《中國和日本》一書的可讀性很強，但也不意味著沒有任何問題，本節僅從兩國關係史中的重要議題試析一二。
在傅高義看來，中日兩國難以實現歷史和解的癥結在於那段侵略的歷史。他本人並不否認侵略歷史的存在，但卻花費相當多的文字去解釋這場戰爭的偶然性。傅高義在書中強調日本侵華，既不是日本人的本性使然，亦沒有一個精心設計的計劃，只是一段偶然的歷史。但理解歷史中的偶然性往往有多個維度，如果僅就微觀的歷史事件而言，其發生確實具有偶然性的因素。但是，在事態擴大化並最終演變成為戰爭的過程中，偶然性還能解釋這一切嗎？
該書不止一次地討論了日本侵華的非計劃性和偶然性。例如，在第三章專門拿出一節（「日本的軍事野心：精心策劃還是意料之外」）來對甲午戰爭前日本是否有侵華軍事意圖做了論述。根據作者所述，「對外侵略的決策不是來自一個整體的、明確的、長時期的計劃，而是一個有各種因素捲入其中的複雜過程的結果」。具體來說這些因素主要牽涉日本國內，例如其政治狀況、軍事領導體制、激進分子的恐怖威脅等都導致了侵略行動的發生。作者在第七章中再次指出，「日本從未計劃侵略全中國。可能除了荒木貞夫外，大部分軍官都避免全面入侵中國」，「日本正慢慢滑向戰爭，但他們沒有戰爭的計劃，更沒有戰後的和平計劃」。對此，作者進一步指出，到了20世紀30年代，隨著國內各權力中心的分散，事實上已經很難就和平談判尋找共識，這成為局部衝突最終走向全面戰爭的原因。這裡比較耐人尋味的是，作者為何一直主張日本沒有戰爭計劃？
談到侵略戰爭的計劃性，多數人或許會想到「田中奏摺」。雖然書中多次出現田中義一，卻並未涉及「田中奏摺」。「田中奏摺」的存在與否在中日兩國學界已經展開了相當激烈的討論，肯定與否定的聲音都有。退一步講，不能因為奏摺不存在，就否定日本侵略或者殖民東亞的意圖。如果沒有『大陸政策』，那麼肯定還存在滿蒙政策、對華政策或者其他。大陸政策說到底也只是用來形容日本有意圖徵服（或部分徵服）朝鮮、中國的一個政策指向，哪怕在官方文書最初並未發現類似表述，但是從日本軍方行事的邏輯以及結果來看，似乎是不證自明的事情。總之，「以侵華為主的大陸政策，始終是近代日本亞太政策的主體」。
這並非中國學者的自說自話，在日本也有相當部分學者認同侵略戰爭的計劃性和意圖性。根據美籍日裔學者橋本明子對戰後日本歷史教科書的研究，高中歷史教科書針對「那場戰爭」提供了兩種不同的敘事框架，第一種認為這是一種有意的侵略行為，由非正義的軍事挑釁力量在帝國主義野心的驅使下實施，最終演變成一場血腥的消耗戰。而第二種則認為這是一場必要的戰爭，迫於政治和經濟壓力，擴大對亞洲大陸的佔領，最終意外地發展成一場長時間、大規模的衝突。橋本發現，在目前廣泛使用的六種教科書中，有四種使用了第一種敘事框架，只有兩種使用了後一種。在第二種敘事框架中，政黨衝突、意識形態的不同、領導人的無能等因素成為日本否定戰爭具有意圖性的藉口，這跟前文傅高義的解釋並無二致。
該書的定位既然是一本通史性著作，以「偶然」或者「非計劃性」來為日本侵華定性，並繞過這一段學術史的爭論不是一個明智的選擇。中日兩國歷史問題的核心在於對中日兩國近代史進程中的重要事件的來龍去脈存在不同的見解。對此，針對某些具體事件（例如南京大屠殺），該書僅羅列了中日兩國的代表性學術觀點，而更多時候則是一筆帶過，讓讀者有意猶未盡之感。如果該書潛在的讀者群是希望改善中日關係的公眾，那麼將特定事件的學術爭論落實到紙面上，並把這些問題留給讀者來思考或許更加恰當。
該書另外一個值得商榷的地方在於作者對冷戰後中日關係的書寫。該書認為冷戰後中日關係走向惡化的諸因素中，民族主義佔據十分重要的位置，20世紀90年代開始的愛國主義教育恰恰是其重要表現形式。愛國主義教育並不是一個新鮮的話題，但問題的關鍵是中國的愛國主義教育在何種程度上影響了中日關係。根據作者的解釋，中國的愛國主義教育似乎與中國人民的反日情緒相關。然而事實並非如此，筆者在此前的研究中曾指出，新中國成立以來，在反帝國主義批判的譜系中，日本並不是獨立的存在。尤其值得注意的是，作為中國民眾愛國主義之體現的《中國可以說不》一書，其情緒的指向是當時唯一的霸權國——美國，而不是日本。傅高義在該書中還指出，為推廣愛國主義教育，中國政府「1995年挑選出四十個國家級愛國基地，有一些基地涉及外國，其中一半與日本有關」。對此需要澄清的是，自近代以來對中國進行殖民和侵略的列強中，尤以日本給中國帶來的創傷最持久、最嚴重，《中國和日本》在羅列上述數據的同時，如能夠提到這樣的基本事實會讓論述更加有平衡感。
中國愛國主義教育把批判的矛頭指向日本是在進入21世紀之後。時任日本首相的小泉純一郎自2001年起連續六年參拜靖國神社。這給中日關係帶來的影響是破壞性的，不僅嚴重影響了兩國國民對彼此的認知，還影響了兩國的經貿往來。對此，該書雖然有所提及，但從內容的深度和分量來看並非置於重要位置。關於這一點可以參考日本內閤府的輿論調查結果，自小泉內閣開始日本民眾對華好感度急劇下滑。
另外，目前已經有相當一部分研究將日本的政治保守化、右傾化以及歷史修正主義教育視為影響中日關係良性發展的主要原因。對此，比較政治學界對冷戰後日本的政治保守化和右傾化進行了諸多實證的研究，也取得了若干基本共識。更有觀點認為日本右翼的知識分子在傳承日本傳統思想上，在塑造日本國民國家品格上起到了無可替代的作用。因此，不談日本的政治保守化和右傾化，很難做到全面地理解冷戰後中日關係的變化。傅高義在前言中強調重視彼此政治、經濟和社會的結構，遺憾的是該書並沒有涉及冷戰後日本國內政治和社會的變遷。