Illumina測序什麼時候會測序到接頭序列?

2021-02-26 科研人直通車

什麼是插入片段？

在NGS基礎 - 高通量測序原理中提到過文庫的構建，具體如下圖

圖中黑色片段即為我們的插入片段。根據測序用途不同，插入片段一般也不同。

常規轉錄組測序、重測序插入片段為 200-300 nt。

擴增子測序插入片段長度取決於使用的擴增引物，一般400-550nt。

小 RNA 測序插入片段長度為 18-40 nt。

插入片段長短與測序接頭是什麼關係呢？

我們看下測序的過程：

測序引物錨定在序列模板上，正好與模板的Rd2 SP (SP: sequence primer測序引物)完全互補配對，隨後開始邊合成邊測序，所以測序reads 5'端的接頭和引物序列都不會被測到，直接跳過。測序的第一個鹼基是插入片段的第一個鹼基。依次繼續測。

常規轉錄組測序、基因組重測序、擴增子測序，使用模式為PE 150和PE 250,單端的讀長大都不會長於插入片段，通常是不會測到接頭序列的。

為什麼一批數據有的序列有接頭，有的沒有接頭

常規轉錄組測序、基因組重測序 DNA 片段因為片段化方式不同，如酶切或超聲打斷，獲得的片段大小不是完全一致的，大部分目標片段長度集中於200-300 nt，但也有一部分會短於150 nt甚至再短一些，這部分片段被測序時就會產生長短不一的接頭序列部分。

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