《慈悲三昧水懺》共上中下三卷，今收於《大正新修大藏經》第四十五冊，卷前有《御製水懺序》(末署成於永樂十四年七月初一日)和《慈悲道場水懺序》。
其名稱中的「慈」意為予樂，「悲」意為拔苦;「三昧」本是定的意思，「三昧水」則是由迦諾迦尊者的三昧力加持而成的三昧法水，係指佛法的般若智慧甘露水，可以滌清眾生的業障;「懺」代表懺悔，指懺悔過去的業。
「慈悲三昧水懺」即指在慈悲清淨的定境中，以佛法的甘露水洗滌業障和內心的煩惱，以現出拜懺者本來人性的智慧和福德。其正文的形式亦如其他懺法書，首先說明了建立水懺道場的意義及其功用，令修懺者發心皈依諸佛菩薩。其次舉懺悔文，令修懺者興起慚愧心、恐怖心、厭離心、菩提心、怨親平等心、念報佛恩心、觀罪性空心等七種心以懺悔煩惱障、業障、果報障等三障。懺悔終了，最後需以懺悔三障所生的功德回向施主與一切眾生。
懺法來源——悟達禪師與人面瘡
慈悲三昧水懺的作者悟達國師，生於唐朝，四川湄洲人，俗姓陳，七歲出家法名為知玄，十四歲時即為皇帝、大臣、文武百官一萬人等講經說法，人稱「陳菩薩」。
知玄法師年少參訪叢林，為雲水僧時，有一天途經京師，在長安京都某寺掛單，遇到了一位西域僧人。這位僧人生了一種「迦摩羅」的惡疾，全身生瘡，發出衝鼻難聞的穢氣，無人理睬。知玄住於他隔壁，憐愍他的病苦，耐心為他擦洗敷藥，常去照顧他。病僧癒後，感激知玄的德風道義，就對他說：「我要走了，將來你有難臨身時，不妨到四川彭州九隴山來找我，我會設法解救你的災難。記住在有兩棵大松樹並立的標誌，那就是我居住的地方。」
在唐武宗會昌法難之後，佛教遭遇空前浩劫，至唐懿宗登基時極欲振興佛教。唐懿宗非常欣仰其德風，遂迎請知玄法師與外道眾徒辯論，徹底粉碎一切外道邪見，佛教因此再度振興，知玄法師也因此成為全國佛教界的領袖。
知玄法師亦因為德行高深，備受唐懿宗的尊崇，鹹通十年(公元八六九年)，懿宗皇帝並親自求教佛法，親臨安國寺，欽賜檀香講經法座。座高二丈，以壇香為材，用金絲鑲成龍鳳花紋，旁設磴道，並尊他為國師。
國師升堂講經時，以一念驕慢心生起，於座上看見一珠飛入左膝蓋，旋即生出一個人面瘡來，有眉有眼，有口有齒，與人面一樣，每天需要飲食餵他，瘡像人一樣開口啖食。知玄法師痛苦萬狀，雖召請了各地名醫，但皆搖手遜稱無藥可醫。
國師遍攬群醫，都無法醫治，正在束手無策時，忽憶起昔日西域僧人的話，於是前往西蜀入九隴山去尋找。一日，傍晚時分，山路難行，正不知如何是好時，忽然看見兩棵並立的松樹，國師心中大喜，快步走向前去，只見廣闊的殿堂，金碧輝煌，那位僧人已站在門前，國師將所患怪疾的痛苦相告。西域僧人指著松旁的溪水道：「不用擔心，用這清泉可以去除你的病苦。」
翌日清晨，僧人命一孩童帶路，引領國師到巖下清泉之畔。國師剛欲以泉水洗膝上人面瘡時，不料人面瘡竟忽然出聲開口說：「不要洗!不要洗!」國師驚問：「為什麼?」瘡說：「您曾否讀過西漢史書，袁盎與晁錯傳呢?」國師回答：「曾讀過」。
原來西漢時代，袁盎和晁錯兩人素來不合，不同坐也不共語。漢景帝時晁錯為御史大夫，其個性非常的剛直忠心，他提議要削去諸侯的封地，以免他們的勢力日日強大。但當景帝削去吳、楚等七國的封地後，吳、楚等七國竟然聯合起來造反。當時的袁盎趁這個機會向景帝進言，必需殺晁錯以謝七國，所以景帝聽信袁盎的進言，就將晁錯斬死在東巿;然後拜袁盎為太常，因此晁錯含冤而死。
人面瘡開口說：「您既然讀過了，何以不知袁盎殺晁錯之事?往昔的袁盎就是你，而晁錯是我。當吳楚七國造反時，你在帝前讒我，致使斬我於東市。這冤深恨重，十世以來，輪迴流轉，我一直在找機會報仇，可是你這十世之中皆為高僧，清淨戒行，冥冥中有護法在旁保護，故苦無機會可以報復。如今，你受皇上的恩寵待遇豐厚，集朝野禮敬於一身，起貢高我慢之心，動了希名欲利之念，有失道行，因此我才能附著你身。現在蒙迦諾迦尊者慈悲，賜我三昧法水令我解脫，我們之間的夙冤也告終結，從今以後我不再與你為難做對，冤冤相纏。」
悟達國師聽後，非常震恐，連忙俯身掬起清水洗滌，一時痛入骨髓，暈絕在地不省人事。甦醒時，膝上的人面瘡已不知去向。由此遂明白聖賢渾跡世間，不是凡情所可以測度的，國師欲回寺禮謝尊者，但金碧輝煌的崇樓寶殿，已杳無蹤影。
參禪悟道，雖然明心見性，但三世因果業報，卻歷歷分明，誰也逃脫不了。只有廣作善事，多結善緣，懺悔消業，滅罪離愆，方可得救。在自性上雖然沒有罪業可言，但在事相上因果儼然，絲毫不爽，所謂現報、生報、後報，但不會不報。悟達國師所幸遇聖僧迦諾迦尊者，施藥護病，尊者報以解冤消業。後悟達國師作《慈悲三昧水懺》，簡稱《水懺》，流行於世，普勸世人「但願隨緣消舊業，更莫招愆造新殃」，三世業報，可不慎哉?