circNet:人類環狀RNA資料庫

2020-10-18 生信修煉手冊

circNet是一個環狀RNA的資料庫，不僅收錄了cirRNA的基本信息，還提供了環狀RNA在不同組織中的表達譜數據以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA調控網絡，網址如下

http://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/

資料庫構建的流程如下所示

從SRA資料庫中收集了來自26個不同組織，共464個樣本的RNA_seq數據，利用find_circ軟體預測其中的環狀RNA,共預測到212950個環狀RNA,和circBase資料庫相比，其中有53687個是新的環狀RNA。為了降低假陽性，選取junction reads大於3的環狀RNA作為高可信度的環狀RNA,最終得到34000個環狀RNA。

軟體預測環狀RNA只會給出連接點在基因組上的位置，意味著我們只能確定環狀RNA的頭尾，無法直接確定中間的序列信息，為此，該資料庫根據下圖所示策略去注釋環狀RNA的序列信息

圖A表示對於頭尾都對應exon的環狀RNA,在注釋序列時，將所有eoxn的組合情況都列出，作為circRNA的多個isoform;圖B表示對於剪切位點在內含子上的環狀RNA,注釋其序列時將exon兩側的intron序列也包含進去；圖C表示環狀RNA頭尾位於已知基因的反義鏈時，直接根據頭尾的染色體位置截取序列最終該環狀RNA的序列；圖D表示對於頭尾在基因間區的環狀RNA,和圖C同樣的做法，直接根據頭尾的染色體位置截取序列最終該環狀RNA的序列。

根據環狀RNA的序列,通過targetScan軟體預測與miRNA的相互作用，然後再結合miRTarBase和miRBase資料庫中的miRNA與基因的調控關係，構建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA調控網絡。

在官網首頁可以以基因為單位檢索對應的ceRNA調控網絡，以ZEB1為例，示意如下

圖例如下所示

紫色節點代表環狀RNA,黃色節點代表miRNA,藍色節點代表gene;紅色連線用於連接miRNA和靶標基因，綠色連線用於連接gene和環狀RNA, 藍色連線用於連接circRNA和miRNA。

在右側面板會顯示在不同組織中的表達量，環狀RNA與miRNA的相互作用網絡等信息，更多細節請參考官網的使用手冊。

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