耶穌會是天主教的著名的修會。1535年8月15日由西班牙羅耀拉·依納爵( Ignace de Loyola )為應對宗教改革而成立，並獲得羅馬教廷教宗的許可。耶穌會最主要的任務是教育與傳教，在歐洲興辦許多大學，培養出的學生除是宣教士外，也有活躍政界、文化界、科學界的精英。耶穌會積極向海外宣教，宣教士遍及中國、日本、印度和美洲等地，為世界各地的文化交流貢獻巨大。
耶穌會成立之初，聖依納爵的摯友，被稱為東亞宗徒的方濟各·沙勿略（François Xavier ）就到了印度，此後又到日本宣教。沙勿略在印度組織一個赴中國宣教的使團，準備進入中國傳教。在商人朋友的幫助下，他很快組織了一個赴中國的使團。1552年4月，他離開印度果阿，8月，沙勿略乘「聖十字」號抵達距廣州30海裡的上川島。正當他準備進入內地時，不幸染上瘧疾，由於缺乏醫藥，不久便去世了，年僅46歲。
就在這一年，利瑪竇誕生，三十年後的1583年，利瑪竇到達廣東，在中國南方輾轉度過十八年後，終於在1601年進入北京，之後的十年，利瑪竇以其精湛的數學和天文知識，和對中國經典的通曉，在中國的知識分子中樹立了良好的形象，當時著名的學者徐光啟等人受其影響成為天主教徒。利瑪竇是最早向中國介紹西方科學知識的西方人，促進了中國科技的發展，為中西的文明交流作出巨大貢獻。
1644年滿清入關，滿清皇帝繼續重用西方傳教士。湯若望、南懷仁等人相繼出任欽天監正，湯若望修訂的《時憲歷》沿用至今。清初，全國信徒已達27萬。 雍正時期，朝廷改變了宗教政策，在全國查禁天主教，迫害教徒和傳教士，但在宮廷裡卻留用一批耶穌會士，擔任御用的學者和藝術家。著名的有義大利籍畫家郎世寧(Brother Giuseppe Castiglione S.J.)，和負責製作地圖的蔣友仁神父（Fr. Michel Benoist S.J.）。
17世紀後期，耶穌會傳教士成為西方人了解中國的最高權威。1762年，法國頒布了解散耶穌會的命令。1773年7月，教廷宣布解散耶穌會。從明末到清初190年，耶穌會總共有472名宣教士在中國宣教。
耶穌會直到1814又重新恢復。1842年7月11日，三位法國籍的耶穌會士南格祿(Fr. Claude Gotteland S.J.)、 李秀芳( (Benjamin Brueyre, S.J.)與艾方濟(Francois Esteve S.J.)重返中國，1847年在上海徐家匯正式建立宣教中心，包括幾所修道院、孤兒院、天文臺、土山灣印書館、氣象臺、博物院、藏書樓以及男女中學等。徐家匯聖依納爵堂至今留存，作為上海教區的主教座堂耶穌會以徐家匯為中心，逐漸將天主教傳遍教廷委託其負責的江南代牧區（江蘇、安徽兩省）。
1856年，耶穌會開始負責新成立的直隸東南代牧區，主教座堂最初位於威縣趙家莊，不久遷移到獻縣張家莊，建造了華北著名的大教堂獻縣張莊耶穌聖心主教座堂和規模龐大的教會建築群，是耶穌會繼上海之後形成的第二個在華傳教中心。
儘管在1900年的義和團事變中，直隸東南代牧區受到重創，5萬多名教友中有5000多人喪生，其中有3000多名都是7月20日在景州朱家河同日被殺。不過戰後直隸（河北）的天主教徒增長的速度更加迅速。1925年以前，在中國的2所天主教大學均為耶穌會創辦。1903年在上海創立震旦大學（今復旦大學），1922年創立天津工商學院。
1931年，美國加州耶穌會士到達中國，在上海創辦金科中學，在南京創辦弘光中學。1949年由上海教區分出的揚州監牧區也由美國耶穌會神父負責。1950年，共有913名耶穌會士在中國傳教，佔全世界（4650人）的1／5。他們在中國負責河北、江蘇（含上海）、安徽3省的10個教區，五百多座教堂。
1952年，中國大陸政府驅逐外籍宣教士，耶穌會士再度被驅離中國大陸，修會被迫遷移至香港與臺灣。 1960年在天主教中國主教團、聖言會及耶穌會合作之下，輔仁大學於臺北縣新莊市復校，成為全球十四所天主教大學之一。除了輔仁大學之外，耶穌會在臺灣各地也開辦了臺北縣徐匯高中與新竹縣內思高工兩所學校。此外，著名的媒體機關光啟社，以及臺北市公館的耕莘文教院也是耶穌會在臺灣的分支機構。
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