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「花式」微生物群落堆疊圖,你見過幾種?
事實上，堆疊圖在微生物群落研究中不僅出現於上文提到的物種組成分析中，還出現於β多樣性以及群落功能分析中。在形態上，也不僅是柱狀堆疊的形式，有時它也會以面積堆疊的形式出現。堆疊圖的坐標軸也並非固定不變的100%，有時也能以特定範圍進行呈現。提到群落研究中的堆疊圖，大家總是能想到它在物種組成分析中的應用。
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「花式」微生物群落堆疊圖，你見過幾種？
堆疊圖簡介在各類微生物群落研究文章中，堆疊圖可以說是一個圖形「常青樹」，頻繁出現在文章結果展示部分的開頭位置。堆疊圖之所以能在文章中擁有這麼高的曝光度，原因在於堆疊圖非常直觀、簡潔地展示樣本的群落物種組成組成信息。
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Review:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
微生物群包括細菌、古菌、原生動物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代謝和激素等方面非常重要。近義詞Microbiome微生物組即包括微生物，又包括其基因組。廣義來説其包括環境基因組、生態基因組學和群體基因組學。傳統的微生物學和微生物基因測序依賴於單克隆的培養，早期環境基因測序克隆16s rRNA基因等特定基因來確定自然樣品中的生物多樣性。此方法將會漏掉大量末被培養的微生物多樣性。最近研究採用鳥槍法或PCR直接測序方法來獲得樣品群體中所有成員無偏好的基因。
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COM：根系微生物組研究中的合成群落還原法
這些研究的作者在受控條件下和在天然土壤中生長擬南芥植物，以避免風，雨和溫度的差異，同時允許植物從天然土壤微生物群落中組裝根微生物組（圖1a，b）。通過大量的生物學和技術重複，兩項研究得出的結論是：與土體土壤的微生物組相比，擬南芥植物具有獨特的根系微生物組。
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Microbiome: 微生物組的定義重新審視：舊概念和新挑戰
噬菌體、病毒、質粒、朊病毒、類病毒和游離DNA通常不被認為是活微生物，它們不屬於微生物群。但是他們屬於微生物組。微生物組這個術語有時也會與宏基因組混淆。然而宏基因組被明確定義為來自微生物成員的基因組和基因的集合。
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Microbiome:微生物組的定義重新審視:舊概念和新挑戰
明確區分了微生物組（microbiome）和微生物群（microbiota）的術語，並提供了一個全面的討論，考慮微生物群的組成，微生物群的異質性和時間和空間動態，微生物網絡的穩定性和彈性，核心微生物群的定義，以及功能相關的關鍵物種。
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Nature:人類微生物組計劃揭示機體微生物群落之間的關聯及動力學特性
Schloss表示，理解微生物群體的多樣性以及單一類型細菌「變型」的機制將幫助我們更好的利用這些微生物群體來估測人類疾病發生的風險以及開發新型個體化療法。研究者表示，基於個體口腔的細菌群落數據就可以預測該個體胃腸道中的細菌群落類型，而且在機體兩個不同位置的細菌類型也完全不同。科學家們開展人類微生物組計劃就是理解人類機體微生物群落的改變和健康改變之間的關聯。
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Nature綜述:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Microbiota 微生物群微生物群是指研究動植物體上共生或病理的微生物生態群體。微生物群包括細菌、古菌、原生動物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代謝和激素等方面非常重要。近義詞Microbiome微生物組既包括微生物，又包括其基因組。
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宏基因組測序和16S rDNA測序有啥區別?
編者按 16S rDNA測序及宏基因組測序都是微生物研究和應用的重要方法，那麼問題來了：兩者到底有什麼區別呢？什麼情況下需要做16S測序？什麼情況下需要做宏基因組測序？什麼情況下需要二者結合使用呢？那麼在開始宏基因組測序專題前，小編需要給大家解決一個非常重要的問題——16S測序和宏基因組測序的主要區別是什麼？
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JoVE微生物組專刊徵稿,寫方法拍視頻教程發SCI(宏基因組公眾號專屬福利)
多年生草的土壤、根際和根系微生物群落的分離與分析Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experimentshttps://www.jove.com/embed/player?
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南土所褚海燕組綜述微生物組學的技術和方法及其應用
宏轉錄組則興起於宏基因組之後, 它以特定環境中的全部RNA為研究對象, 探究全部基因組的轉錄水平, Leininger等(2006)首次使用454焦磷酸測序技術對複雜微生物群落進行宏轉錄組研究。3 微生物組學技術在生態學研究中的應用及存在問題3.1 微生物組學技術在生態學研究中的應用3.1.1微生物組學技術在微生物群落研究中的應用微生物組學技術被廣泛應用於揭示複雜環境中的微生物群落(包括多樣性和群落組成)及其與周圍環境或宿主之間的關係, 其研究對象涵蓋土壤(Tedersoo et al., 2014; Thompson et al., 2017)、海洋(Sogin et
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Science Bulletin:根際微生物群落「擴增-選擇」組裝新模型
在自然界中，植物根系與許多的微生物相互作用，共同生活。這些微生物定殖在根際土中，或附著於根系表面，或定殖於根內，統稱為植物根際微生物組。植物根際微生物對於植物的生長發育和環境適應具有重要作用。研究人員基於傳統的微生物相對豐度數據，提出了根際微生物群落的兩步或多步篩選組裝模型，該模型認為：微生物依次在根外土、根際土和根內逐步被篩選，形成植物根際特異的微生物群落。其中變形菌門（Proteobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）和放線菌門（Actinobacteria）是根際富集的主要菌群，而酸酐菌門（Acidobacteria）是根際排斥的主要菌群。
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Microbime：微生物組學領域的標準制定
在這項研究中，作者開發了DNA參考試劑用於下遊分析的標準化，他們創建了兩個DNA模擬菌群（即DNA參考試劑），分別為Gut-Mix-RR和Gut-HiLo-RR，由20種常見腸道微生物均勻交錯組成（表1），包括5個門、13個科、16個屬和19個種的菌株，以允許測試不同分類標準下檢測流程的性能。參考試劑的一個關鍵成分是報告系統（可重複報告檢測結果），研究者設置了內部報告系統來評估下遊微生物組學分析。
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9文聚焦：宏基因組學與微生物組分析方法和工具
（綜述）Annual Review of Microbiology——[11]① 鳥槍法宏基因組測序改變了我們檢測和表徵複雜微生物群落多樣性和功能的能力；② 本文介紹了宏基因組學的優點及使用當前可用分析工具所能得出的結論，例如種株解析度的物種和功能組成
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從宏基因組數據中挖掘、分析和整合病毒信號
今天分享的生物信息分享工具，VirMiner，一款網頁伺服器，用於宏基因組數據的分析，挖掘、分析和整合病毒信號。一、背景病毒是微生物群落的重要組成部分，有助於其穩態和進化。人體腸道菌群中的病毒群落以噬菌體為主。
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利用深度變體自動編碼器改進宏基因組的組裝
利用深度變體自動編碼器改進宏基因組的組裝 作者：小柯機器人 發布時間：2021/1/5 16:19:03 丹麥哥本哈根大學Simon Rasmussen課題組的最新研究利用深度變體自動編碼器改進了宏基因組的組裝。
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宏基因組02. HUMAnN2 --宏基因組代謝通路分析
本系列課程前情回顧宏基因組分析00. 概述和分析環境的部署宏基因組分析01.
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基於「三+二」宏基因組測序的抗性基因和可移動元件的精確研究
在此，我們展示了一套宏基因組混合組裝流程：OPERA-MS，它結合了宏基因組集群與重複感知聚類，可準確組裝複雜的細菌群落。2、宏基因組組裝：分別使用組裝流程OPERA-MS（圖1）和其他組裝器進行宏基因組組裝，並對組裝集進行質量評估。3、人工構建GIS20腸道微生物群落及其測序：將20種已知的細菌菌株的DNA混合在一起，菌株DNA的豐度為0.1%到30%，再進行三代測序。比較不同工具對該數據的組裝效果。
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資源分享 | 微生物組分析必備書籍《Microbiome Analysis》
，從線蟲的內臟到鯨魚的屍體，我們都可以發現微生物的蹤跡。迄今為止，微生物多樣性的主要載體是16S rRNA基因，這一直微生物研究的重點手段之一。但是在獲取微生物群落的分類組成的同時，16S rRNA基因測序在揭示功能多樣性的能力上是有限的，需要別的方法來彌補這個缺陷。DNA測序雖然被認為是微生物群落分析的基礎，但是，其他考慮mRNA轉錄本、蛋白質產物或代謝物水平的「元組」方法可以揭示更多關於特定棲息地微生物活動的信息。
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微生物組 | 合成的異養微生物群落和光養微生物群落共促可持續生長
2020年7月30日Karsten Zengler團隊在Nature Communications發表了題為「Synthetic microbial communities of heterotrophs and phototrophs facilitate sustainable growth」的文章，合成的異養微生物群落和光養微生物群落促進可持續生長