Primer Premier 5.0 的使用技巧簡介
1. 功能
「Premier」的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設計、限制性內切酶位點分析和DNA 基元(motif)查找。「Premier」還具有同源性分析功能，但並非其特長，在此略過。此外，該軟體還有一些特殊功能，其中最重要的是設計簡併引物，另外還有序列「朗讀」、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。
有時需要根據一段胺基酸序列反推到DNA 來設計引物，由於大多數胺基酸（20 種常見結構胺基酸中的18 種）的遺傳密碼不只一種，因此，由胺基酸序列反推DNA 序列時，會遇到部分鹼基的不確定性。這樣設計併合成的引物實際上是多個序列的混和物，它們的序列組成大部分相同，但在某些位點有所變化，稱之為簡併引物。遺傳密碼規則因物種或細胞亞結構的不同而異，比如在線粒體內的遺傳密碼與細胞核是不一樣的。「Premier」可以針對模板DNA 的來源以相應的遺傳密碼規則轉換DNA 和胺基酸序列。軟體共給出八種生物亞結構的不同遺傳密碼規則供用戶選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、一般標準（Standard）、脊椎動物線粒體（Vertebrate Mitochondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。
2. 使用步驟及技巧
其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕後，選擇相應的限制性內切酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按確定即可。常見的限制性內切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內切酶或基元。
進行引物設計時，打開DNA序列後點擊按鈕primer，出現「search criteria」窗口，有多種參數可以調整。搜索目的（Seach For）有三種選項，PCR 引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜交探針（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下遊引物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成對查找（Pairs），或者分別以適合上、下遊引物為主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區域（Search Ranges），引物長度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數選擇（Search Parameters）等等。使用者可根據自己的需要設定各項參數。如果沒有特殊要求，建議使用默認設置。然後按search，隨之出現的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時，再按OK，這時搜索結果以表格的形式出現，有三種顯示方式，上遊引物（Sense），下遊引物(Anti-sense)，成對顯示(Pairs)。默認顯示為成對方式，並按優劣次序（Rating）排列，滿分為100，即各指標基本都能達標。
點擊其中一對引物，如第1#引物，並把上述窗口挪開或退出，顯示「Peimer Premier」主窗口， 所得結果分三部分，最上面是圖示PCR 模板及產物位置，中間是所選的上下遊引物的一些性質，最下面是四種重要指標的分析，包括髮夾結構（Hairpin），二聚體（Dimer），錯誤引發情況（False Priming），及上下遊引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。當所分析的引物有這四種結構的形成可能時，按鈕由變成，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現該結構的形成情況。一對理想的引物應當不存在任何一種上述結構，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有，只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應用。
在需要對引物進行修飾編輯時，如在5』端加入酶切位點，可點擊，然後修改引物序列。若要回到搜索結果中，則點擊按鈕。如果要設計簡併引物，只需根據源胺基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規則，反推至DNA 序列即可。對簡併引物的分析不需像一般引物那樣嚴格。總之，「Premier」有優秀的引物自動搜索功能，同時可進行部分指標的分析，而且容易使用，是一個相當不錯的軟體。