正如《哈佛中國史5：元與明》的著者、也是該部套書的主編卜正民所述，他親自撰寫的這一部中華帝國史與前後的幾部歷史書存在較大的差別，他說：「我所寫的元明卷與其他幾卷有一個顯著不同，這種不同是在整個系列的編纂後期才逐漸顯露出來的，所以該特徵在其他幾卷中並沒有出現。」（中文版總序）。如果說另外五本哈佛史的著者謹小慎微、恭恭敬敬地陳述歷史的話，那麼，卜正民撰寫的「元明」卷的差異性，在於他找到了一個橫貫元與明時代的巨大的隱性的操控者，這個操控者不是中華帝國的體制傳承、不是元明帝國的改朝換代、也不是華夏土地上帝國的地理變遷，而是籠蓋了「元與明」時代的氣候變化，這就是書中歸納為「小冰河期」的重大氣象特徵。
在其他幾部歷史書中，很少有作者獨立地把「氣候」提拎出來，作為人事社會變遷的一個重要影響元素。在本卷中，作者對「小冰河期」予以特別的交待：「元明兩代正值氣候異常時期，歷史學家稱之為小冰河期。」（P49）
作者由此歸納道：「我不由得想到應該把元明兩朝的政治運勢與其氣候變化對照看看：忽必烈汗遷都北京正值小冰河期的開始；1366年，元期衰亡，處於小冰河期第一個階段的極寒期；1644年，明朝滅亡，正值這400年歷史上記載的最漫長的嚴寒期的尾聲。氣溫當然不是解釋這些重大歷史事件的唯一因素，但任何解釋肯定繞不過它。」（P51）
明朝建立的時期，正是西方中世紀的結束，十四、五世紀的歐洲正跌入到最黑暗的低谷，而相比之下，大明王朝正在元朝的廢墟上開啟了盛世時代。書中在引述馬可·波羅與朝鮮官員崔溥分別對元與明的一片極度富饒、繁華景象的描述，可以與當時的西方正處於中世紀黑暗期的尾聲形成鮮明的對照。而小冰河期這一來自於西方歷史的概念，用在東方的歷史上，以意圖闡述東方帝國的節點，可能會產生某種不適應，甚至作者在元明卷中，一方面竭力去闡述氣候對社會、經濟生活的影響，但是，作者很清醒地意識到：「氣候本身並不能解釋元朝的興起與明朝的衰落，更不足以解釋一個王朝的建立和另一個王朝衰落之間所發生的一切」 （P251），不過，在這一清醒認識的基礎上，作者心裡始終揮之不去的是如果排除了氣象因素，「就無法充分理解這四個世紀的歷史。」（P252）。因為作者把氣候作為它「洞穿」元明兩個朝代的更為宏大的力量，因此，書中並沒有像其它幾卷的哈佛史那樣，從中華帝國的地理方位角度去解析歷史的變遷與接續，而是環繞著氣象這一個核心焦點，羅列了各種氣象災難來透視籠罩在元明帝國之上的超自然力量，實際上是把其它幾卷中幾乎很少涉及的氣象因素作為側重焦點來予以關注，這無疑開啟了對我們熟知的歷史不一樣的新鮮解說空間，也使元與明的歷史能夠在一個氣象模型中得到擁有共性基礎的解讀。
當然，在龐大的氣象背景下控制的元與明朝的人事特點，作者並沒有作出忽略。作者指出：「元明史上的兩大主題——獨裁制和商品化，在宋代尚不見其蹤影，而到了元明時期，它們在質和量上已發生了飛躍性的變化。」（P21）。專制統治是中華帝國的一個不可忽略的體制基礎，但實施有效的專制統治，並不是從中華帝國開初之年就是一蹴而就的，這其中經過了複雜的嬗變，也付出了國破山河在、帝國江山分崩離析的非常代價，而中華帝國的專制統治特徵，就是權力逐漸向皇權集中，一直到最後一個皇朝清朝達到了最完善的程度，但這也意味著這一體制已經走上了最終的末路。因此，在書中，作者圍繞中華帝制的嬗變史，對元明兩朝的體制進行了綜述性的分析。作者引述了20世紀傑出的明史專家牟復禮的研究成果，認為「宋代是中國專制統治的濫觴期」，後來的「所謂的蒙古的『野蠻化』將帝制中『大部分對皇權的限制都摧毀了』，因此，為明代的專制統治開闢了道路。」（P83）作者認為：「中國政治轉向君主獨裁，肇始於蒙元，但卻是洪武與永樂二帝真正把儒家核心思想中強調義務和互重的君臣之道剔除出去，使明王朝失去了恢復帝制舊法的思想源泉。」（P90）。
這種獨裁制度在體制上就是確立皇權一枝獨大的至高無上地位，將中央權力集於皇帝一身，杜絕任何力量對皇權的幹預與影響，取消宰相制度，設立內閣大學士，這樣，「皇帝一人權掌天下」，這一專制體制的優劣可謂是一目了然的，皇權縱攬一切，防止了地方勢力覬覦皇權的挑戰，使得中華帝國再也不見了漢代後期軍閥林立、唐代藩鎮獨大的狀況，而正因為中央集權的失控，導致了漢代之後是長達三百年的混亂時期，唐朝滅亡之後接踵而至的也是牆頭變幻霸王旗的五代亂局，這都可視著中央政府無力控制局面導致的失控狀態。但是，中華帝國的獨裁體制在負面效應上同樣是有目共睹，這就是「政府運作的好壞，端視人君的智慧和能力」（P87），這成為中華帝國身陷其中、解也解不開的沉重的怪圈，直到大清滅亡，終結了帝國的體制脈線，也使中華帝國走向了嶄新的發展模式。從中我們可以看出，哈佛史六個分券裡，始終有一個探討的方向，就是中華帝國的生成機制與傳承嬗變的問題，這一問題，是回答中國歷史走向的一個重要因素，而哈佛史在當初確立編纂要求時就明確讓編撰者「仔細考慮在他們所寫的那個時代生活到底意味著什麼。」（中文版總序），而中華帝制的內在脈絡，無疑是決定過往的中國社會的根本原因的重要方面。
而值得注意的是，西方學者在考察中國歷史的時候，始終將東方古國的歷史變遷放在全球史的範圍內進行考量。更多的情況下，這是作者思維習慣決定了的一種潛意識作為，如本書從小冰河期去考察元明史，就是對西方歷史研究中的一種模型的移用，但我們還應該看到，這更是西方學者在更大的社會背景下洞觀中國歷史的有意選擇。在元明卷中，作者分別從兩個方向，去探討了元與明朝兩個朝代與世界溝通與構連的兩個區域：在13世紀末到14世紀末，蒙元帝國「橫跨草原，向西拓展至波斯和歐洲」，並形成了一個「發端於元朝的大陸型世界經濟體，」而到了明朝，作者認為出現了一個「以南海為中心的海上世界經濟體」，這個經濟體將明朝與進出印度洋和橫跨太平洋的各貿易體系連接在一起。「這兩個不同的世界以不同的方式將中國納入其中。」（P251）。這樣在書中專門出現了一個「南海」的章回，專門探討明朝在全球範圍內的經濟面向問題，不可謂不是作者的一種恰中肯綮、妙臻精微的獨到發現，也給這部哈佛史注入了新鮮的予人以啟發的歷史識見與視野。