中外學者破譯香菜基因組序列並搭建數據共享平臺—新聞—科學網

2020-11-29 科學網
對香菜喜好為何各不相同
中外學者破譯香菜基因組序列並搭建數據共享平臺

 

記者4月3日從華北理工大學獲悉，該校科研人員與加拿大農業與農業食品部、美國喬治亞大學的研究人員合作，解析了國際上首個香菜基因組序列，相關論文發表在《植物生物技術期刊》。基於香菜、胡蘿蔔等傘形科物種基因組序列，研究人員搭建了香菜等傘形科作物多組學數據共享及分析平臺（http://cgdb.bio2db.com/），相關論文4月1日刊登於《園藝研究》雜誌。

香菜，學名芫荽，是園藝類作物傘形科非常重要的一員，作為一種調味用的蔬菜類作物，在人們的日常生活中被廣泛食用。

「每個人含有的嗅覺基因不同，基因對醛類物質非常敏感，而香菜中含有大量的醛類物質，因此造成了人們對香菜的喜好程度大相逕庭。」該論文的通訊作者、華北理工大學教授王希胤告訴《中國科學報》。

香菜還具有極其重要的藥用價值，美國加州大學的研究人員發現，香菜中富含十二烯醛，該物質能與鉀通道的特定部分結合併打開它們，進而降低細胞的興奮性，揭示了民間自古以來使用香菜治療癲癇的分子機制。此外，研究表明香菜還具有抗癌、消炎、抗真菌細菌、保護心臟以及鎮痛等作用。除香菜外，傘形科還包括許多非常重要的蔬菜作物及中藥材，如胡蘿蔔、芹菜、茴香、孜然、柴胡、當歸和明黨參等。

「搭建香菜等傘形科作物多組學數據共享及分析平臺，是課題組在成功破譯香菜基因組後，在傘形科作物領域取得的又一重要研究成果。」王希胤告訴《中國科學報》，該平臺整合了大部分傘形科物種的基因組、轉錄組和代謝組學數據，提供了多個分析工具，以方便科研人員查詢、比對和下載數據。平臺可供研究人員免註冊使用，並且會持續更新。

「該研究搭建的傘形科多組學數據平臺具有非常重要的意義。」論文第一作者宋小明介紹，該平臺不僅為傘形科作物的進化及比較基因組學研究提供了豐富的組學數據資源，而且也為傘形科作物的分子遺傳育種提供了豐富的基因資源，具有重要的理論指導意義和應用價值。

專家表示，傘形科含有許多重要的物種，為人類提供了豐富的食材和藥用成分，該研究將極大地推進傘形科作物比較基因組學和功能基因組學的研究進程。

相關論文信息：https://doi.org/10.1038/s41438-020-0261-0

https://doi.org/10.1111/pbi.13310

 

版權聲明：凡本網註明「來源：中國科學報、科學網、科學新聞雜誌」的所有作品，網站轉載，請在正文上方註明來源和作者，且不得對內容作實質性改動；微信公眾號、頭條號等新媒體平臺，轉載請聯繫授權。郵箱：shouquan@stimes.cn。

相關焦點

  • 兩種重要經濟蟹類基因組密碼告破—新聞—科學網
    近日，由鹽城師範學院江蘇省鹽土生物資源研究重點實驗室教授唐伯平課題組牽頭的中外合作團隊，第一次獲得了我國重要淡水和海水經濟蟹類中華絨螯蟹和三疣梭子蟹的高質量基因組圖譜，並分別在線發表於GigaScience和《遺傳學前沿》。 三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）是我國沿海大型的海洋經濟蟹類，我國每年捕撈量在55萬噸左右。
  • 科學網—我學者破譯食蟹猴與中國恆河猴基因組
    繼人類、黑猩猩、印度恆河猴之後 該研究成果的取得是猴遺傳背景工作框架的又一重要階段性成果，對更好地了解靈長類的進化過程和遺傳背景差異具有重要意義，同時為新藥評價與研究、靈長類動物學、基礎醫學、群體遺傳學和系統地理學等研究提供了重要的參考資料，也為進化醫學研究奠定了科研基礎。
  • 中外科學家成功破譯首個毒蛙基因組
    中新社昆明1月23日電 (記者 胡遠航)記者23日從中國科學院昆明動物研究所獲悉，近日，該所聯合美國北卡羅來納大學夏洛特分校、加利福尼亞大學和匹茲堡大學的研究人員，成功破譯世界首個毒蛙基因組——草莓箭毒蛙基因組。
  • 首個現代蛙類基因組被成功破譯
    原標題：首個現代蛙類基因組被成功破譯　　南方日報訊 （記者/馬芳 通訊員/劉旭林）3日，來自中科院昆明動物所和深圳華大基因國家基因庫的研究人員成功破譯了高山倭蛙基因組，這是迄今為止破譯的首個現代蛙類基因組，也是目前破譯的第二個兩棲動物的基因組，為兩棲動物進化研究提供了新線索。相關研究成果在美國科學院院刊（PNAS）雜誌在線發表。
  • 科學網—首個「現代蛙類」基因組破譯
    本報訊（記者丁佳、張晴丹 通訊員張剛強）記者近日從中國科學院獲悉，中科院昆明動物研究所張亞平院士以及研究員車靜課題組與華大基因國家基因庫及德克薩斯大學奧斯汀分校等單位合作，成功破譯了首個「現代蛙類」——高山倭蛙的基因組。
  • 螞蟻基因組序列被破譯 有助探究人類衰老根源
    美國科學家8月30日表示，他們首次繪製出了兩種螞蟻的全基因組序列圖。此舉可為科學家更好地了解人類衰老以及行為表現提供幫助。
  • 鴨茅基因組測序完成 我國牧草「生命天書」被破譯
    鴨茅基因組測序完成 我國牧草「生命天書」被破譯 2020-01-21 03:48:44 我國牧草「生命天書」被破譯　　科技日報訊 （張喆 記者盛利）在我國西南地區海拔1600米至3100米的森林邊緣地帶及山坡草地上，有一種其貌不揚的草，名叫「鴨茅」。
  • 【新華社】科學家破譯首個「現代蛙類」——高山倭蛙基因組
    【新華社】科學家破譯首個「現代蛙類」——高山倭蛙基因組 2015-03-04 新華社 吳晶晶 【字體：大 中 小】
  • 「破譯」草莓箭毒蛙基因組揭示其演化特徵
    本報訊（記者 季徵） 近日，中國科學院昆明動物研究所聯合美國北卡羅萊納大學、加利福尼亞大學和丹麥哥本哈根大學的研究人員成功「破譯」草莓箭毒蛙基因組，揭示了其基因組演化特徵。箭毒蛙是生活在中美洲及南美洲加勒比海沿岸低地森林中的一種小型陸地蛙，當地部族將它們分泌的毒素塗在箭上，故得此名。
  • 首個「現代蛙類」——高山倭蛙基因組破譯
    隨著基因組測序、組裝、及注釋技術的不斷發展和提高，通過破譯物種的基因組信息，並通過一系列基因組的比較分析已經成為目前研究基因組的進化模式的較普遍的研究思路。然而對於兩棲動物這一重要的生物類群，目前僅有熱帶爪蟾（Xenopus tropicalis）一個物種的基因組被測定。
  • 科學家提出刪除基因組大片段新策略—新聞—科學網
    CRISPR/Cas9系統進行基因組切割導致DNA雙鏈斷裂，常通過非同源末端修復（NHEJ）的方式，在靶位點處產生一個或幾個鹼基的插入或缺失，以達到基因功能敲除的目的。然而，這一類突變往往會使基因產生不正常的轉錄本或異常效應蛋白。因此，對目標基因進行大片段刪除將有助於真正實現編碼或非編碼基因的功能研究。
  • 史上最全小麥基因組序列圖集問世
    史上最全小麥基因組序列圖集問世 將為育種開闢新途徑科技日報北京12月2日電 （記者馮衛東）據最新一期《自然》雜誌報導，加拿大薩斯喀徹溫大學領導的國際團隊在一項對全球小麥生產具有裡程碑意義的研究——10+基因組計劃中，
  • 科學家成功破譯草莓箭毒蛙基因組
    新華社昆明2月6日電（記者 嶽冉冉）中、美、丹科學家成功破譯了草莓箭毒蛙的基因組，並揭示其基因組演化特徵。該成果於近日發表在了國際期刊《分子生物學與進化》上。　　中國、美國、丹麥科學家組成的聯合研究團隊，對草莓箭毒蛙進行了基因組測序和組裝分析，發現草莓箭毒蛙的基因組大小為67.6億-90億鹼基對，比四足動物要大很多；其基因組大部分區域也是由高度重複的序列組成。
  • —新聞—科學網
    中國科學院昆明動物研究所研究員吳東東課題組利用長讀段PacBio平臺+Hi-C輔助組裝等策略測序並拼裝了準染色體水平的高質量安德愛勝蚓基因組（Scaffold N50≈111Mb），並通過不同再生時期bulk轉錄組和單細胞轉錄組整合揭示蚯蚓再生的分子細胞學機制。
  • 科學家繪製有史以來最全面的小麥基因組序列圖集
    科學家繪製有史以來最全面的小麥基因組序列圖集 2020-12-03 17:35 來源：澎湃新聞·澎湃號·政務
  • Nature:最早馬的基因組序列被確定
    一個低覆蓋率的基因組序列草圖已從在加拿大育空地區一處永久凍土地點挖掘出的一件馬骨獲得，時間在距今大約560,000 至780,000年前。這是迄今所確定的最早的基因組序列。研究人員將這些數據與一匹「晚更新世」馬的基因組序列草圖、五個現代家馬品種的基因組序列草圖、一匹Przewalski馬和一頭驢的基因組序列草圖進行了對比。
  • 基因組圖譜全面揭秘鳥類演化「大爆炸」歷程—新聞—科學網
    其中發表在《科學》雜誌的兩篇綜合性文章稱，研究人員基於全基因組數據構建了有史以來最高可信度的鳥類分子演化樹，前所未有地解決了關於早期鳥類演化關係的歷史爭論；描述了鳥類基因組演化的歷程，從基因組角度闡述了鳥類宏觀演化的重要特徵。
  • 昆明動物所等成功破譯樹鼩基因組
    2月5日，由中科院昆明動物所動物模型與人類疾病機理重點實驗室、深圳華大基因研究院等單位合作完成的破譯樹鼩基因組研究工作在《自然—通訊》（Nature Communications）雜誌上在線發表。大部分基於核DNA序列的研究支持樹鼩是靈長動物的近緣旁系群，而絕大部分基於線粒體DNA序列的研究卻顯示樹鼩與兔形目動物的親緣關係更為密切。研究人員利用二代測序技術完成一隻來自雲南的樹鼩的全基因組測序，總覆蓋度高達79X。之後與多個物種基因組進行了比較分析，從全基因組基因序列比較角度重構了樹鼩與其他物種的系統發育關係，證實了樹鼩與靈長類親緣關係最為接近。
  • 海膽基因組序列與人類基因組有極高的相似程度
    由多國科學家組成的研究小組9日報告說，他們繪製出了海膽的基因組序列草圖。基因分析顯示，這一無脊椎動物的基因組與人類基因組的相似程度高得出乎意料。　　由美國貝勒大學醫學院領導的「海膽基因組測序項目」小組的科學家們報告說，他們的基因測序對象是一種雄性加利福尼亞紫海膽。研究顯示，這種紫海膽含有超過8．14億個鹼基對，科學家總共辨認出了它的2.33萬個基因，其中有7077個基因與人類「共享」。海膽作為一種無脊椎動物，外貌與人類相去甚遠，基因組卻與人類如此相似，令科學家們驚詫不已。
  • 老廣喜歡的石斑魚全基因組序列圖譜繪製完成
    記者黎旭陽攝石斑魚全基因組序列圖譜繪製完成（記者黃茜 通訊員王麗霞）「老廣」喜歡吃的石斑魚，藏著怎樣的生命奧秘？昨日，中山大學和華大基因在中大聯合召開新聞發布會，宣布「石斑魚基因組序列圖譜」繪製完成。這是我國完成的第三個魚類基因組測序項目和全基因組序列圖譜，也是世界上首個鱸形目■科石斑魚類基因組序列圖譜。