新技術！「ZipSeq」可用於單細胞轉錄體實時定位
2020-07-08 科學網作者丨小柯
美國加州大學舊金山分校Matthew F. Krummel課題組發展了一種利用光控空間編碼進行實時單細胞空間轉錄組學研究的技術，稱為ZipSeq。
這一研究成果於2020年7月6日發表在《自然—方法學》上。
課題組人員開發了名為「ZipSeq」的方法，通過特定模式照明和光籠寡核苷酸將DNA編碼（『zipcodes') 標記到完整組織的活細胞上，為後續單細胞組學數據記錄細胞位置信息，具有實時和動態選擇模式的特點。
研究人員還利用ZipSeq對三個生物體系（體外傷口癒合、活淋巴結組織切片和活腫瘤微環境）的基因表達模式進行了映射。
在所有體系下，研究人員都發現了與組織結構相關聯的新的基因表達新模式。
在腫瘤微環境中，基因表達模式表明了骨髓和T細胞由外圍向內的分化軌跡。
ZipSeq的組合變體可以有效地縮放所定義區域的數量，從而為實時或微擾之後活組織基因表達模式的完整繪製提供了途徑。
據介紹，空間轉錄組學技術需要同時獲取單細胞轉錄組數據及其在多細胞生物中的三維空間位置信息。
然而在活組織水平，將細胞位置與其單細胞轉錄組信息進行關聯的現有方法仍存在多種限制。
相關論文：
https://www.nature.com/articles/s41592-020-0880-2
小柯報導：
http://news.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/7/20207715394738057431.shtm
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