基於circular RNA測序的聯合分析

2021-01-21 百邁客生物

 circularRNA ，是最近發現的一類特殊的非編碼環狀RNA，它大量存在於真核轉錄組中，主要由pre-mRNA通過可變剪切加工產生。近年研究發現，circRNA具有很多重要的調控功能，典型的是，circRNA可以作為競爭性內源RNA（ceRNA）結合miRNA，阻斷miRNA對靶基因的抑制作用。此外，circRNA還具有調控其他類型RNA及蛋白質活性等功能。

百邁客circRNA測序採用Epicentre Ribo-ZeroTM試劑盒去除樣本中的rRNA，對富集到的 RNA進行文庫構建、測序並利用測序數據進行circRNA的鑑定、特徵分析、表達分析和其miRNA結合位點分析，結合miRNA數據，可對circRNA功能有更深入了解。




建庫方式

去rRNA+Rnase R消除線性化RNA

去rRNA（同LncRNA建庫方式）

 

研究策略

針對環形RNA未報到的有參考基因組物種, 重點關注circRNA鑑定、驗證及初步的功能研究，採用Rnase R處理可對環形RNA有更高的檢測效率，發儘可能多的基於circRNA這一新研究熱點的文章。

針對有參考基因組物種，聯合分析方式重點關注環形RNA與其他線性RNA的互作關係，從而將調控網絡從線性RNA擴展到環狀RNA，全面深入分析調控網絡。

推薦數據量

植物：≥6G

動物：≥12G

植物：≥12G

動物：≥16G

聯合策略

circRNA測序（去rRNA後Rnase R處理）+小RNA測序

全轉錄組測序（去rRNA建庫）+小RNA測序

聯合分析

內容

circRNA上miRNA結合位點預測；

circRNA-miRNA互作分析。

circRNA、miRNA、mRNA表達水平比較分析；

lncRNA、miRNA、mRNA表達水平比較分析；

ceRNA網絡互作圖繪製。



唾液中circular RNA、microRNA、piRNA的表達譜


本研究基於高通量RNA測序對來自健康人的唾液（CFS）中非編碼RNAs（ncRNAs）進行了深入分析，發現了circRNAs、miRNAs和piRNAs的表達，並且跨個體的miRNA和piRNA譜的表達具有可重複性。而且唾液中RNA種類與其他體液或細胞樣品中高度相似。通過90多個不同來源的RNA-Seq數據集的比較分析，發現miRNA表達譜與那些在血清和腦脊液中發現的高度類似；利用生物信息學方法也鑑定了400多個circRNAs，這是首次發現細胞外體液中circRNAs的存在。


                         

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