《教父3》講述了1979年，第二代教父麥克柯裡昂到了垂暮之年，為了靈魂的救贖，麥克慢慢結束家族的黑道事業，轉投正當生意。
麥克柯裡昂打算擺脫黑手黨的糾纏，讓家族的生意合法化。為此，他賣掉了賭博產業，收購梵蒂岡銀行手中的一家房地產公司的股票。大教主和他背後的利益集團希望麥克能聽從他們的指令，但麥克拒絕了。
麥克邀請前妻凱和兒女參加自己的生日宴會。凱來了，但她是為兒子安東尼的事情來的。安東尼想放棄法律專業，轉學他喜歡的歌劇，準備做職業歌手。麥克被兒子說服了，同意他追求自己的夢想。
在生日宴會上，麥克安排瑪麗以柯裡昂基金會主席的身份宣布向慈善公益事業捐款一億美元，獻給西西里貧民，他們再次成為全場的焦點。
瑪麗在生日宴會上見到堂兄文森，他們一見鍾情。但麥克不讓文森和自己的女兒戀愛，怕給她帶來危險。
在新澤西大西洋城，麥克把出售賭博業的錢按出資比例分給合伙人，遭到暗殺。他突發疾病住進了醫院。
麥克生病住院時，凱來看他，告訴他，兒子安東尼準備在復活節那天在西西里舉辦首場演出，麥克說他一定會到場。
麥克去尋求梵蒂岡紅衣教主的幫助，紅衣教主希望麥克能真心懺悔。麥克痛哭起來，承認自己出賣妻子，殺死親哥哥，而他最後悔的事情就是殺了自己的親哥哥。
麥克邀請了很多朋友來西西里參加兒子的演出。安東尼唱了一首家鄉的民謠送給大家。
在安東尼演出的時候，文森和瑪麗說以後再也不要見面了，瑪麗傷心的哭了。
演出結束時，有殺手近距離向麥克和瑪麗各開了一槍，麥克沒有生命危險，但瑪麗中槍身亡。麥克抱著瑪麗失聲痛哭。他一直在儘自己最大的努力保護家人，卻連自己的女兒都沒能保護好。
電影的最後一幕是：在一個空蕩蕩的院子裡，麥克坐在那裡，回憶往事，然後撒手人寰，身旁只有一隻小狗陪伴。和他以往的叱吒風雲相比，顯得無比悽涼。但是，他終於與自己和解了，也與世界和解了。
麥克曾說：我一輩子力爭上遊，朝合法正直的目標走，然而越高處越詭詐，奸猾狡詐何時休？千百年來人類互相廝殺，爭權奪利，爭名位，為家族爭鬥，為了免於淪為富貴者的奴僕。
其實，普通人又何嘗不是如此呢？努力一輩子，也只是為了免於淪為奴僕罷了。