副交感神經的低級中樞在腦千和脊髓骶部(第二、四骶髓側角的下中間外側核或副交感核)，因而副交感神經也稱自主神經腦(頭)骶部。
副交感神經的脊髓骶部所發出的節前纖維，隨骶神經的前支穿經骶前孔後，離開骶神經，構成盆內神經。
盆內臟神經穿盆筋膜加入盆神經叢，隨盆神經叢分布至降結腸、乙狀結腸和盆腔臟器，並與位於這些臟器壁內的神經節細胞形成突觸，再由這些器官內神經節發出的節後纖維支配本臟器的平滑肌和腺體。
此外，有人報導，脊髓的胸腰部也有副交感神經，其節前神經元在脊髓后角根部內側的中間帶；節前纖維經後根至脊神經節內，與該節內的副交感節後神經元形成突觸，其節後纖維隨脊神經分布於四肢和軀幹部皮膚的血管和汗腺，使皮膚血管擴張，汗腺停止分泌。
副交感神經系統的作用與交感神經作用相反，它雖不如交感神經系統具有明顯的一致性，但也有相當關係。它的纖維不分布於四肢，汗腺豎直肌、腎上腺髓質、腎等不具有副交感神經分布處。
副交感神經系統可保持身體在安靜狀態下的生理平衡，其作用有四個方面：
①增進胃腸的活動，消化腺的分泌，促進大小便的排出，保持身體的能量。
②瞳孔縮小以減少刺激，促進肝糖原的生成，以儲蓄能源。
③心跳減慢，血壓降低，支氣管縮小，以節省不必要的消耗
④協助生殖活動，如使生殖血管擴張，性器官分泌液增加。
人體在正常情況下，功能相反的交感和副交感神經處於相互平衡制約中。在這兩個神經系統中，當一方起正作用時，另一方則起負作用，很好的平衡協調和控制身體的生理活動。
①低級中樞部位不同
交感神經的低級中樞位於脊髓胸腰部灰質的中間帶外側核，副交感神經的低級中樞位於腦幹一般內臟運動核和脊髓骶部的骶副交感核。
②周圍神經節的部位不同
交感神經由側角發出的節前纖維隨脊神經前根和脊神經一起出椎間孔後離開脊神經，到達交感幹神經節。一部分在節內換神經元後，其節後纖維離開交感幹返回脊神經，隨脊神經分布到四肢和體壁的血管、汗腺和立毛肌。大部分節前纖維在交感神經幹內換神經元後，其節後纖維不再加入脊神經，而在各動脈周圍形成神經叢，隨動脈分布到頭、頸和胸腹腔的器官和腺體。
副交感神經自中樞發出的節前纖維在副交感神經節換神經元，節後纖維分布到平滑肌、心肌和腺體，副交感神經節一般都在臟器附近或臟器壁內，節後纖維短。
③兩者對同一器官的作用不同
交感神經興奮時，腹腔內臟及末梢血管收縮，心跳加快加強；支氣管平滑肌擴張；胃腸運動和胃分泌受到抑制；新陳代謝亢進；瞳孔散大等。
副交感神經興奮時，心跳減慢減弱；支氣管平滑肌收縮；胃腸運動加強促進消化液的分泌；瞳孔縮小等。
一般內臟器官都有交感和副交感神經雙重支配，這兩種神經對同一器官的作用通常是拮抗的，但在整體內兩類神經的活動是對立統一互相協調的。
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