日本著名的「南京大屠殺論爭」，是以南京大屠殺這一事件是否存在、其規模之大小為焦點的論爭。隨著中日關係的變化，論爭不斷受到政治的不同影響。
首先來看一下日本網民的看法。和中國一樣，在日本的網絡貼吧裡，也有很多關於南京大屠殺的討論。2013年2月，在日本某名為「大艦巨炮主義」的貼吧裡，「【中國ＢＢＳ】結局、日本人は南京大虐殺をどう考えているのか？2013年02月10日 20:32」（http://military38.com/archives/23350644.html）這一帖子以「中國人對日本人不反思歷史進行批判」這一事實為引子，引出眾多網友對南京大屠殺的跟帖議論。
跟帖的人中，有一部分完全否認大屠殺，更大多數人承認在南京發生過大規模殺人事件的。但大部分人雖然承認，卻否認30萬死者的說法。
來自琦玉縣的チーター：大屠殺的數字肯定是捏造啊，30萬人從物理角度看都是不可能的。
來自大阪的シンガプーラ：我問過實際去過南京的人的孩子（超過70歲了），據他爸爸說，當時日本軍隊並不擁有能夠殺死幾十萬中國人的軍隊人數與武器，30萬的數字必然是捏造的。
來自福岡的パンパスネコ：我們要盯著過去到什麼時候？我出生的時候戰爭已經結束了，所以老實說我對大屠殺完全不知道。如果總是拿上一代的責任說事，歷史這個東西就會變得一團糟了。
網友シャム：南京大屠殺確實存在，美國也在戰後審判中以包括這個事件的一系列事件審判了日本，處決了戰犯。所以說南京大屠殺可以被稱作史實。但是問題不在於這個事件是否存在，問題在於，中國直到今天仍然在以此事為政治籌碼，甚至對遇難人數進行捏造。
來自群馬縣的キジトラ：日本被美國投了原子彈也曾深感憤恨，但事到如今也不再聲討美國了。
日本作家山本弘曾指出，日本人對於南京大屠殺的看法，並不僅只有「誠心謝罪」或「完全否認」這兩種，大家對於遇難者人數的看法也有分歧。山本於2008年將持不同看法的代表性人物進行了總結歸類：
肯定派
較大屠殺派
一般屠殺派
較小屠殺派
否定派
30萬人以上
20萬～10萬
數萬人
１萬人～數百人
數十人～０
中國政府
張純如
井上久士
江口圭一
笠原十九司
高崎隆治
姫田光義
本多勝一＊
藤原彰
吉田裕
秦鬱彥
原剛
岡崎久彥
櫻井良子
田邊敏雄
中村粲
松村俊夫
阿羅健一
大井滿
小林善範
高池勝彥
田中正明
東中野修道
冨士信夫
藤崗信勝
渡辺升一
山本對南京大屠殺的歷史資料進行過閱讀研究，他認為此事件確實存在，並且死者數目一定不會少於數萬。但他同時否認30萬人的說法，並指出，大屠殺中被殺害的主要是中國的戰俘，其中混雜了一些被錯認作便衣遊擊隊的平民。
http://homepage3.nifty.com/hirorin/nankin01.htm
南京大屠殺公祭日前兩天，筆者對一些日本人士進行了採訪，詢問他們是否知道南京大屠殺，通過何種途徑知道的，以及對於中國給出的30萬遇難者數字怎麼看。得到的答覆如下：
1.林女士（京都大學碩士生）：
我聽說過南京大屠殺，但是並沒有詳細的了解。而且，我並不是從新聞或者教材當中得知的，而是在網上看到了很多「南京大屠殺根本不存在！」這種對日本有利的宣言（我感覺，在日本，公眾場合似乎會避諱這一類的議論）。
對於中國所說的30萬被害者這個數字，我無法判別其真偽；但是考慮到那畢竟是戰爭中的事情，所以30萬這個數字也並非不可能。
2.伊藤先生（京都大學碩士生）：
我想，對於南京大屠殺，日本人應該全都知道吧。我記得小學時好像在歷史課上學到過。不知道這一事件的人可能也有，但肯定是極小一部分。至少在我這一代，只要上過大學的人，肯定都是知道的。
雖然有一部分人不承認這一事件的存在，但是一般來講，日本人應該都認可這一事件確實存在過這個事實。
對於30萬這個數字，我並沒有親自調查過所以不清楚，但是總覺得有點過於誇大。因為廣島和長崎被投下原子彈也不過死了大約20萬人。
3.一位不願透露姓名的女性（在華留學生）：
對於南京大屠殺，當然知道。我記得在中學的歷史教科書上有關於南京大屠殺的記述，內容大概是講日本人在南京殺害了很多人。
我曾在網上讀到過中國人批判「日本人不知道南京大屠殺」的報導。但是我想說，回答自己不知道這一事件的人，肯定是儘管受到了教育卻將之忘記了。也就是說，不知道這一事件，是因為那個人缺乏個人素養。他們並非不知道，只是不記得。擁有基本知識和教養的日本人，肯定會在什麼地方聽說過南京大屠殺這一詞語。
關於死難者數量，我是無法相信30萬這一數字。老實說，這種說法缺乏科學根據。我感覺中國給出的死者數目好像在逐年遞增。
但是，我不否認日本軍隊在南京剝奪了中國人民的生命這一事實。但那到底是4萬還是30萬還是幾千，我並不清楚。
那是一場戰爭。戰爭是悲傷的事情。不管對於勝者還是敗者，都不可能有喜悅。有的只是寶貴的生命就那樣消失了的悲傷。
我個人認為，在南京被日本人殺害的，大部分都是軍人或者戰士。但是要說沒有一個婦女兒童被殺也是不可能的。
對於在南京死去的人們，我能感受他們直面死亡時刻的恐懼和痛苦，我也從心底對這一切表示懊悔。
4.藤井先生（京都大學博士生）：
我聽說過南京大屠殺，但是不記得是從哪裡聽說的了。有可能是中學課本、高中課本，或者也有可能是電視或報紙。
5.增田女士（企業白領）：
我知道南京大屠殺，並且看過很多關於它的口水戰。雖然中日雙方在數字上有分歧，但我們都清楚過去曾有過這樣的混亂期。在那樣的時期，對遇害人數的統計不可能準確。就像最近發生的海嘯地震等災害中遇難的人數，也是無法統計清楚的。而且，當時在南京市內的難民區，日本軍隊還設立了衛生所，很多市民前來接受治療。這是有當時的照片為證的。不管怎麼說，並非當時所有的日本人都很壞。我們有必要跨過這段歷史向前看。日本也在戰爭中受到了美國同樣的虐殺，但日本人都差不多跨過了這段歷史。
6.籠川女士（在中國工作的日本白領）：
對於這段歷史，我當然知道。關於被害人數我不是很了解，但是如果有確鑿記錄的話，我認為就應該承認。
7.楠上先生（企業白領）：
我聽說過這個事件，並且認為屠殺肯定是發生過的。但是中國方面報導的數字應該比實際要多。
8.田中先生（日本三星園茶屋的繼承人，曾在中國留學）：
關於南京大屠殺，我當然是知道的。我曾到南京的大屠殺紀念館參觀，在那些資料面前受到極大的衝擊。雖然日本一直在屠殺人數的多少上跟中國爭論，但是我認為這不是犧牲者人數多還是少的問題，因為日本所做的事情是絕對難以原諒的。雖然現今的日本非常和平，但是我希望從此以後都不要再發生同樣的悲劇了。
總結起來以上幾位隨機採訪的日本人，筆者看到，日本年輕一代對於南京大屠殺，基本都是有所耳聞，並有著基本了解的。他們認識這一事件是通過教材、電視、網絡等多種途徑。大家基本都承認日軍曾在南京屠殺中國人，但對於30萬死者這一數字基本都抱懷疑甚至否定態度。不過，儘管在數字上有所異議，日本年輕一代仍舊認為這一事件是歷史的悲劇，不應再重蹈覆轍。
A. 右翼歷史研究
在日本，以南京大屠殺為題材的研究著作非常多。其中有一部分是右翼作家和所謂歷史學家的作品，主要是對南京大屠殺的種種證據進行質疑反駁。主要作品有：
1. 《南京事件證據照片的鑑定》（東中野修道，2005）
2.《南京大屠殺的大疑問》（松村俊夫，1998）
3.《「南京大屠殺」的虛構》（鈴木明 2006）
日本右翼團體是日本社會的一個特殊集群，他們順應一些日本人不願意相信日軍曾經作出如此暴行的精神期望，寫作了大量否定南京大屠殺的文獻。這些文獻在眾多歷史記載中根本不堪一擊，政治的目的是第一位的。
B. 反思歷史的研究
當然，日本戰後也湧現了大量承認南京大屠殺，反思日本的戰爭責任的著書。比較著名的，有：
1.南京事件——「虐殺」的構造》（秦鬱彥2007）
2．《南京大屠殺與日本人的精神構造》（津田道夫，1995）
A.承認大屠殺的回憶錄
事實上對南京大屠殺的報導，日本並不是戰後才開始的。講演通信社的《野戰郵便旗》雜誌最早曾在1941年2月10日描述了在南京日軍曾經進行的大屠殺，並稱這是為了「威懾敵人，促使蔣政府放棄抵抗」。越是接近現今，這些記錄越多而且詳細。隨著他們的年齡增長即將離世，一些日本老兵良心發現，開始通過公布其當時日記等方式，重現那時的真相。在日本的這類圖書中，經常可以看到這些日本老兵躺在床上接受採訪的形象。也有一些這類圖書是有良知的日本教育界人士主動收集文獻編成的。正是由於他們留下的無可辯駁的記錄，使任何一個日本人都可以輕易觸摸到南京大屠殺無法否認的證據。
這類圖書包括:
1.《記錄了南京大屠殺的皇軍士兵——第十三師團山田支隊士兵的陣中日記》（小野賢二，1996）
2.《南京事件——親歷者27人的敘述》（笠原十九司，2006）
3.《我所見的南京事件》（原日本海軍第十三航空隊轟炸機隊隊長奧宮正武，1997）
4.《南京大屠殺與日本軍——幕府山殺害中國戰俘事件》（渡邊寬，1997）
對於大屠殺中的死亡人數，這些圖書都有著不同的看法，但是這些圖書都承認和證明南京大屠殺的存在。比如：
《我所見的南京事件》中，作者曾經這樣描述自己所見的大屠殺場面：「江中只見層層疊疊的屍體，靠近岸邊的江水為之阻塞，以肉眼幾乎難看出的速度裹挾著屍體艱難流向下遊。但，有些人還沒有徹底死透，掙扎著向岸邊淺灣處逃生，那附近已經是一片血海，因為那裡等待他們的，是早有準備的槍擊和刺刀。」
B. 否認歷史的敘述
當然也有為了否定曾經有過的罪行進行辯解的文章。如：
1.《南京大屠殺的彌天大謊》（原日軍士兵吉本榮，2001）
2.《松井大將陣中日記》（松井石根的秘書田中正明，1985）
這些作品開脫的內容雖然較多，但是由於無法改變史實的存在而軟弱無力，如《松井大將陣中日記》裡面多有內容顯示松井石根不應為南京大屠殺負責，然而，在法院審理有關人士對此的訴訟中，發現這部日記，居然被田中修改了六百多處。
A. 小說
1.《活著的士兵》（石川達三，1938）
反映南京大屠殺的日本小說並不多，在戰爭中發表的，有石川達三《活著的士兵》。這是第二次世界大戰後曾任日本文藝家協會理事長、日本筆會會長等職的石川達三，1938年根據實地體驗創作中篇小說《活著的士兵》，反映了日本侵略軍殺戮中國人民的罪行。為免因言獲罪，此書在發表時刪除了很大一部分關於日軍暴行的內容，而完整版於戰後的1945年12月才得以面世。儘管如此，這本書發布不久後仍遭到日本軍部的查禁，而作者也被判處徒刑四個月。雖然石川達三曾發表聲明，《活著的士兵》是他在南京大屠殺後不久進入南京城後親眼目睹滿城屍體的慘狀而寫。
2.《牡丹》（三島由紀夫，1955）
三島由紀夫曾於晚年加入日本自衛隊，他的《牡丹》講述了一個曾經在南京大屠殺中殺害了580個中國女性的日本老兵，在戰後巧妙地躲避了戰爭責任，並通過種植和自己所殺害女性相同數目的牡丹花，來隱秘地紀念自己所行之惡的故事。
《牡丹》收錄於三島由紀夫這本自選短篇小說集中。
3.《時間》（堀田善衛，1955）
堀田善衛是日本少見的一位具有國際視野的作家，他於二戰末期來到上海，並在上海迎接了日本的戰敗。這一經歷對他產生了巨大影響，促使他創作出大量思考中日關係以及國家身份認同的作品。發表於1955年的《時間》是一部十分罕見的小說，堀田以第一人稱方式，從南京市民的角度，書寫了南京大屠殺的全過程。在書中，他毫不避諱地反映了日軍殘殺平民姦淫婦女的罪行，並從哲學的角度，以戰爭為切入點，對人類歷史進行了思考。這部小說還被翻譯成中文，中譯本名為《血染金陵》。
《時間》中譯本《血染金陵》
4.《戰爭與人》（五味川純平，1965~1975）
五味川純平的《戰爭與人》的時代背景是從1928年「皇姑屯事件」至1945年日本投降這段歷史時期，作品以日本大財閥伍代一家的發展史為經，以日本軍國主義在昭和年代的侵略擴張史為緯，描寫五對青年男女的愛情悲劇。五味川的作品，基本上是根據歷史事實創作的，在一定程度上揭露了日本帝國主義者侵略中國的罪行。
B. 電影：
在日本，並沒有任何一部以南京大屠殺為主題的電影。但是有一些反思侵華戰爭的電影中，也提及了南京大屠殺。比如日本曾斥巨資拍攝的、由著名導演山本薩夫執導的、反映侵華戰爭的《戰爭與人》三部曲。其中，《戰爭與人第三部 完結篇》（1973年）中有關於南京大屠殺中日軍暴行的內容。
C. 攝影：
《南京大屠殺 75年的記憶》（宮本幸太郎，2012）
http://www.daysjapan.net/taishou/2013/third02.html
攝影師宮田幸太郎從2011年年底開始，利用自己的休假，每2-3個月便要自費來南京一次，在侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館館長朱成山研究員的協助下，將攝影鏡頭聚焦於南京大屠殺倖存者題材，利用自己的休假時間，每隔幾個月便會自費來寧一次，總共花費50多萬日元。在近兩年的時間內，他前後6次走訪南京大屠殺倖存者，聽取他們的歷史證言，並用攝影機保存下大量南京大屠殺倖存者的紀實圖片。
宮田幸太郎拍攝的部分照片還被刊登在《日本Days》雜誌上，將南京大屠殺的歷史真相告訴給了廣大日本讀者。
2012年11月，日本神戶學生青年中心、日本神戶南京心連心會共同舉辦了由日本攝影師宮田幸太郎拍攝完成的《南京大屠殺七十五周年的記憶—倖存者的肖像照片展》，共展出37多張南京大屠殺倖存者的照片。2013年4至6月，《日本攝影師鏡頭中的南京大屠殺倖存者——宮田幸太郎攝影作品展》在侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館展出。
夏淑琴 祖父母和父母被殺害。母親和姐姐被日本兵輪姦後殺害。一家子倖存下來的只有夏淑琴與妹妹兩人。
程王氏 父親和哥哥被虐殺。母親也被日軍射傷，產子後母子雙亡。
D. 漫畫：
1. 《國家燃燒》（本宮宏志，2002）
本宮宏志2002年刊載於《周刊少年JUMP》上的《國家燃燒》，其中描寫了南京大屠殺中的殺人競賽以及日軍射殺逃跑的平民的場面，受到日本民眾與右翼團體的抗議，一度停止連載。
2.《新傲慢主義宣言特別刊·戰爭論》（小林善範，1995）
小林善範在漫畫《新傲慢主義宣言特別刊·戰爭論（1、2、3）》中，誣陷亞洲國家捏造南京大屠殺和從軍慰安婦等日軍戰爭暴行。
3. 《用漫畫讀懂昭和史「南京大屠殺」的真相》（田奈津子，2007）
田奈津子在這部作品中，以青春戀愛小說為框架，表達了對南京大屠殺事實的徹底否認。
1.《南京——被割裂的記憶》（2007）
導演武田倫和花費10年時間，親自採訪了在南京大屠殺中受害的中國人與施暴的日本兵共計五百多人，選取其中7個人的證言，製作了這部紀錄片。由於紀錄片同時從受害者和加害者兩方面進行取證，因此可以說是較為客觀中立的。
2.《日中戰爭——戰爭緣何擴大？》（2006）
NHK紀錄片《日中戰爭——戰爭緣何擴大？》以2006年公開的蔣介石日記等歷史資料為基礎，力圖從國際視角解讀1937年開始的中日戰爭擴大化的根本原因，其中，很大一部分篇幅都在用史料佐證南京大屠殺真實存在。8月13日，NHK綜合頻道播出了這部紀錄片，在日本產生了很大影響，最終奪得日本官方頒發的一年一度的電視片大獎。
3.《MBS Now/膠片作證——驗證南京大屠殺》（1991）
由每日廣播製作的這檔節目展示了約翰·馬吉在南京拍攝的膠片記錄，力證南京大屠殺的真實性和殘酷性。
4. 《南京的真相》（2008）
由水島總導演的《南京的真相》，是一部由日本右翼學者和政治人物組成的「電影《南京的真實》製作委員會」製作的否認南京大屠殺歷史事實的紀錄片。2008年1月25日，製作委員會在東京都讀賣會館舉辦此紀錄片第1部《七位「死囚」》的發表記者會暨試映會。2008年4月及8月，此紀錄片第1部在靖國神社遊就館上映。2008年4月14日，製作委員會舉辦此紀錄片給國會議員參加的試映會，16位日本跨黨派國會議員出席此次試映會。製作委員會預定製作此紀錄片第2部《檢證篇》及第3部《美國篇》。
（http://matome.naver.jp/odai/2133799864954863801）
1.「南京事件——中日戰爭 小小資料集」
http://www.geocities.jp/yu77799/
詳細刊載了有關南京大屠殺的基本知識
2.「恍然大悟的南京大屠殺論爭」：
http://homepage3.nifty.com/hirorin/nankin00.htm
認為南京大屠殺論爭已經從「歷史論爭」轉變為「意識形態論爭」。
3.「南京事件FAQ」：
http://seesaawiki.jp/w/nankingfaq/d/FrontPage
對於有關南京大屠殺的言論中毫無根據的謊言進行反擊。批判了否認大屠殺的日本人。
4.「南京事件 關於143張照片的重新討論」
http://www.geocities.jp/pipopipo555jp/143photos/ichiran_1.htm
對指證南京大屠殺的143張歷史照片的有效性進行了再檢證。
5.「跟涼宮春日學習南京事件」：
http://beauty.geocities.jp/nankingharuhi/
否認南京大屠殺的存在
6.「南京事件的真實」：
http://www.nextftp.com/tarari/
抨擊了「南京大屠殺否定論」，在精密的資料分析基礎之上，暴露大屠殺中日軍的暴行。
1.「南京·守護史實電影節實施委員會」
成立於2006年的「南京·守護史實電影節實施委員會」，以「守護歷史事實，給後代以歷史的警戒」為宗旨，在幫助日本民眾了解南京大屠殺上做出了努力。委員會分別於2009年和2011年組織籌辦了電影節，專門播放關於南京大屠殺的電影，其中包括《南京！南京！》和《拉貝日記》等。委員會成員包括律師、大學研究員以及學生等各類人。
2.「No more南京的會」
此團體於2014年12月10日主辦了「南京大屠殺77周年 聽取證言 2014年東京集會 教科書問題的現在與歷史認識」，會上，多位經歷過南京大屠殺的老人講述了當年的殘酷景象。
3.「支援中國人戰爭被害者的要求委員會」
4.「南京事件調查研究會」
以洞富雄、笠原十九司等研究者為首的組織，主張南京大屠殺有十幾萬人以上的死難者。
從上述這些資料可以看出，在如今的日本，否認過去侵華歷史的右翼勢力仍然強大，但秉持對過去和將來的負責任態度、大聲疾呼日本民眾勿忘歷史事實的日本人也不在少數。由於這些富有責任感的人士的努力，當今的日本社會才有了廣泛的對於那段歷史的認識，而這種認識終將會成為加深日本民眾對歷史理解的基礎。南京大屠殺作為日本軍國主義侵略戰爭中最黑暗歷史，對於中國和日本來講，同樣都是應該時時敲響的警鐘。銘記不是為了仇恨，銘記是為了真誠面對。只有當雙方在真誠面對的基礎上達到彼此理解和尊重的那一天，中日兩國才有可能共同超越這段歷史。
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