自歐洲人乘船登入北美大陸以來，造成了印第安人的大量死亡。對印第安人大量死亡的原因，西方與非西方的學界有著重大分歧。西方人認為印第安人的大量死亡是因為傳染病，而非西方的學術界則認為是因為西方人的大量殖民而造成的。西方人不承認這一點是因為西方人根本不想承擔這一歷史罪名。這兩大原因也並非單獨列出，在歷史上經常相互伴隨，進而導致印第安人的死亡。但兩者的關係以及歷史的真實脈絡又是什麼？
殖民活動對於印第安的生存影響，雖然殘暴並不絕對減損土著人
無疑，15世紀末開始的地理大發現是印第安人災難的開始。但這卻是歐洲人無比輝煌的近代史的開端。地理大發現確實使新大陸與舊大陸廣泛交流起來。不論是從人員還是物種，糧食商品包括疾病都在新舊大陸之間的不斷轉化。並不單單是歐洲人將舊大陸的疾病帶到了印第安群落當中。包括印第安人土著的一些傳染病也通過新航路返回到了歐洲。
但是由於歐洲並非封閉的大陸，與亞洲和非洲具有廣泛的聯繫。疾病的交換特別頻繁，包括對於衛生條件的改善和認知。最終使得印第安人的疾病並沒有在歐亞大陸上造成嚴重的傷亡。但是歐亞大陸各種疾病，在登陸較為封閉的美洲以後，印第安人根本束手無策。最終給印第安人帶來了巨大的生存危機。
在早期，人們普遍認為是歐洲人的暴力與殘忍導致印第安人的人數迅速削減。因為在早期歐洲人進入美洲以後，在初步確立了殖民地之後就開始奴役印第安人，通過戰爭暴力和奴役的形式，要求印第安人為其無償生產各種產品，從而導致了印第安人的死亡和人數的下降。但是在當時歐洲殖民者進入印第安部落之中，只有區區數百人。雖然他們拿著槍和新式武器，但是依然無法對抗整體印第安人的數量優勢。
所以在當時通過殖民等暴力的手段奴役印第安人的只能是一部分。並不會導致印第安人絕對化的大量死亡。畢竟在歐洲人進入北美大陸100年以後，歐洲的全體移民數量還不足印第安人的1/10。又因為山川廣袤，地形複雜歐洲根本無法完全奴役這個新大陸上的土著印第安人。但是不可否認的事實是印第安人在這100年以內死亡率飛速增長。甚至到達了無可控制的地步。而近些年的研究當中，我們普遍認為可能是舊大陸的各種疾病導致了印第安人的大量死亡。
我們在討論印第安人在當時究竟有多少人口的時候。保守估計是有九百萬，不保守估計是有2000萬。但是說到底，這都是西方殖民者在殖民美洲差不多以後，對於印第安人作出的一種數量上的估算。但這已經是印第安人因為各種疾病和奴役而死去相當一部分以後的數字。
同時印第安人生活在整個美洲大陸。英國，法國，西班牙都殖民過北美大陸。但是早在這之前，西班牙和葡萄牙在南美大陸時就已經將各種疫病傳入到了印第安族群當中。而印第安族群的廣泛聯繫性，使得這場疫病早在英國人登入北美之前就已經經歷過一波北美當地化傳播，而且外來傳染病在北美大陸傳播的方式也不止一種。
傳染病成為印第安人的噩夢，傳染方式多樣迅速！歐洲人也未能倖免
首先，歐洲殖民者跨洋航行登陸新世界確實是傳染病傳入美洲的方式之一。同時在初期歐洲殖民者與北美印第安人進行物質交換和基本的皮毛商業貿易時，雙方之間的物品往來和交流也攜帶著大量的傳染病。印第安人的衛生狀況使印第安人更容易感染傳染性強的傳染病。
這一方面是因為印第安人生活的狀態比較原始。另一方面是與歐洲殖民者在生存競爭當中落敗，自己也不得不遠走他鄉，生活條件艱苦。此外，印第安人的醫療體系依然與迷信宗教和巫術糾纏在一起。對於從沒有接觸過的外來傳染病不僅束手無策，而且一些措施還是導致了相反的結果，傳染病爆發得更為迅速。
此外，雖然歐洲殖民者有這些傳染病的抗體，但也並不意味著歐洲人並不感染這些極具傳染性的疾病。當時歐洲人因為天花麻疹等傳染病而導致的死亡率也達到了30%多。甚至歐洲的一些行船在航行到北美大陸之前整體船隊就因為傳染病的大規模泛濫，而導致全員人員喪生。實際上貿易往來是外來傳染病在北美大陸傳播的重要途徑，而這一點被很多人所忽略。
大部分人只承認歐洲殖民者到美洲的殖民，但是歐洲殖民者在美洲的大規模殖民以及對印第安人奴役某種程度上，是在歐洲的殖民體系初步建立以後，而非剛剛登陸北美新大陸就開始。在之前的很長一段時間以內，雙方都進行著各種商品貿易。而各種傳染病也就是在這一貿易之中傳播到了印第安部落，並形成交叉感染。此外，傳染疾病的並非僅有歐洲殖民者。
歐洲人認為印第安人是劣等民族，所以他們並不願意與印第安人有過更為廣泛的交流。而人種之間的交換還包括非洲黑人。這些黑人奴隸曾與印第安人進行過廣泛交流，共同耕種土地，非洲大陸的傳染病也大規模的進入美洲，與歐洲的一些傳染病相結合交叉傳播。這就是印第安人更難找到的應對外來傳染病的防控方法。
在當時因為外來傳染病印第安人部落的死亡率高達60%。在一次又一次的北美大陸上天花記載研究資料當中，有相當一部分的瘟疫都是由非洲黑人奴隸運輸船隻傳播到北美地區的，也造成了相當多的歐洲白人的傷亡。
此外，歐洲人在北美大陸的定居和拓展自身的殖民地，也成為了很多印第安人感染外來傳染病的原因之一。這些無疑都指向了人種之間的物種交換，包括傳染病交換。當時一些非洲國家的移民者，他們的妻兒也因為各種奇怪的疾病而喪生。在歐洲整體信奉基督教的情況之下，他們認為這是印第安人所帶來的邪惡的災難進而對印第安人採取了很多極端措施。
而到了歐洲白人大規模殖民美洲的時候，印第安人每年都有兩次擔心各種疾病會悄然而至。因為他們發現了每當自己與白人和黑人，緊密接觸的時候，自己就會爆發不可治療的傳染病。即便在一些時候，歐洲人並沒有與當地的土著印第安人爆發各種生存矛盾。印第安人對於歐洲白人和其他種族的人口也非常排斥，不願與其接觸，以希望通過拒絕接觸來保證自己的種群不會因為各種各樣的怪病而消失。
兒童也是傳染源！這令印第安人防不勝防
此外，更被大家所忽略的是，在歐洲一些傳染病早已經在民眾當中形成抗體。這種抗體有一部分是深入到人們的基因當中。但絕大部分是人們的基因並沒有改變，只是人類在生長發展的幼年階段容易感染此類病絕並在之後獲得抗體。這些病在學界統稱為地方病或者是兒童病。所有能讓人感染地方病和兒童病的傳染病，在過去的數百年裡都曾引起了巨大的社會損失和人員傷亡。只是在不斷的競爭較量當中達成了雙方之間的妥協形成了寄生生關係。
很多傳染病歐洲白人都有了抗體，但是歐洲白人的孩童並沒有，他們也很容易感染這些傳染病。但是由於整體族群的發展，他們更有能力去拯救已經患病的白人孩童。並在精心呵護下得到康復。而這些完全沒有任何抗體的白人孩童，在與印第安人的某些人接觸的同時就會將原病毒傳入印第安部落中。這種傳播速度非常隱蔽，而且非常迅速。甚至沒有直接的肢體接觸也會感染。這是很多印第安部落都落入死神之手徹底消失。
其實我們現在很難對外來傳染病在印第安人群落當中究竟造成了多少損失進行統計，但是它的嚴重程度不能被低估。從西方殖民者進入北美，一直到美國出臺法律保護印第安人為止。有據可考的印第安人傳染病共93次，每一次都會造成大量印第安人人口的傷亡。這還不算無法統計的次數。這就使得歐洲開始大規模殖民美洲的100年內，印第安人減少了自身人口的70%。可見外來傳染病某種程度上比徵服和殖民印第安人來說更加致命。
生存空間的壓縮，印第安人失去了自己抵抗疾病的最後道路
除了以上一系列原因之外，北美印第安人還因為生存空間的壓縮導致自身可能沒有足夠的力量抗衡殖民者以及外來傳染病。殖民者在廣泛的對新大陸殖民的同時，入侵了大量印第安人的富饒土地。印第安人的土地從來都是公有制的，他們並不認為土地是一個人或者一個族群擁有土地。
土地是上蒼對於生活在這一片地區的人口，包括動植物共同擁有的財產。但是當西方殖民者將土地據為己有以後，印第安人並沒有能力重返自己的家園，某種程度上瓦解了印第安人的傳統社會生存模式。具體來說。歐洲殖民者通過不平等的買賣方式獲取了大量的印第安人土地，在印第安人反悔以後，又對其進行大規模的暴力驅趕。
使得印第安人只能生存在土壤貧瘠偏僻的山區。沒有開闊的平原時的印第安人在當地建立起的臨時家園衛生條件有著巨大缺陷。再加上無法得到食物充分供給多樣化，使得印第安人的免疫力大為下降，疾病入侵印第安人很難倖存。
同時為了躲避殖民者，很多印第安人都不敢外出收穫莊稼，種植穀物包括狩獵。沒有了生存空間的印第安人必須忍飢挨餓。整個群體都處在虛弱不堪的狀態中，再加上白人殖民者的廣泛活動，使得印第安人照比過去更容易接觸外來疾病以及病毒的傳播。此外，由於北美大陸找不到適合的可用於馴化的自然動物。
所以殖民者經常將歐洲的各種動物運往北美開發土地。而這些動物自身也存在著細菌，他們對細菌同樣有抗體，但是大陸的一些印第安人賴以生存的狩獵對象則沒有。他們與印第安人一樣飽受舊大陸的疾病困擾。而且他們數量的減損某種程度上比印第安人更為突出迅速。食物來源除了被殖民者剝奪一部分以外，大部分也因為各種病毒而消失。
這就使得印第安人的生活狀況更為嚴峻。總之，西方殖民者在新大陸的活動主觀客觀上都阻礙了印第安人的正常發展和其基本的社會自然食物鏈條。雖然最容易被人們所重視的是殖民者通過戰爭和暴力衝突，壓縮了印第安人的生存環境，但是這對於印第安人的減損而言似乎並不絕對。
外來傳染病對印第安人的影響是毀滅性的。曾經的印加帝國在戰勝西班牙殖民者的當天晚上，整個帝國就傳播了天花。短短數月，一個多達千萬人口的印加帝國便消失得無影無蹤。
可以說殖民主義和疾病的傳播共同作用導致了印第安人的消失。