準噶爾是三藩之亂後，清政府面臨的最大軍事威脅，沒有之一
清朝時的蒙古分為三大部分：漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古。其中漠西蒙古又稱「厄魯特蒙古」，也就是明代的瓦剌。
漠西厄魯特蒙古在明末清初分為四大部族，分別是：杜爾伯特部、和碩特部、輝特部、準噶爾部，其中和碩特部是黃金家族後裔，一直擔任漠西蒙古的盟主。
1635年，和碩特部首領固始汗為了牽制漠北蒙古對漠西蒙古的軍事威脅，於是派人前往瀋陽，向當時的後金稱臣，這是清朝第一次與漠西蒙古建立聯繫。
此後漠西蒙古諸部一直臣服與清朝，屬於清朝的藩屬國，直到一個叫噶爾丹的人統一了漠西蒙古，才正式拉開了漠西蒙古與清帝國之間的戰爭。
噶爾丹是準噶爾部臺吉巴圖爾琿的第六子，從10歲起他就被送到西藏學習佛法。在噶爾丹父親死後，準噶爾部首領原本是由巴圖爾琿的第五子（噶爾丹的哥哥）僧格繼承，但是1670年僧格在內亂中被殺，噶爾丹於是返回準噶爾奪取了臺吉的寶座。
1676年噶爾丹擊敗和碩特部首領鄂齊爾圖汗，成為漠西蒙古的新盟主，此後噶爾丹自命為準噶爾大汗，開始在沙俄的支持下向東入侵漠北喀爾喀蒙古。
（康熙時期準噶爾與清朝之間的局勢）
漠北蒙古諸部在噶爾丹的打擊下接連敗退，在活佛哲布尊丹巴呼圖克圖的建議下，漠北蒙古諸部決定投降清朝，並向當時的康熙皇帝求援。
在接到求援之後，清政府先行派出了2萬大軍前往漠北蒙古，但這支部隊很快遭到了準噶爾騎兵的伏擊，隨即全軍覆沒。
在擊敗了清軍的先遣部隊後，噶爾丹不願意給漠北蒙古留有任何喘息之際，他立即傾兵3萬追擊殺入漠南蒙古，也就是今天的內蒙古，逼近長城，致使京師戒嚴。
此時的噶爾丹非常像當年的成吉思汗，而噶爾丹的對手大清也是同女真人建立的。當年的蒙金戰爭噶爾丹肯定是知道的，而康熙也必然是了如指掌。
為了避免重蹈當年金國滅亡的覆轍，康熙力排眾議，決定御駕親徵。而面對著戰鬥力爆表的準噶爾騎兵，康熙的戰略就是使用優勢兵力，以多打少，玩群毆。
此次出徵，清軍調集了八旗綠營共10萬大軍，並攜帶了大量火炮，最終在烏蘭布通擊敗了噶爾丹。
（烏蘭布通之戰，清軍炮擊準噶爾軍「駝城」）
6年之後，清軍8萬餘人在漠北蒙古的昭莫多（今天蒙古國烏蘭巴託）再度擊敗了噶爾丹。此戰之後噶爾丹逃回了漠西地區，漠北蒙古被納入了清帝國的統治之中。
噶爾丹昭莫多戰敗後，他的侄子策妄阿拉布坦在後方發動政變，走投無路的噶爾丹在1697年服毒自盡。
策妄阿拉布坦繼位之後派人與清朝言和，但是準噶爾和清朝的戰事並沒有結束。在策妄阿拉布坦的統治下，準噶爾汗國的疆域達到了最頂峰。其控制範圍包括今天的新疆、西部利亞西南部、蒙古國西部和哈薩克斯坦東部，成為草原帝國最後的輝煌。
面對著咄咄逼人的準噶爾，清朝也是寢食難安。1716年準噶爾入侵西藏青海，再度引爆與清朝的戰爭，清軍出兵與準噶爾展開了對西藏和青海的爭奪。
1720年清軍擊敗準噶爾，將西藏和青海納入了帝國的版圖。
到了雍正時期，清軍也曾主動進攻過準噶爾，但卻在和通泊之戰中遭到慘敗。而且是此時青海的和碩特部首領羅卜藏丹津正發動叛亂，致使清軍主力被牽著在青海一帶，無暇他顧。為此雍正帝只得與準噶爾暫時修和，雙方劃定邊界，準清之間進入了一個短暫的和平時期。
1745年（乾隆十年），準噶爾汗國的第三位大汗噶爾丹策零去世，其繼任者策妄多濟那穆扎勒荒淫無道，引發了汗國內亂。後來準噶爾貴族達瓦齊在哈薩克汗國和輝特部的幫助下奪取了大汗之位。
經過常年的動亂，準噶爾在漠西蒙古中的影響力遠不如前。達瓦齊在上臺之後又與輝特部爆發了戰爭，輝特部戰敗後投降了清朝。
輝特部首領阿睦爾撒納在投降清朝後，將準噶爾汗國的虛實全部告知了清廷。此時在位的乾隆皇帝決定藉此天賜良機一舉將剿滅準噶爾。於是清軍還是在外蒙古和甘肅集結兵力和糧草，並派人聯繫哈薩克汗國，相約一同出兵。
1755年清軍分兩路攻入準噶爾境內，達瓦齊不敵清軍，在逃亡途中被霍集斯伯克擒獲送交清朝，自此準噶爾汗國滅亡。四年之後清軍徹底平息漠西蒙古諸部，徹底佔領新疆。
（清軍滅準噶爾之戰）
清準戰爭是清朝持續時間最長的一場戰爭，準噶爾作為清朝中前期最大的外患，對清朝的安全造成了極大的威脅，這也是為什麼清廷一定要消滅準噶爾的原因。
在清準戰爭中，清朝憑藉強大的國力，持續對準噶爾進行活力輸出。而準噶爾的內亂也嚴重消耗了自身實力，給了清軍以可乘之機。
其實從戰鬥力上來看，在兵力相近的情況下，清軍是打不過準噶爾的。清軍對準噶爾的所有勝利都是建立在以多打少的基礎上，並且清軍的火器裝備也不如準噶爾先進。
準軍的火器受到土耳其和俄羅斯的影響，其先進程度和技戰術都遠高於清軍。直到乾隆年間，清軍的才逐漸消除了這一差距。實事求是的講，如不是準噶爾發生內亂，恐怕清軍難以拿下漠西蒙古。
不過準噶爾的崛起對清朝也並非全部都是壞事，因為正是在準噶爾的威脅下，外蒙古、西藏、青海、新疆才逐一被納入到清朝的統治範圍內，也奠定了今天中國的版圖。