miRWalk 3.0 一個神奇的網站，海德堡榮譽出品，簡單實用。
網址：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
主頁分三部分，第一部分是說明區，關於版本和更新的說明；第二部分是基因預測，包括物種選擇，基因的miRNA預測和miRNA的靶基因預測；第三部分是高級功能分析，包括miRNA調控基因的預測以及涉及的通路分析。
說明區就不做介紹，從靶基因預測開始，逐一簡單介紹下每部分的使用。
miRWalk包括人、小鼠、大鼠、狗、牛、魚6個物種；基因支持基因名稱（GAS2），Ensembl ID（ESNG 或ESNT），Entrez ID（10608），以及RefseqID(NM_ ); miRNA支持miRNA名稱（hsa-miR-）和Accession number（MIMAT）。
以human為例。如果想預測gene GAS2的miRNA，只需要在gene檢索框中輸入GAS2，然後點search即可。
結果不用過度解讀，因為這都是預測，只有做出來才具有實用性。需要指出的是miRWalk支持3'UTR,5'UTR以及CDS區預測，也就是mRNA 3『端，5』端以及編碼區的預測。其中最常用的是3『UTR，可依此做簡單篩選。其次結合係數越大，結合評分越高，結合能量負值越低，配對鹼基越多，多資料庫均有預測，驗證的可能性就相對大，但不是絕對。此外使用EXPORT可以將預測結果導出，一般是CSV格式，可以另存為XSL以備後用。
這裡重點提及的一點是，對於外顯子環化的環狀RNA，使用miRWalk進行CDS預測是非常實用的。需要注意的是需要提前了解環化的外顯子序列及在基因中的定位，需要使預測區域與外顯子區域重合。
同樣以hsa-miR-214-3p為例，在miRNA中輸入並檢索，需要注意的是不能同時預測gene和miRNA 也就是說這兩個檢索框只能輸入其中一個。
解析同gene的預測。
對於第三部分，界面和方式基本一致，操作也沒有特殊區別
這部分的優化就是支持多個miRNA或gene的同時預測，但是需要輸入的標準化，否則結果統計部分會不顯示全部內容，只有識別部分才能進行下一步預測。如圖，輸入3個識別2個。需要注意的是，gene 的預測部分只支持500個，並且預測的miRNA或gene越多，等待時間越長。
預測結果同樣可以導出，並且還有最實用的GSEA功能。這部分是常用的GO和pathway通路分析的優化，可以選擇geneset進行分別導出。
對於少量基因結果可能沒有通路預測結果，但是多個基因的話，非常實用。並且預測結果中還包括的納入每一個通路的gene名稱，簡直是篩選課題，預測結果的必備工具。
寫在最後，預測只是輔助工具，如何取捨沒有太苛刻的標準，最好是廣篩選，多驗證，畢竟做出來的才是真實的東西。