在16世紀中後期歐洲爆發了具有資產階級革命性質的尼德蘭革命，隨著尼德蘭革命的成功一個新興的國家荷蘭共和國開始成立並且隨著其國力的強盛開始走向了對外擴張的道路。為了在亞洲進行侵略擴張，荷蘭在1602年成立了荷屬東印度公司、由於當時的英國尚未進行資產階級革命，在國力上尚且無法和荷蘭抗衡、而最早進行殖民擴張的西班牙也在和英國的戰爭中損失慘重，無力和荷蘭抗衡、只有另外一個殖民國家葡萄牙在和荷蘭的爭奪中佔據了一些上風。荷蘭憑藉著超強的國力先後佔據了爪哇【今天的印度尼西亞】和錫蘭【今天的斯裡蘭卡】等地，在佔據了這些地方之後荷蘭以他們為跳板把魔爪伸向了我國的臺灣、雖然當時的明朝一開始還能抵抗荷蘭的侵略，但是最終卻默許荷蘭佔據臺灣、1624年荷蘭正式佔據了臺灣，並且從此開始了長達38年的殖民統治。
1644年明朝滅亡，明朝宗室在南方成立了南明、在弘光帝被殺後南明的福建總兵鄭芝龍【鄭成功的父親】等人擁立明朝宗室朱聿鍵稱帝，是為隆武帝、此後清軍繼續向福建進軍，隆武帝被殺鄭芝龍降清【在1661年因為鄭成功的原因鄭芝龍被殺於京師菜市口】、而鄭芝龍之子鄭成功堅不降清，並且在隨後的十幾年間和清朝展開了一系列的鬥爭、期間鄭成功雖然率軍取得了一些勝利、但是在1659年【清順治16年】率部攻打南京失利後鄭成功部損失慘重，鄭成功有感於清朝的統治很難撼動再加上其愛國之心、於是他便想收復和他當時所佔據的金廈隔海相望的臺灣，在經過了一系列的準備後鄭成功率部於1661年陰曆二月開始攻臺、在經歷了將近一年的艱苦作戰後隨著荷蘭駐臺灣最高指揮官揆一籤字投降，遠離祖國38年之久的臺灣終於又回到了祖國母親的懷抱、鄭成功率部收復臺灣的軍事行動，是偉大的中華民族反抗外來侵略的重大勝利、通過這一鬥爭維護了中國的主權和領土完整，捍衛了中華民族的尊嚴、具有十分重大的歷史意義。雖然在收復臺灣以後不久鄭成功即因病去世，但是在其子鄭經以及其孫鄭克爽的統治下臺灣採用了一系列明朝的的宮室、廟宇和各種典章制度、使得臺灣在日後成為一個以漢民族文化為主的社會，為臺灣自古以來就是中國不可分割的一部分領土提供了思想上的佐證。
雖然鄭氏三代收復臺灣以及此後對於臺灣的統治有著以上這些積極的因素，但是對於當時的清王朝來說鄭氏三代的所作所為和吳三桂等三番也沒有什麼區別、只不過是清王朝受制於當時的形勢無法解決臺灣問題。1662年八歲的愛新覺羅玄燁繼位，是為康熙帝、康熙帝在繼位後先後經歷了剷除權臣鰲拜，平定三藩之亂後為了實現國家的大一統決定收復被鄭氏佔據了二十多年的臺灣、在一開始由於當時的權臣納蘭明珠主張以安撫為主，收復臺灣的事情進行的很不順利、直到一個叫姚啟聖的人的出現，收復臺灣才真正被提上了日程。其提出的三剿三撫更是解決臺灣問題的關鍵，這三剿三撫具體而言就是收復臺灣一定要堅持三必剿、這三必剿首在剿其心其次是剿其兵最後是剿其海路，而三撫的第一撫則是首先要撫其祖上功業，其次要撫其民心民心不可欺也不可棄、第三撫就是要安撫延平王鄭經。可以這麼說正是這三剿三撫為收復臺灣提供了理論上的支持，再加上當時三藩之亂已經被平定清朝有了一個良好的大後方可以全力的收復臺灣、另外還有一代名將施琅和其師姚啟聖一文一武的末期配合，以及康熙帝的全力支持、在經歷了一番苦戰後清軍最終於1683年【康熙22年】陰曆八月正式收復了臺灣。在收復臺灣後清政府的一些大臣比如索額圖等人以臺灣臺灣孤懸海上，治理以及防守花費巨大等理由，主張放棄臺灣、而施琅以臺灣的戰略地位重要為理由，據理力爭最終說服了康熙帝、臺灣從此被正式併入了大清的版圖。1684年清朝設立臺灣府，隸屬於福建布政司、200年後的1885年清朝設立臺灣省，首任巡撫為淮軍名將劉銘傳。