當我們拿到一個基因的時候,需要深入了解一下它的功能、定位、調節機制等等,但是即便是最為全面的Genecards網站,也不能覆蓋到方方面面,這就需要我們綜合多個網站的結果進行了解。
今天給大家再推薦兩個網站,幫助大家更好的了解一個基因。
1、CHAT(Cancer Hallmarks Analytics Tool)
網址是:https://chat.lionproject.net/
在過往的文章中,我們曾介紹過這個網站,不過上次的主題是幫助大家寫開題綜述時。這次的主要作用是通過這個網站來了解這個基因的主要功能及現在的研究方向在哪。
我們以HK2基因為例,輸入後提交,可以看到HK2在腫瘤研究中主要有哪些功能,哪些功能的研究佔了主要方面,比如在現有研究中,HK2與腫瘤細胞的侵襲轉移關係比較密切。不過,HK2是基因縮寫,要考慮到是否有其他基因或者檢索詞的縮寫是HK2,可以通過圖片下方Show matches for HK2進行查看,如果有的話,就要用全稱或者加限定用以區分。
圖片類型可以根據需求進行多種更改,柱狀圖、餅圖、環圖等,各項功能所佔比例也可以通過Get chart data for HK2,得到具體數值。
2、Genehopper
網址:http://genehopper.ifis.cs.tu-bs.de/
該網站是由德國布倫瑞克工業大學開發,頁面友好簡潔,旨在多維度了解一個基因,功能不多,但是是對其他網站搜索結果的一個很好的補充。
同樣以HK2為例,我們可以看到兩個搜索結果,其中第一個為HK2的假基因,第二個為我們想要找的HK2。基因下方的不同色塊,可以直接連結到相應的資料庫,便於進一步了解該基因的功能和機制,這方面與Genecards比較類似。
點擊進去之後,我們可以看到HK2的基本信息,以及在Mouse和Rat中,該基因的具體信息和基因號,我們繼續往下拉動網頁。
這就到了最為有用的方面了,左側的圖片是該基因在不同組織中的表達比較,表達水平顯示的非常直觀,同時會在柱狀圖的頂端用Low\Medium\High來表示表達程度,右側則是該基因在不同細胞系中的表達情況,根據這個圖方便你選擇合適的細胞系進行體外實驗研究。
還有腦各組織間的表達圖。
頁面最下方則是給出了包含不同轉錄本的文獻,方便直接尋找各剪接體或者可變剪接的研究現狀。
同時網站還給出了相似基因的檢索,根據各指標的相似度進行排序,將結構、功能等方面與HK2相似的基因羅列出來,並對每一指標給出具體的數值。圖中的數據可以下載編輯,方便對該基因有一個多維度的了解。
相信通過這兩個網站的補充,能夠讓你迅速全面的了解一個基因,讓你的課題能夠順利進行。希望今天的分享對你有用。
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