冷凍電鏡助力施一公發表諾獎級別研究成果

2020-12-07 儀器信息網

  8月21日,清華大學生命科學學院施一公教授研究組在《科學》周刊(Science)同時在線發表了兩篇背靠背研究長文,題目分別為「3.6埃的酵母剪接體結構」(Structure of a Yeast Spliceosome at 3.6 Angstrom Resolution)和「前體信使RNA剪接的結構基礎」(Structural Basis of Pre-mRNA Splicing)。

  第一篇文章報導了通過單顆粒冷凍電子顯微技術(冷凍電鏡)解析的酵母剪接體近原子解析度的三維結構,第二篇文章在此結構的基礎上進行了詳細分析,闡述了剪接體對前體信使RNA執行剪接的基本工作機理。清華大學生命學院閆創業博士、醫學院博士研究生杭婧和萬蕊雪為兩篇文章的共同第一作者。

  這一研究成果具有極為重大的意義。自1993年RNA剪接的發現以來,科學家們一直在步履維艱地探索其中的分子奧秘,期待早日揭示這個複雜過程的分子機理。施一公院士研究組對剪接體近原子解析度結構的解析,不僅初步解答了這一基礎生命科學領域長期以來備受關注的核心問題,又為進一步揭示與剪接體相關疾病的發病機理提供了結構基礎和理論指導。

  清華大學將於近期召開新聞發布會,介紹這項重大的科研成果。

  另據《賽先生》對施一公的一篇專訪介紹,「這項研究成果的意義很可能超過了我過去25年科研生涯中所有研究成果的總和!」施一公振奮地表示:「我此前以通訊作者身份在《科學》、《自然》和《細胞》上發表的文章總共接近50篇,但我覺得這次的意義特別重大!」

  6月24日,Nagai研究組的一篇論文於《自然》網站在線發表,其工作將剪接體所涉及的一個中心複合物tri-snRNP的解析度提高到了5.9個埃米,一度引起轟動。而此前人類對基因剪接體的認識精度只有29個埃米。1埃米為10-10米,即把1米分成十億份,其之微小可以想見,因此Nagai的最新工作被稱為近原子尺度的結構研究。

  而施一公團隊此次得到的結果不僅將精度由5.9個埃米提高到了3.6個埃米,而且其解析對象是真正的剪接體,而不是Nagai團隊所取得的參與剪接體組裝過程的複合物,從而第一次在近原子解析度上看到了剪接體的細節。

  對於施一公團隊的最新成果,很多同行給出了非常高的評價:將受諾獎考慮。

  一直以來,研究蛋白質結構有三種主要方法:X射線晶體衍射、核磁共振以及單顆粒冷凍電子顯微鏡(冷凍電鏡)。而施一公所採用的冷凍電鏡技術在過去兩年裡取得了革命性的進展,一方面是它的照相機技術,一方面是其軟體分析的圖像處理技術,尤其是前者的進步大幅提高了冷凍電鏡的解析能力。

  施一公說:「如果沒有冷凍電鏡技術,就完全不可能得到剪接體近原子水平的解析度。」

  尤為幸運的是,早在冷凍電鏡技術還遠未成勢的2007年,清華大學就在上述三種方法中選擇了重點發展冷凍電鏡技術,如今清華擁有世界最大的冷凍電鏡系統。施一公把他和同事們當年卓有遠見的選擇歸於「幸運」,他說「如果沒有冷凍電鏡肯定做不到今天的結果,而當年確實沒想到冷凍電鏡會出現飛躍性的進展。」

  「幸運」遠不止是當年選對了技術。除了儀器的進步,在施一公看來,他們能領先競爭對手的主要原因是擁有極為成熟的樣品處理方法。「也就是說如何讓蛋白質服服帖帖、性質穩定,成為適合結構解析的樣品」,他半開玩笑地說「這是我們的獨門絕招,這個絕招即便寫出來,別人不在我的實驗室做上一兩年也很難理解或吃透,因為這是師傅帶徒弟一點點積累起來的。」

  除了靠譜的儀器、技術和學生,施一公說,「膽量」給了他們最大的驚喜。「本來我們的樣品不是最理想的狀態,學生有點不敢試,我說不妨上一下試試,最多就是不成功,只要有15埃的解析度就很好了,結果算出來竟然有3.6埃。我們在今年整個4月份裡做計算,那一個月突破連連、都跟做夢似的!」

相關焦點

  • 施一公回應「諾獎級」研究:不為獎做課題
    原標題:施一公回應「諾獎級」研究:不為獎做課題    清華大學23日舉行施一公研究團隊「剪接體的三維結構、RNA(核糖核酸)剪接的分子基礎」成果發布會。有學者認為,施一公團隊的這一科研成果,將得到諾貝爾獎委員會的認真考慮。   發表兩篇「裡程碑式」論文   8月21日,施一公作為通訊作者,清華大學生命學院博士後閆創業、醫學院博士研究生杭婧和萬蕊雪,作為共同第一作者,在國際頂級期刊《科學》上同時發表兩篇「背靠背」論文。
  • 漲知識丨冷凍電鏡是什麼?為什麼能夠斬獲今年諾貝爾化學獎?
    冷凍電鏡(Cryo-EM)能斬獲諾貝爾獎在業內並不算意外。只不過,2017年度諾貝爾化學獎公布之後,有評論稱再次聯想到這一獎項的俗名「諾貝爾理綜獎」,獎項背後的獲得者均有生物物理學背景,影響最大的領域目前則在生物學。
  • 西湖大學最新成果登上Science封面,校長施一公卻再次陷入爭議?
    西湖大學最新成果登上Science封面近日,西湖大學周強團隊的最新研究成果論文登上了Science封面。據了解,該論文主要是利用冷凍電鏡技術,解析新冠病毒受體ACE2的全長結構。而ACE2全長結構的解析,對於後續疫苗和抗病毒藥物的研發,將會提供重要的結構生物學數據支撐。
  • 冷凍電鏡+清華大學=7篇Cell、Nature、Science
    近兩年,小編發現,除了「魔剪」CRISPR,冷凍電鏡也是這些期刊的「常客」。中國科學家在這一領域取得的成果是有目共睹的,而清華大學無疑是這一領域的「領軍者」之一。「冷凍電鏡+清華大學=CNS」這個公式雖有點誇張,但也不是毫無根據。
  • 冷凍電鏡牛X在哪裡?5位科學家說:它徹底「消滅」了結構生物學
    我們很有可能在近期內獲得原子級別解析度下的生命複雜機械的詳細圖像。因為冷凍電子顯微鏡技術的出現,我們能看到的微觀世界從圖片左側的樣子,變成了右側這樣。目前冷凍電鏡技術逐漸成熟,未來的發展將包括數據計算的算法等一系列更加友好界面軟體的開發等等(以前主要是硬體的發展)。通過冷凍電鏡,可以對以前不了解的重要的蛋白質複合物進行研究,可以看到某些蛋白質具有怎樣的生物學功能。這方面的研究將來還是很發展前景的。
  • 原子尺度上的追逐|專訪王宏偉:如何搶佔全球冷凍電鏡先機
    國家蛋白質科學研究(北京)設施正式啟動之後,王宏偉開始負責冷凍電鏡儀器設備的採購、調試、安裝,以及同時進行招兵買馬。2016年,其接替施一公擔任清華大學生命科學學院院長。王宏偉曾獲2018年「談家楨生命科學創新獎」、2019年首屆「科學探索獎」。
  • 今年,清華大學已在CNS上發表17篇論文,「冷凍電鏡」立大功,牛!
    現在,冷凍電鏡逐漸被大家熟知,在國內有不少高校引進了整套冷凍電鏡系統(據透露,最近上海科技大學引進了5臺冷凍電鏡),尤其以清華大學在冷凍電鏡領域走在了全球的最前沿。在2019年(截至2019年12月2日),清華大學以冷凍電鏡為技術,共發表了17篇Cell,Nature 及Science文章:顏寧4篇(共5篇,其中的一篇文章的通訊單位西湖大學),施一公3篇,柴繼傑3篇,李雪明2篇,周強1篇,楊茂君1篇等。
  • 浙大教授解讀諾貝爾化學獎 通過冷凍電鏡解析生命奧秘
    2017諾獎化學獎獲獎科學家 北京時間10月4日下午17時45分,諾貝爾化學獎評委會在斯德哥爾摩的瑞典皇家科學院公布,瑞士洛桑大學的雅克·杜波切特(Jacques Dubochet)、美國哥倫比亞大學的阿希姆
  • 大事記:冷凍電鏡的發展歷程-結構生物學研究利器
    有人調侃說一幫物理學家獲得了諾貝爾化學獎,窺探了生物世界,這不應該被稱為諾貝爾理綜獎嗎? 冷凍電子顯微鏡究竟是一個怎樣的存在呢?居然可以做到跨天地人三界(大誤,劃掉),成為跨物理、化學和生物三界的明星?今天小編就和大家聊聊這個跨界明星的故事,它是如何打開人類的眼界,使人們進入生物體內的微觀世界中,向我們展示了高清的生命細節。
  • 冷凍電鏡技術如何革新生物學
    我們課題組與哈爾濱工業大學生命科學學院黃志偉教授課題組合作,通過冷凍電鏡技術揭示了AcrF9、AcrF8和AcrF6對Csy複合物的抑制機制。相關研究成果於2020年3月31日發表在《美國科學院院刊》(PNAS)上。
  • Megabodies助力單粒子冷凍電鏡揭示蛋白質結構
    Megabodies助力單粒子冷凍電鏡揭示蛋白質結構 作者:小柯機器人 發布時間:2021/1/7 14:42:23 比利時 VIB-VUB結構生物學中心Jan Steyaert和英國劍橋大學MRC分子生物學實驗室A.
  • 冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構
    原標題:冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構   據物理學家組織網30日報導,英國科學家利用2017年諾貝爾化學獎重要成果——冷凍電鏡技術,攻克了與基因表達有關的一種重要蛋白的結構難題。
  • 被Nature翻牌的bioRxiv——冷凍電鏡發展到原子級別解析度水平
    撰文 | 雪月載鐵蛋白的冷凍電鏡圖。來源:Paul Emsley / MRC分子生物學實驗室「它打開了一個全新的宇宙」:顯微成像技術首次看到了單個原子!Nature 新聞報導了2020年5月22日同時發表在預印本平臺bioRxiv上的兩篇關於冷凍電鏡裡程碑式的突破,將解析度提高到單個原子水平。這一突破鞏固了cryo-EM在繪製蛋白質結構圖譜中的主導工具地位。
  • 施一公等報導釀酒酵母剪接體處於完成RNA剪接後構象的高解析度電鏡...
    RNA 剪接是真核生物基因表達調控的重要環節之一,負責執行這一過程的是細胞核內一個巨大且高度動態變化的分子機器——剪接體(spliceosome)。從1977年首次發現RNA剪接至本世紀初,科學家們通過免疫沉澱、基因敲除、交聯質譜、建立體外剪接反應系統等研究手段,初步建立起剪接體的組裝與解聚的發生過程,以及蛋白與蛋白、蛋白與核酸之間的相互作用、相互調控等複雜的RNA剪接調控網絡。
  • 冷凍電鏡單顆粒技術的發展、現狀與未來
    因此,冷凍電鏡的方法技術在很長時間內只能確定個頭比較大的樣品的結構,比如病毒顆粒的結構,而且通常解析度都不高。然而隨著工程技術和算法的不斷發展,能夠確定的解析度也越來越高(圖1(a)),2016 年發布的穀氨酸脫氫酶結構的解析度甚至已經達到了1.8 ?。與此同時,也有越來越多的通過冷凍電鏡技術得到的研究成果發表在高水平的期刊上(圖1(b)),冷凍電鏡正備受科學界的關注。
  • 冷凍電鏡發展的成功,振奮人心
    圖為 冷凍電鏡後的細胞正如諾貝爾獎所得,冷凍電鏡技術「使得生物化學進入一個新時代」,為這一詞語,許多人可能並不知道這其中的原理,這是一種解析生物分子結構的「神器」,例如科學家施一公和顏寧等人,用這種技術取得了很多成果。
  • Nature、Science和Cell三大期刊低溫電鏡解析蛋白結構重大研究
    X射線晶體衍射的研究成果遠遠落後於LMB的Venki Ramakrishnan實驗室,Venki獲得了2009年的諾獎。Venki表示,對於大分子來說,低溫電子顯微鏡遠比X射線晶體衍射要實用。這幾年,低溫電子顯微鏡的相關文章有很多:2015年一年,這個技術就用於100多個分子的結構研究。
  • 中國科技實力世界第二,為啥諾獎這麼少?下一次高光時刻在何時?
    我們統計了2011 至 2020 年這十年間所有的自然科學類諾獎,找到了每一位得獎者發表的原始論文,根據諾獎的介紹頁面這位科學家就是因這篇論文的成就而獲獎。然後,我們計算了這位科學家從發表論文到他獲獎的間隔時間,以年為單位。