乾貨丨引物設計有妙招,3款軟體就能搞定!

2021-03-01 中洪博元醫學實驗幫

科研工具| 作圖| 實驗 | SCI寫作 |統計分析

經常在實驗室跑PCR的同學看過來了，今天我們匯總一下那些設計引物的軟體或者網站，及常見注意事項。在PCR過程中，引物設計是非常重要的一環，好的引物會讓你的PCR實驗事半功倍！

主要應用：用於PCR或測序引物以及雜交探針的設計，評估的軟體；

主要功能分四種，引物設計、限制性內切酶位點分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能、設計簡併引物、序列"朗讀"、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。

Primer Premier 5.0 破解版下載連結：後臺回復「引物設計1」即可獲取！

    

主要應用：核酸序列引物分析設計，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預測序列。

主要功能：普通引物對的搜索、測序引物的設計、雜交探針的設計以及評估引物對質量等等。

Oligo7.37破解版下載連結：後臺回復「引物設計2」即可獲取！

   

主要應用： NT 的寡核苷酸設計程序，該軟體可以設計標準的DNAPCR 引物、RT-PCR 引物、嵌套 PCR 引物、等位基因特異引物、多元 PCR 引物和隨TaqMan 探針使用的 DNAPCR 引物。

該軟體帶有引物檢驗系統，還可以進行引物注釋，還可以設計 TaqMan MGB探針和 TaqMan 探針，可以設計用於單一序列和多序列的探針。

Primer Express 3.0下載連結：後臺回復「引物設計3」即可獲取！

(1) 引物與模板的序列要緊密互補

(2) 引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構

(3) 引物不能在模板的非目的位點引發DNA聚合反應

1、引物長度一般在15~30鹼基之間，常用的是18-27 bp，但不應大於38，因為過長會導致其延伸溫度大於74℃，不適於Taq DNA 聚合酶進行反應。 

2. 引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3』端相似性較高的序列，否則容易導致錯配。

3. 引物序列的GC 含量一般為40-60%，過高或過低都不利於引發反應。另外，上下遊引物的GC含量不能相差太大。

4、引物設計 二條引物之間不能進行Annealing，對3′端的3個鹼基需特別注意，5』端序列對PCR 影響不太大，因此常用來引進修飾位點或標記物。 

5. 引物所對應模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使復性條件最佳。Tm 值的計算有多種方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo 軟體中使用的是最鄰近法(the nearest neighbor method) 。 

好了，今天就簡單介紹到這，最後，中洪君推薦「Oligo」和「Premier」兩款軟體合併使用，以「Premier」進行自動搜索，「Oligo」 進行分析評價，如此可快速設計出成功率很高的引物。 

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