達爾文進化理論自誕生以來，就長期處在爭論的漩渦之中，爭論不僅來自宗教，也來自學術界內部。宗教方面利用現有進化理論中的問題來否定生物進化的理念，學術界也遠沒有達到取得共識的程度。
那麼，關於進化論大家爭論的焦點在哪裡？
達爾文進化論的核心是：生物進化是通過「變異」和「自然選擇」，其中「變異」是隨機發生的，生物進化方向由「自然選擇」來引導。
人們對自然選擇說主要有如下疑問：第一種認為自然選擇理論不能像物理學或化學定理那樣能夠通過實驗來證明，是「不能被證明的理論」。第二種異議認為自然選擇在進化中只起微小作用，不能造成顯著的進化改變，認為進化方向有另外的、特殊的進化機制。
有人會問：如果基因發生的變異是隨機性的，那麼有益的變異是多少，有害變異又是多少。所謂隨機，就是沒有方向的，這樣產生的有害變異會遠遠多於有益變異。如果是這樣，有益變異很快被有害變異給淹沒，又如何能發揮作用。所以，依據這種理論，生物進化是一個小概率事件，生物取得進化靠的是連續摸中大獎。
進化中的幸運或機遇如同「中彩」。但是，一度「中彩」或數度幸運降臨，並不能創造出（或產生出）一個複雜的適應。一個複雜的適應結構或適應的機能需要無數相關的遺傳變異的積累，而無數次連續「中彩」的機會幾乎等於零。
人類的眼睛是一套精密而複雜的光學成像系統，這個系統在大腦中產生正立的原比例的立體實像，而且色彩逼真，效果穩定，日後很久還可以栩栩如生的回想起來，一切景象如在眼前，遠超現代的任何高級光學攝像系統，這會是自然選擇引導下的產物嗎？對於自然選擇的作用，有人指出，它只是起剔除種群內的殘次品的作用，而並不能創造新的生物功能和結構。
在達爾文的進化論問世之後，圍繞自然選擇產生的爭議不斷。自然選擇到底是一種動因、過程或是過程的結果？自然選擇看上去怎麼都不像是一個科學用詞，它的最大缺點是含有誰在選擇的意思，許多人批評達爾文不加限制地將自然人格化，當自然神論者訴求於上帝時，達爾文則求助於自然，認為達爾文廢黜了聖經中的上帝豈不是為了用一個新的上帝——自然選擇來代替它
達爾文及其支持者們本來是想用他們的進化論去打倒神創論，卻被誤認為是將自然選擇神靈化，批評者們攻擊說怎能用這樣一個無法界定的空洞的詞藻來解釋一切進化現象呢？顯然，達爾文的一個失敗之處就是他沒能給他的「自然選擇」一個合適的界定，雖然他幾乎意識到了適合於描述「自然選擇」的準確意義，如果他找到了一個通俗易懂且能為多數人所接受的術語來替代「自然選擇」也許情況就完全不一樣了，因為「自然選擇」一詞確實是太為抽象和寬泛！
在作為主流的達爾文進化學說中，總是存在一些沒有說清楚的地方。宗教方面，有人總愛拿達爾文進化論的缺陷說事，嚷著要推翻進化論。在學術界，對進化論有不同的看法，有關生物進化方式和機制上的爭議始終存在。