引物資料庫PrimerBank使用方法

【Primer介紹】

PrimerBank俗稱引物銀行，即裡面存放了大量的現成引物序列，這些引物都是用於螢光定量PCR的。該資料庫由美國麻薩諸塞州總醫院、哈佛醫學院以及計算與系統生物學中心共同建立。

該資料庫的最大優點是數據量非常大，包含人和小鼠不同基因的約30萬對引物，通過基因ID，基因名稱等都可以進行引物的查詢。但是缺點同樣明顯，其中的引物都是針對人或小鼠的基因，做其他物種的小夥伴可以先休息了~

為確定其中引物的正確性，該資料庫的人員選取了小鼠中27681個基因的共26855對引物進行了螢光定量PCR檢測，並將PCR產物進行了瓊脂糖凝膠電泳檢測和測序（夠拼的）。結果顯示其中引物的成功率為82.6%，比常規引物設計的成功率要高很多。

【PrimerBank中引物序列的查詢】

從Search頁面中可以看出，有多種搜索的選項，GA編號、NCBI蛋白登錄號、基因ID等多種編號都可以進行搜索，這裡小編比較習慣使用基因ID號，因為每個物種每個基因的ID號是唯一的，搜索起來非常精確。

1. 搜索基因ID：

以小鼠表皮生長因子受體（Egfr基因）為例，首先在NCBI的搜索欄中填入「egfr mouse」，資料庫選擇「gene」。點擊「search」

2. 找到gene ID：

在搜索結果中，找到正確物種對應的目的基因，其ID號就在基因簡稱的下面

3. 將gene ID粘貼到PrimerBank中

打開genebank頁面，將搜索類別選為NCBI gene ID，然後將該ID號粘貼到搜索文本框中，由於gene ID已經限定了物種，因此物種可以不用選，點擊「submit」

4. 引物序列選擇

在結果頁面中，顯示出了該基因的兩個轉錄本的螢光定量PCR引物：

需要注意的是，該引物是只檢測轉錄變體1的引物。點擊結果中的紅線區域，能夠得到這對引物的擴增產物序列。★處的結果顯示綠色，代表這對引物是經過試驗驗證的，點擊綠色區域文字，可以得到驗證實驗的結果，包括擴增曲線、熔解曲線以及產物的電泳條帶圖。

怎麼樣，看到這樣的擴增、熔解曲線以及電泳條帶，是不是一萬個放心了呢？趕緊拿去用吧~

來源：生工生物

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