在對華侵略戰爭中，日本的戰略策略，不僅包括以強大的軍事力量在戰場上擊敗與殲滅中國的軍隊，顯示其不可戰勝的「武威」，還包括在戰後對拒不乞降、敢於抵抗的中國軍民實行嚴厲的「膺懲」——中世紀式的屠城與法西斯的燒殺淫掠。兩者結合，構成了日本當局以武力徵服為手段、以屠殺恐怖為威懾的殖民侵略戰爭政策與順之者為奴、抗之者格殺勿論的法西斯霸主邏輯。戰後遠東國際軍事法庭判決書曾做出這樣的分析與判斷：「對都市或村莊居民實行屠殺以為報復，這就是日方所謂的『膺懲』行為。這些行為在中日戰爭中一直未停過，其中最壞的例證就是一九三七年十二月對南京居民的大屠殺。」
早在1937 年8 月中旬，當松井石根受命率軍離開東京前往中國前，就在與裕仁天皇、近衛首相及杉山元陸相商討進攻上海與南京戰事時表示，如果中國軍民與中國政府在日軍的武力進攻面前不肯求和乞降，繼續「堅持民族主義」和「排日情緒」，那就「必須付出代價」。所謂代價，就是遭到日軍瘋狂的大屠殺。
松井石根1937 年1 月在上海
1937 年10 月8 日，松井石根在上海發表聲明，對不肯屈服、正浴血抗戰的中國軍民與中國政府發出殺氣騰騰的威脅：「降魔的利劍現在已經出鞘，正將發揮它的神威。」
日軍在向南京進擊的一路上，已經開始對中國人民燒殺淫掠。日同盟通訊社上海分社社長松本重治根據日軍第十軍隨軍記者所說，記述道：「柳川兵團之所以進軍迅速，是因為默許官兵『任意搶奪和強姦』。」
1937 年12 月8 日，松井石根在給據城頑抗的中國軍民的《勸降書》中，再次赤裸裸地進行燒殺搶掠的恐怖威懾：「日本軍對負隅頑抗的人將格殺勿論……貴軍如果繼續抵抗的話，南京將無法免於戰火，千年的文化精髓將會毀於一旦，十年的苦心經營將也化為烏有。」
但《勸降書》被唐生智輕蔑地不予理睬。面對著十數萬殺氣騰騰的日軍的戰爭威脅與瘋狂進攻，裝備低劣的南京守軍進行了頑強的抵抗。從10 日到13 日的南京攻略戰使日軍傷亡慘重。日本的武力徵服與戰爭威懾政策、日軍速戰速決的軍事計劃與戰無不勝的神話，在南京城下再次遭受嚴重的打擊與挫折，日本當局惱羞成怒。為了維護與修補它的「武威」，再次論證與宣揚它的武力徵服與恐怖威懾政策，日本周密策劃並實施了在日軍攻佔南京後對南京軍民進行「膺懲」的大屠殺，也就是松井石根所宣揚的、讓拒降的南京軍民「付出代價」。
1947 年3 月10 日, 國民政府國防部審判戰犯軍事法庭對戰犯、進攻南京的日軍第六師團師團長谷壽夫的判決書指出：「日本軍閥以我首都為抗戰中心，遂糾集其精銳而兇殘之第六師團谷壽夫部隊、第十六師團中島部隊、第十八師團牛島部隊、第一一四師團末松部隊等，在松井石根大將指揮之下，合力會攻，並以遭遇我軍堅強抵抗，忿恨之餘，乃於城陷後，作有計劃之屠殺，以示報復。」
人性是複雜的。日軍官兵，就像所有人一樣，其人性中，本來既有著向善的一面，又有著向惡的一面。當他們身處於一個正常的民主、法治社會中時，在道德、法律和社會輿論的正確引導與約束下，他們人性中向惡的一面往往得到抑制，得到監督，得到懲罰，而不能發洩、張揚；而他們人性中向善的一面，得到保護，得到表彰，得到推廣，因而能夠不斷地發揚成長，有所作為：他們就成為正常的人，社會就成為正常的社會。而一旦他們被統治者煽動與引導，走上侵略戰爭的戰場，失去了道德、法律和社會輿論的約束，他們人性中向惡的一面，就會急劇地、無限地膨脹；人性中向善的一面，就會迅速被壓制，而不斷縮小，以至消失：他們就會成為歇斯底裡的戰爭狂人和無惡不作的殺人惡魔。
1937 年12 月13 日攻入南京的十多萬日軍官兵，就是這樣一批歇斯底裡的戰爭狂人和無惡不作的殺人惡魔。
從1937 年12 月13 日日軍佔領南京，十多萬日軍燒、殺、淫、掠所製造的「恐怖的時代」就開始了。
一位當時身處南京、目睹日軍駭人聽聞暴行的西方僑民記述了他的切身感受：「日軍潮水一般湧入城內，坦克車、炮隊、步兵、卡車絡繹不絕。恐怖的時代隨著開始，而且恐怖的嚴重性一天比一天增加起來。他們徵服了中國的首都，徵服了蔣介石政府的所在地，他們是勝利者，應該為所欲為，日本飛機曾散發傳單，宣稱日軍是中國人唯一的真朋友，日軍將保護善良的中國人。於是日軍隨意姦淫、擄掠和殺戮，以表示他們的誠意。」
日軍首先把屠殺指向那些被俘的中國軍隊的傷病員與已經放下武器的中國軍隊官兵。
對在戰場上俘獲或投降的戰俘，對已放下武器的敵軍官兵，應該怎樣處置，在20 世紀初多次制定和修改的有關國際法中，都有明確的規定，即尊重戰俘的生命權、人格權與個人財產權等，不得殺害、侮辱與搶劫等。
日軍南京入城儀式
1929 年7 月17 日，日內瓦會議訂立了《關於戰俘待遇的公約》（簡稱《日內瓦公約》），其中明文規定：敵對雙方對戰俘生命的任何危害或對其人身的暴力行為，均應嚴格禁止，尤其不得加以謀殺或消滅。對戰爭中的普通難民，交戰各國與國際社會更應予以保護與援助。這是每個現代國家都應遵守的起碼的國際準則。日本政府在1929 年7 月17 日也曾籤署了《日內瓦公約》。然而，日軍1937 年12 月13 日攻克南京後，日本當局為貫徹實施他們對中國軍民與中國政府的武力徵服與恐怖威懾政策，並力圖把這種政策的威力發揮到極致，從上到下逐級下達了屠殺全部戰俘的命令，其中自然包括一切他們認為可疑的人——廣大的中國普通民眾。日方當局認為，敢於武裝抵抗日軍的中國軍隊是他們實施對華武力徵服的最大阻力與障礙。只有不僅以戰爭擊敗中國軍隊的反抗，而且以戰後殺俘、全部消滅中國軍隊官兵的肉體，才能徹底摧毀中國人民與中國政府的抵抗意志與戰爭工具，才能使中國真正畏服而迅速向日本求和乞降。
指揮進攻南京戰役的日軍最高長官、日「華中方面軍」司令官松井石根大將不僅在南京戰役前殺氣騰騰地叫囂「降魔的利劍現在已經出鞘，正將發揮它的神威」，而且在日軍佔領南京後，幾次發出大規模搜捕與屠殺中國戰俘的命令。12 月15 日，他通過「華中方面軍」參謀長冢田攻發出指令：「兩軍在各自警備區內，應掃蕩敗殘兵。」所謂「掃蕩」，就是屠殺的代名詞。12 月18 日，松井石根在第一次到南京「巡視」期間，又命令：「混雜的軍人都應予以『紀律肅正』。」所謂「紀律肅正」，也是指屠殺。
日「上海派遣軍」司令官、日天皇裕仁的叔父朝香宮鳩彥王中將是日軍進攻南京的前線指揮官，他也下達命令：「殺掉全部俘虜。」
日軍進攻南京的主力部隊第十六師團的師團長中島今朝吾中將在1937 年12 月13 日的《陣中日記》中寫道：「基本上不實行俘虜政策，決定採取徹底消滅的方針。」
屠殺俘虜的命令層層下達。於是有「師團屠殺令」「旅團屠殺令」「聯隊屠殺令」乃至大隊或中隊的屠殺令等。第十六師團第三十旅團第三十八聯隊聯隊長助川靜二元大佐說：「師團長吩咐，不要保存俘虜。」第十六師團第三十旅團在12 月14 日午後4 時50 分下達命令：「要消滅中國兵！」「各部隊在接到師團的指示後，不許收容俘虜！」
第一一四師團第一二七旅團第六十六聯隊第一大隊《戰鬥詳報（12 月13 日）》稱：「午後3 時03 分，從聯隊長接到如下命令：根據旅團部命令，俘虜全部殺掉。其方法可以十幾名為一組槍殺。」
日軍在攻入南京城時，首先對在中山門、光華門、通濟門、雨花門、水西門一線內廓與城垣陣地上作戰負傷、未及撤退而被俘的中國軍隊負傷官兵進行了集體屠殺。
在南京城東的中山門，日本《東京日日新聞》特派記者鈴木二郎目睹了日軍殘酷屠殺中國被俘官兵的恐怖情景：「在那裡，我第一次遇上毫無人性的大屠殺。在25 米高的城牆上站著排成一列的俘虜。他們一個接著一個被刺刀捅落到城外。許多日本兵提起刺刀，吶喊一聲往城牆上的俘虜的胸、腰刺去，鮮血濺向空中。這情景陰森可怕，看著這情景，我久久茫然呆立在那裡。」
放下武器的中國士兵也被屠殺
接著，從1937 年12 月13 日晨開始，日軍以坦克車開路，從南京東部、南部、西南部的各城門攻入城內，迅速地沿著城內各條大、小街道，向城北追擊；在這過程中，他們對最後撤退的中國掩護部隊的官兵與大量的、驚慌失措地從家裡逃出來的普通百姓不分青紅皂白地加以掃射屠殺。正在南京城裡並擔任「安全區國際委員會」主席的德國西門子公司駐南京代表約翰·拉貝看到：「街道上到處躺著死亡的平民。」他在12 月14 日的日記中寫道：「在開車穿過城市的路上，我們才真正了解到破壞的程度。汽車每開100 米到200 米的距離，我們就會碰上好幾具屍體。死亡的都是平民，我檢查了屍體，發現背部有被子彈擊中的痕跡。看來這些人都是在逃跑的途中被人從後面擊中而死的。」
日軍的瘋狂追殺使得南京的主要街道——從南到北橫貫南京城的中山路與中央路等，成了「血路」。「當時，在城內馬路上，擠滿了難民以及國民黨退下來的士兵和傷病員。……日本軍不分青紅皂白地向這些人群開槍，這兩條馬路變成了血的馬路。在這兩條馬路上，數萬人被殺……」「第二天，坦克部隊也開到馬路上來。履帶壓過了橫在馬路上的屍體……馬路上血流成河，形成了兩條血路。」
日本《東京日日新聞》特派記者鈴木二郎當時隨軍在南京採訪。他親眼看到：「坦克發出履帶的轉動聲，無情地壓在上面飛馳而過。屍體的臭氣和硝煙瀰漫的臭氣一起散發出來，猶如置身於焦熱的地獄、血池的地獄，以致有了一種錯覺，好像已經站到『獄卒』的立場上了。」
再接著，日軍對潰退到南京城北長江邊未及渡江、在陷入包圍中被迫放下武器的大約10 名萬中國戰俘，以及無數的普通百姓，在長江邊的中山碼頭、煤炭港、草鞋峽、燕子磯、三汊河等地以及漢中門外秦淮河邊等城內外其他地方，分批進行了慘絕人寰的集體大屠殺。
日軍第十六師團師團長中島今朝吾中將在12 月13 日的《陣中日記》中寫道：
敗逃之敵大部進入第十六師團作戰地區的林中或村莊內，另一方面，還有從鎮江要塞逃來的，到處都是俘虜，數量之大難以處理。事後得知，僅佐佐木部隊就處理掉約15000 人；守備太平門的一名中隊長處理了約1300 人。在仙鶴門附近集結的有七八千人，此外還有人不斷地前來投降。處理上述七八千人，需要有一個大壕溝，但很難找到。預定將其分成一兩百人的小隊，領到適當的地方加以處理。
秦淮河邊被屠殺的民眾
據中島今朝吾記載，僅在12 月13 日這一天，第十六師團就「處理」了24000 名到25000 名俘虜。日軍第十六師團第三十旅團旅團長佐佐木到一少將在12 月13 日的日記中這樣寫道：
俘虜接連不斷地前來投降，達數千人。態度激昂的士兵毫不聽從上級軍官的阻攔，對他們一個個地加以殺戮。回顧許多戰友的流血和10 天時間的艱難困苦，即使他們不是士兵，也想說「都幹掉」。
關於日軍在長江邊集體屠殺中國戰俘，戰後遠東國際軍事法庭在其判決書中寫道：「好些中國兵在城外放下武器投降了。在他們投降後七十二小時內，在長江江岸被機關槍掃射而集體地被屠殺了。這樣被屠殺的俘虜達三萬人以上。對於這樣被屠殺的俘虜，連虛飾的審判都沒有實行過。」其實，在長江江岸被集體屠殺的中國戰俘與平民遠不止此數。
集體屠殺戰俘最典型的一次發生在1937 年12 月16 日夜間的草鞋峽。日本著名記者本多勝一在20 世紀70 年代採訪過多位曾參加過這次大屠殺的日軍第十三師團山田支隊的官兵。他在其著作《通向南京之路》中，如實地記錄了這些日軍官兵所講述的在草鞋峽集體屠殺中國戰俘數萬人的恐怖情景：
圍成半圓形的重機槍、輕機槍和步槍，對著江岸的俘虜人群，同時連續地集中射擊。一時間槍彈射擊的爆裂聲和人群痛苦的慘叫聲響成一片，長江岸邊變成了令人毛骨悚然的阿鼻地獄。……射擊大概持續了一個小時。之後，整個屠殺現場至少沒有一個是站著的。……當然，屍體堆裡面肯定還有活著的人。……於是，想到的辦法就是火燒。屍體都穿著厚厚的冬棉裝，因此著起火來不容易熄滅，並且可以照亮夜空，給作業帶來了方便。衣服一著火，不管怎麼裝死的都會動起來……只要看到有動彈的，我們就立即用刺刀捅死他。……這也是「作戰」，是南京城內軍司令部的命令——「俘虜，必須迅速乾淨地處理掉！」