見鬼去吧,引物設計原則!

2020-12-05 貳拾肆次方

實際的引物設計操作中，如果按照以上所有條款來設計引物，就等著老闆來抽你吧。PP5是最好的引物設計軟體？錯了，PP5隻是最好的引物驗證軟體，用它來設計引物就完蛋了，連Tm值都算不準。

下面來教你怎麼設計qPCR引物吧，首先花1分鐘找到基因的轉錄本序列。NCBI上找，如果遇到多轉錄本，可先用DNA STAR的MegAlign來進行比對，僅選取重合部分，這樣就能擴增出所有轉錄本了。同時注意，僅選取3`末端序列，由於Oligo dT是從PolyA開始反轉錄的，所以如果片段較長的話，反轉錄酶可能無法把5`端序列全部給反轉成cDNA。

好了，有了序列就要找引物了。不要用PP5了，太老了不好用，且PP5不能兼容Win7的系統。現在推薦你們兩款軟體，都是超讚的，PP6和AelleID6.0/BD 7.0，有這個在手，基本上就是傻瓜型的操作了。只要會輸入序列，就能找到引物了，對引物會有具體的評分，Best、Good、Poor、Not Found，選取Best導出即可，如果是Poor或者Not Found，就調整一下參數如Tm值或引物長度，一般來說都是沒問題的。

引物搜索，注意調整產物長度，Tm值及搜索範圍。

來源：實驗萬事屋

【科研收錄，版權歸原作者所有】

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