家族基因引物設計

2021-01-08 生信小胖媛

家族基因引物設計是一件很頭疼的事情，因為NCBI primer BLAST的資料庫不一定有你的。

最直接的方法就是用bowtie將你的引物序列作為短reads比對到你的基因組上，確定引物的唯一性。

首先，你要用bowtie-build對基因組構建索引：

bowtie-build genome.fa genome.fa

然後，將正反向引物以fasta格式放在一個新建的文件裡面：

touch primer.fa

然後就是比對命令，這裡我參考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_7d001f3d0101nwc2.html

我的命令是：

bowtie -f -a -m 20 -v 1 --al Reads_aligned --un Reads_unaligned FXA.fasta primer_1.fasta primer_1.bwt 2> log

結果文件如下圖：

由上圖可知，引物結合位點不單一，這對引物捨棄

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