一般人認為，密教著重的是各種各樣神秘修行方法，哲學思想相對貧乏。這種觀點未能完全反映密教教義的本來面目。密教作為在大乘思想基礎上建立起的宗教派別，其佛學思想底蘊是十分深厚的，某些方面雜揉其它宗教的內容，對佛教學說應該說有相當程度的發展。今天評價密教往往過分重視其晚期出現的一些縱慾行為，但我們應該看到，這些行為畢竟不能代表其思想主體。只要我們承認密教是佛教整體發展的一個環節和有機組成部分，就不能簡單地把它定位成神秘、墮落、庸俗的宗教體系。
事實上密教擁有大量的密典，數量不在顯教經典之下。這些經典對空宗中觀方法的運用十分嫻熟，另一方面對有宗分立法相的方法也都有極為巧妙的吸收。可以說，密教的思想基礎正是大乘思想的主幹部分，而且，它更深一步，運之於現實人生，不以悲觀消極的狀態，來定位人生，相反提倡轉染為淨，變苦為樂的修行實踐，這無疑是對現實幸福的積極追求。密教更多地擺脫小乘苦空的影響，直接展示喜悅的宗教體驗，是大乘佛教各派所未能涉及的。
簡單說來，密教哲學的基礎是菩提心論。其價值觀則可歸結為那個為眾論所評「大樂」思想。
菩提心，一般認為指的是眾生發起修行正法、證得覺果的願心，在密教中，往往把菩提心等同於佛性、自性。這不難理解，佛教中常言發心即是解脫，願心本身即是本性。
密教對現實世界的認識和空宗相似,從其對立存在這一點上否定世界存在的真實性,也就是說,正因世界有種種千差萬別的現象,所以沒有一種現象可以說是世界的本體,把物質或精神視作不變的本體，密教覺得都不可接受。密教經典提出,只有對立兩極徹底合一的狀態才算是終極真實體。這個真實體沒有千差萬別的事象可談,所以「不二」、「平等」;不經歷生滅變易,所以叫「金剛」;沒有任何染心妄念,所以可以稱作「淨心」。《瑜伽大教王經》中說:「實相菩提非有無,亦無二邊無中道。離相寂靜如虛空,三世諸佛何所證?」
實相菩提是徹底超越一切名言事相的真實體,是超越存在的存在,甚至談不上什麼證悟的問題,因為本在其中,本心流露而已。關於此點,《名義經》中有精採的解說：自心如實證覺已,彼所覺心不可得。自心如實正了知,而諸魔心亦如是。
這就是說,自心證悟的狀態中,沒有任何證悟的體驗,不留悟痕。自心如實地發生作用,所謂魔心也是一樣。證悟不是完成了某種認識作用。話說到這份上,確實無法訴諸於理論認識了。但是密典還要進行慈悲的宣說,《瑜伽大教王經》中從四個方面說菩提心的特徵。
其一,「菩提心本無生滅,性淨無法無所受,無著無染如虛空,是即堅固菩提心。」菩提心遠離生滅,其中沒有任何執著、染汙可談。也沒有「法」、「受」之類的事情。
其二,「此性本來無有性,無相無為體凝寂,此法源自無我生,是即堅固菩提心。」菩提心的存在嚴格說來不是存在,它超越人類的認識,因為它沒有任何特徵可供認識,可供認識的東西肯定是有生有滅的事相。
其三,「法界本來無所生,寂然無性亦無相,洞達空性無邊際,此即菩提真實心。」菩提心沒有生起萬物,也不是沒有生起萬物,生不生都是事相特徵,不能用來認識菩提心。
其四,「諸法自性皆清淨,本來寂靜無所有,亦無菩提亦無佛,及彼眾生及壽者,有見如夢如幻化,無見之見亦復然,離有離無取捨之,是即堅固菩提心。」這是說眾生的認識作用也只是如夢如幻的作用而已,不能等同於菩提心。
總之,菩提心是不可思議,絕對形而上的存在。密教受大乘有宗的影響,強調轉染為淨的解脫可能性,相反,認為身在染中,對染必須善加利用才能得度。
首先,密教認為染淨只是一種人為區分，本性不二，只是由於人的認識,才產生了相對的狀態。染與淨本無定態。《真實攝經)中說：「應知法界無分別,見貪可離斯可罪,是故染淨性真常,此中知者無餘事。」
染性與淨性本來真實如一。淨是真實的,染也是真實的,所謂虛妄只是說認識產生了虛妄作用,淨性與染性本是一體兩面的事。從這個邏輯出發,染本身也成了淨,關鍵在於染如何加以把握。染成了解脫的重要途徑。對染產生厭惡,希望離染得淨根本上就是避火投水,必須從現存狀態中直入解脫。
以染治染的思想雖是密教十分強調的方法,但並非密教的獨家專利,般若類經典早就有過鑽木燃火、以楔出楔的說法,只不過密教明目張胆地把它付諸於實踐罷了。所謂「奇哉自性淨,隨染欲自然,離欲清淨故,以染而調伏」,直破要旨,公開宣稱要用染法來達至清淨。換句話說,就是證悟到染的本性,染淨不二。
麻煩的是,密教在說染法時強調淫慾,這多少和人們的常規道德觀念不符。其實,關於淫慾的問題完全不必總放在道德範疇裡討論。《大品般若經》中早就說過,「淫淨」和「色淨」以及「一切種智淨」,從根本上說沒有區別,貪瞋痴也是一樣。又如《維摩經》裡說,佛為增上慢人(抱住成見不放且自高自大之人)說戒定慧是道,沒有增上慢的人,佛對他說貪瞋痴也是道,不必另作他求。又如《大智度論》裡喜根著薩說： 「淫慾即是道,瞋痴亦如是,如此三事中,無量諸佛道。若有人分別,淫怒痴與道,是人去佛遠,譬如天與地。」
淫慾中生成無量佛道,打通相對達至絕對,不可能捨棄染的一面。喜根菩薩又說：「若人計吾我，淫將入惡道,見有無法異，是不離有無。若知有無等,超勝成佛道。」
道理更深一重，那些認為淫入惡道的人恰恰是抱住我相不放的人,他們沒有領悟至高無上的、非有非無的本體,所以對淫抱有恐懼，害怕入惡道。其實並沒有什麼淫可淫,更沒有什麼惡道可入。證悟了有無的本性不二,才算是成就佛道。
三毒即是道,由三毒而證道,是密教的基本思路,在宋紹德所譯《佛說大乘隨轉宣說諸法經》中,有偈說到三毒,頗為精採：
若人慾成佛,勿壞於貪慾,諸法即貪慾,知是則是佛。
貪慾及恚痴,無有能得者,是法皆如空,知是則成佛。
見非見一相,著不著亦然,此無佛無法,知是名大智。
如人於夢中,得道度眾生。無道無眾生,佛法性亦然。
道場無所得,若得則不有,明無明一相,知是為世尊。
眾生即菩提,菩提即眾生。菩提眾生一,知是為世尊。
密教這種重視染,不輕視惡的思想值得我們深思。善惡一性論超出了道德觀的範疇,對於我們把握某些基本的道德範疇有很好的參考作用。密教對人們指出,所謂善惡、染淨、貪不貪等只是人們具體行為中相對存在的狀態,人們不應該把清淨心的一面作為執著不舍的目標,而陷於另外一種貪慾之中,如此則層層不休。追求清淨和染汙是同種心態的產物。
顯然,密教並不是故意要為作惡縱慾尋作藉口，相反,它倒是在人類千百年來沿用的單向思維面前提出了質疑。密教是佛教發展的兩大體系之一,與顯教一起構成了整體的佛教,今天應該引起人們的重視。密教由於推崇某些與社會道德觀念不合拍的修行方法,在各地的發展中走過了十分崎嶇的道路。目前比較完整地保存了這一形態的地區只有中國的西藏。