科研乾貨丨外泌體資料庫你知道多少?

2020-12-04 紐創博美

近年來,外泌體有多火就不用小醫多說了吧。在腫瘤等疾病的基礎研究、轉化應用和診斷治療中展現出巨大潛力,那研究熱度真的是蹭蹭往上漲。當然在國自然項目中,外泌體的中標項目及資助金額也是飆升,成為國自然數一數二的熱點之一。

也許你在擔心自己的課題不適合做外泌體,莫慌!實際上外泌體是一個非常特殊的對象,它並不是終極的一個分子或蛋白,它是一個單位,而這一單位是細胞與細胞之間溝通方式的最主要形式,因此你可以想像,幾乎所有生物醫藥研究領域,你都可以全新的,從外泌體的角度進行挖掘!

今天小醫就給大家介紹幾個外泌體研究中常用的資料庫!

EVpedia-外體蛋白質組、轉錄組和脂質體資料庫

EVpedia是由韓國項浦大學創建的一個完整而全面的蛋白質組、轉錄組和脂肪體資料庫,其來源於古菌、細菌和真核生物,包括人類。

還提供一款分析工具,可用於如檢索和瀏覽囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的網絡分析,同時,胞外囊泡研究的相關文獻在本資料庫中列出。因此,EVpedia可以作為一種有用的社區資源來觸發對EVS的系統和全面的研究,並揭示EVS的基本角色。

ExoCarta外體蛋白質、RNA和脂質資料庫

摘要部分看完大概知道文章找了些結直腸癌中差異的上百了lncRNA,後來從中縮小到了8個lncRNA,然後弄了一個基於SVM的風險分類模型來區分早期結直腸癌中的高風險病人,然後還做了通路富集分析啦。

ExoCarta的一個典型特點就是具有外泌體蛋白動態的蛋白與蛋白之間相互關係網以生物學通路。用戶可以從大量的研究中下載最常用的蛋白數據。下載的文件可用於進一步直接導入到FunRich工具,以便進行其他的功能富集和相互關係網分析。

Vesiclepedia --外體蛋白質、RNA和脂質資料庫

Vesiclepedia,一個胞外囊泡分子數據(脂質、RNA和蛋白質)的手工檢索工具庫,目前包含來自於過去一些年份文獻中發表的341個獨立研究的35264個蛋白,18718個mRNA,1772個miRNA、342個脂質條目,還可以根據物種、囊泡、分子和樣品類型瀏覽和檢索。

而且資料庫是公開的,允許用戶根據不同的搜索標準查詢和下載EV cargo、 EV分離和表徵模式,生物物理和分子特性以及EV-METRIC列於資料庫中,幫助生物醫學科學家評估EV製劑的質量和獲得的相應數據。此外,基於FunRich的Vesiclepedia插件可以幫助用戶進行數據分析。

EMBL-EBI

歐洲生物信息學研究所(EMBL-EBI)擁有世界上最全面的免費和最新的分子數據資源.

外基-外體圓環RNA資料庫、INcRNA和mRNA

外RBase是一個循環RNA(CircRNA)、長非編碼RNA(INcRNA)和信使RNA(MRNA)的儲存庫,這些RNA和mRNA是從人血外體的rna-seq數據分析中提取出來的。還包括已發表文獻的實驗驗證。

系外RBase的特點是整合和可視化RNA表達剖面的基礎上,歸一化的RNA-seq數據跨越正常人和病人的不同疾病。

尿Exosome蛋白資料庫

這個尿外體蛋白資料庫是基於發表的蛋白質質譜數據。NHLBI上皮系統生物學實驗室(ESBL)。所有的數據都是從健康的人類志願者體內分離出來的。這個資料庫包含了用兩種不同的質譜儀來鑑定人類尿外體的蛋白質。

exRNA圖譜-外顯子RNA資料庫

ExRNA圖譜是細胞外RNA通訊聯盟(ERCC)的數據倉庫,包括來自人和小鼠生物液的小RNA測序和RT-qPCR衍生的exRNA圖譜。所有rna-seq數據集都使用第4版的摘錄小型rna-seq管道並將ERCC制定的質量指標統一應用於這些數據集。

好了,今天的外泌體資料庫就介紹到這裡。一個好的資料庫在前期可以幫助確定要深入研究的基因,從而使後期的功能和機制研究更順利。但是想熟練運用這些資料庫,還是要花點時間的!趕緊行動起來吧~

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