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充分利用環狀RNA相關的在線資料庫，可以很好地幫助到平時的實驗研究工作。下面我們介紹環狀RNA相關的幾個重要資料庫。
circBase資料庫
1、選擇感興趣的circRNA
這裡以「HIPK3」基因為例，打開circBase網站（http://circrna.org/），在搜索框中輸入興趣基因「HIPK3」名稱，點擊「search」按鈕。
2、搜索結果選擇
「HIPK3」基因對應的環狀RNA有多個，其中hsa_circ_0000284在多種細胞和組織中皆有表達，表達水平很高，可以列為重點研究的候選分子。
3、獲取環狀RNA序列
點擊菜單欄的「fasta」，跳轉到序列獲取界面，這裡可以選擇獲取「genomic」和「spliced」 基因組和剪接後序列，也可以選擇增加上環狀RNA分子上遊或下遊序列，僅環化剪接位點附近序列，進行擴展。一般我們選擇「spliced」即可獲得環狀RNA分子的完整成熟序列了。
>hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA....；
CircNet資料庫
CircNet資料庫數據來源基於轉錄測序結果，並進一步聯合microRNA等信息進行了整合分析，功能強大。資料庫網址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
該資料庫整合了以下信息：circRNA分子序列；circRNA與miRNA及靶基因的調控網絡；circRNA分子的表達譜；circRNA分子的基因組注釋。
還是以「HIPK3」為例，檢索結果不僅顯示了與HIPK3環狀RNA相關的miRNA分子，也有環狀RNA表達譜數據和基因組定位等信息。
CircInteractome資料庫
CircInteractome資料庫整合的信息有以下幾類：
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA
1、circRNA分子檢索
點擊「circular RNA」輸入「hsa_circ_0000284」點擊「cricular RNA search」
2、獲取circRNA詳細信息：通過第一步輸入circRNA ID號後即可進入該環狀RNA分子的詳細界面，如下圖。
3、circRNA的PCR引物設計：該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計，操作如下：
輸入circRNA分子ID號，點擊divergent primers search，即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence，下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行選擇。
點擊primer3後得到網站自動設計好的引物，具體結果見下圖。
3、circRNA的PCR引物設計：該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計，操作如下：
輸入circRNA分子ID號，點擊divergent primers search，即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence，下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行選擇。
點擊primer3後得到網站自動設計好的引物，具體結果見下圖。
4、circRNA的siRNA幹擾序列設計：該資料庫還提供了針對circRNA的siRNA序列設計，非常實用。
下圖是針對「hsa_circ_0000284」軟體設計後給出的siRNA序列
deepbase資料庫
中山大學推出的deepbase資料庫主要強調ceRNA分子網絡互作，其中也整合了circRNA相關信息。網址：http://deepbase.sysu.edu.cn/
有效且靈活地整合在線circRNA相關資料庫知識，可以很好地為實驗提供思路和指導。