倭寇指的是來源於日本（舊稱倭國），出沒於中國東南沿海的海盜。13世紀末，日本施行海禁政策。不過到中國做生意的日本商人仍然很多，畢竟日本資源匱乏，也是小農經濟，經濟不發達，很多商品，尤其是許多生活必需品都靠中國供給。
這就給了日本商人機會，更刺激了日本的封建領主、貴族和武士。尤其是日本進入南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻戰，爭權奪利。
他們到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫燒殺的海盜活動，希望獲得更多的經濟利益。在這種情況下，倭患非常多。
公元1308年（元武宗至大元年）倭寇在慶元「城郭，抄略居民」。這是中國歷史上最早倭寇欺負中國的記載。
也是從這個時候開始，中國沿海各地，均受到了倭寇的荼毒。元朝也曾施行過海禁，但時間較短，政策不延續，管理也不嚴格，對外貿易興盛。
但我們也知道，元朝自從忽必烈往後，是一年不如一年，從中期開始，皇位繼承紊亂，內亂頻繁，再加上政治腐敗，矛盾加劇，根本顧不上沿海倭患。
倭患最嚴重時期要屬大明了，可以說倭患貫穿整個大明時代。
朱元璋剛剛建立大明，就遇到了這個棘手的問題，其中還包括了一些殘餘勢力退居海上與這些倭寇勾結在了一起，朝廷就倭寇問題，向日本提出過交涉，也與日本合作打擊過倭寇，但效果並不明顯。
朱元璋為了避免沿海居民和海盜、倭寇等勾結，制定了「海禁」政策，禁止了民間貿易，甚至不允許出海捕魚。
到了永樂大帝時期，沿海各地對倭寇不斷有所斬獲，尤其是望海堝之戰，讓倭寇消停了不少時間。然而從明朝中後期開始，倭寇橫行沿海，甚至爆發了嘉靖倭亂，成為了明朝的巨大邊患。
不過這一期的倭亂，客觀地說，其中有不少中國人的參與。出現了汪直、徐海、陳東、葉明等著名的海盜，這些海盜基本都和傳統的「倭寇」有勾結，而包括俞大猷、戚繼光等人無不為剿滅倭亂而煞費苦心，絞盡腦汁。
但是令元明兩朝頗為頭疼的倭患，到了清朝卻銷聲匿跡了，這是為什麼呢？
從日本的角度看，清朝入主中原前，日本就開啟了德川幕府的統治時代，在幕府的統治下，日本完成了中央集權，走向了穩定。
到了第三代將軍德川家光的統治時期，也就是從1635年開始，日本就開始實施所謂的「鎖國令」，也就是閉關鎖國。不過日本之所以這樣，主要是為了取締天主教的傳教活動。
不過日本採取的措施，其實和中國的閉關鎖國有點類似，但是日本對於貿易活動有著嚴格的限制，甚至禁止日本人與海外往來。
這樣一來，日本人也都不敢冒著生命危險來中國搶東西。能否搶到不好說，但是回到日本國內，一定要被處死這是肯定的了，所以清朝海患減少，倭寇不敢走出國門了。
這一點和之前日本南北朝混亂時期的局面完全不同。
清朝入主中原後，忙著穩定南方的統治，鄭成功率領父親舊部在中國東南沿海抗清。與此同時，鄭家軍還抗擊外來侵略者，趕走了侵略臺灣的荷蘭人，還剿滅了東南沿海的海盜勢力。
清朝統一臺灣後，也開始實施了海禁，但中日之間的貿易並沒有完全斷絕，只不過增加了很多限制。
所以結合幾方面的原因，從元朝就開始的倭患，到了清朝反而銷聲匿跡了。