王莽在位期間想了許多花招進行託古改制，不但沒有把國家治理得強盛起來，反而把政局搞得十分混亂，朝政腐敗，惡霸橫行。老百姓再也無法忍受土豪劣紳們的殘酷壓迫，於是只好走上了起義造反的道路。
公元17年，江淮一帶發生了嚴重的自然災害，餓殍遍地。新市（今湖北京山東北）的王匡和王鳳趁機揭竿而起，在綠林山（今湖北大洪山）聚居了數千饑民，公開和王莽的新朝相對抗，這就是史書上說的綠林軍。王莽先是派了2萬軍隊去鎮壓綠林軍，結果被綠林軍打得大敗。起義軍趁勢攻下了幾座城池，開倉故糧，綠林軍一下子就發展到了5萬多人。
南陽大地主兼商人的劉縯、劉秀兄弟二人，早就對王莽篡奪劉姓的漢室江山大為不滿。這時候，他們一聽說有人起來造反，手也有點痒痒了，於是在家鄉也樹起了招兵造反的大旗，時間不長，就組成了一支7000多人的隊伍。後來，劉縯、劉秀兄弟主動帶領自己的軍隊加入了綠林軍的行列。
綠林軍的將士們大都是樸素的農民出身，他們起來造反的目的，只是想填飽肚子，至於讓誰當皇帝都是一樣的。由於大家心裡還一直認為江山原來姓劉，所以，就選了一個皇室宗親的劉玄做皇帝，在名義上對綠林軍進行統一指揮。公元23年，劉玄登基，恢復漢朝的國號，年號「更始」。
同一時期，樊崇在山東也揭竿而起，聚集了l萬餘人，以泰山為中心進行反抗王莽政權的鬥爭。
公元22年，王莽派太師王匡（和綠林軍的領袖王匡同名）率10萬大軍前去鎮壓，在這次戰役中，樊崇下令讓起義軍戰士都把眉毛染成紅色，作為識別敵我的記號，赤眉軍的名稱就是這麼得來的。結果，王莽的軍隊又打了個大敗仗，太師王匡還被樊崇扎了一槍，差點丟了老命。不久，赤眉軍發展到了10萬人。
赤眉軍也學習綠林軍的經驗，找了一個據說是漢室宗親的放牛娃劉盆子當了皇帝，也以漢朝為國號，年號「建世」。
綠林軍和赤眉軍是反抗王莽統治的兩支主要農民起義軍。後來，綠林軍在昆陽大戰中消滅了王莽軍隊的主力，王莽政權在聲勢浩大的農民起義中終於宣告破產了。
王莽的新朝滅亡後，綠林軍和赤眉軍為了爭奪天下，鷸蚌相爭，進行了數年的戰爭，最後，劉秀從中得利，建立了東漢政權。