各種RNA的引物序列,你是自己設計還是查詢資料庫?

螢光定量PCR是我們檢測RNA表達最常見的實驗室四大技術之一，其中引物序列的設計是大家常常遇到的問題，今天我們來介紹幾個常用的查詢PCR引物序列的資料庫。

1. Primerbank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

這個使用起來比較簡單，物種只有人和小鼠兩個，可以直接根據基因名進行查詢：

也可以根據轉錄本ID號進行查詢：

2. GETPrime 2.0：http://bbcftools.epfl.ch/getprime

前面介紹的Primerbank比較簡單，對於一些不常見的lncRNA有可能查詢不到，比如這個lncRNA：

CTD-2021A8.3

而這個GETPrime 2.0則可以直接查詢，而且可以查詢多個基因，我們先看CTD-2021A8.3的查詢結果，在搜索框輸入CTD-2021A8.3：

結果：

不僅可以看到rank和引物序列，還可以單擊detail查看：

不僅給出引物序列，還包括了在此中間snp的信息。

當然，這個資料庫還可以查詢多個基因的序列，比如：

查詢結果：

這個資料庫非常好用，大家可以嘗試。

3. qPrimerDB：http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

最後這個qPrimerDb收錄的物種有147個，也就是說如果你做真菌、植物、魚、昆蟲、鳥等物種也可以使用這個資料庫，大家可以直接根據轉錄本編號查詢：ENST00000000233.9：

也可以下載收錄的所有信息，比如擬南芥中基因的引物信息：

好了，前面的幾個資料庫我們就介紹到這裡，一般的簡單查詢功能都可以滿足了，那幾個資料庫都查不到的怎麼辦呢？其實就像我們學作圖一樣，各種軟體和網站可能都能實驗，但是要做出自己滿意的圖片來還是要用代碼做，而引物設計的道理也是這樣，再說用Primer Premier 等工具設計還是很容易的。——窮則變，變則通，通則久。

加油！