌勒菩薩親自下生成為未來佛或明王，而媽祖信仰中觀音菩薩並不是直接成為媽祖。媽祖只是觀音菩薩的一個化身，因此在遇到困難要尋求幫助的時候，人們呼喚了媽祖名號便不需要再念觀音菩薩的名號。這樣看來，媽祖只能在一定程度上替代觀音菩薩，因此二者往往並存出現，而不是以媽祖來取代觀音。總結而言，在媽祖與觀音的傳說形成過程中，彌勒的下生信仰為其提供了故事模型，這個模型通過白蓮教的廣泛傳播以其巨大的社會影響刺激了觀音託生媽祖故事的形成。媽祖的本生故事一旦成形，之後向觀音同化的路徑便由此奠定了基礎。