沒錯,你就缺一個這樣的circular RNA資料庫

2021-01-21 科研小榴槤

小榴槤今天和大家分享一個circular RNA資料庫，小夥伴們如果有更好的查詢網站可以給我們留言奧，集思廣益，方便科研。


中科院上海生科院計算生物所——德國馬普計算生物學夥伴研究所楊力教授團隊發布了升級版的circular RNA資料庫

CIRCpediav2，

該結果發表在學術期刊《Genomics Proteomics Bioinformatics》上。該數據的登陸網址為：

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/



在詳細的為大家介紹這個資料庫之前，榴槤小主先和大家聊聊最近五年circular RNA文章的發表情況。自2014年以來，影響因子在十分以上的circular RNA相關SCI發表數量還是呈現出上升的趨勢，雖然2018年發表數量有所下降，但到年底為止可能年發表數也會維持在三十篇左右。作為RNA研究一個相對熱門的領域，近年來高分文章不斷，競爭壓力不大，感興趣的小夥伴們多多關注奧。


那麼接下來小榴槤以環狀RNAcir-foxo3為例簡單為大家介紹一下這個資料庫。


一


二


三

四

這一步小榴槤不得不為了這個弱智網站打點文字解釋下，大家點擊基因組位置就可以顯示接下來的頁面，但是同時請記住，一定要同時將這個地址複製下來！

五

六

點擊進入，序列就在眼前啦！



RNA研究相關書籍資料


1，RNA Worlds

from life' origins to diversity in gene regulation


這份資料為大家提供了詳細的RNA方面的知識，想了解這方面知識的同學可以留意下這份資料，小榴槤會提供下載方式。


2，RNA Methodologies

RNA研究方法


我們肯定會想到提供一些RNA的研究方法。需要注意的是我們在此提供的《RNA研究方法》是第四版高清pdf。與此同時，我們提供第三版的中文影印版本，如下：



3，RNA Methylation

-methods and protocols

RNA 甲基化研究方法



我們在本文中也談到了m6A最近風頭正盛，所以給大家找了一部關於m6A研究方法的書籍資料，希望對小夥伴們有幫助。


4，RNA and Cancer

RNA和癌症研究



《RNA and Cancer》中詳細的講述了RNA剪接與腫瘤信號通路，細胞壞死，細胞凋亡等的關係，涵蓋了RNA剪接，microRNA等影響腫瘤發生發展的各種分子模式，我們lab的入門資料之一，推薦學習！


5，Non-coding RNA and Cancer

長鏈非編碼RNA和腫瘤研究


6，circular RNA

-methods and protocols

環狀RNA研究方法



談起RNA研究，不得不談的就是近年來的新寵circular RNA，相比起long non-coding RNA，大有長江後浪推前浪之勢。那麼對於剛剛接觸circular RNA研究的小夥伴來說，使用什麼資料庫進行查詢？怎樣構建circular RNA表達載體？如何檢測circular RNA的表達？怎樣對circular RNA進行示蹤？這本書裡都進行了詳細的描述。古語有云：臨淵羨魚，不如退而織網。還等什麼？摩拳擦掌行動起來吧！

7，MicroRNA and Cancer



8，RNA-seq Data Analysis


說到關於RNA的資料，有一個內容無法繞過，那就是RNA-seq，當然關於資料，小榴槤當然也為大家準備好啦。另外，RNA-seq數據的分析對大家來說未免有點生澀難懂，小榴槤還為大家準備了一份簡明扼要的中文資料，包括如何分析RNA-seq數據，如何做熱圖等等，三天速成！


9，RNA silencing

methods and protocols

RNA沉默實驗方法


無論大家從不從事RNA方面的研究工作，siRNA什麼的大家也是都用得上的，所以這份資料作為今天分享的最後一份資料！資料免費領取方式見下文。

讀書不覺已春深

一寸光陰一寸金

多讀資料

不負韶光！



領取方式

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發送「RNA」

根據提示領取資料！


希望我們的分享能對小夥伴們的科研有所幫助。往期我們推薦了一本《腫瘤靶向治療初學者指南》的書籍資源，很受歡迎，因回復不及時造成漏發情況表示歉意，請及時聯繫我們補發（微信:hq_3690）。


榴槤小主記性不好，如果有漏發情況就加微信直接要！謝謝大家支持！


科研小榴槤擁有免費資料分享群

聯繫榴槤小主：hq_3690





特別推薦

《腫瘤靶向治療初學者指南》


癌症研究-必備外文指導書籍！

RNA研究那些事兒


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