非編碼RNA研究園地 | 一種大環肽與腫瘤發生的自然通訊

2020-11-07 非編碼RNA研究園地

論文：An oncopeptide regulatesm 6 A recognition by the m 6 Areader IGF2BP1 and tumorigenesis | Nature Communications（一種大環肽調節m6A讀取器IGF2BP 1對m6A的識別與腫瘤發生的自然通訊）


摘要

N6-甲基腺苷m6A是真核細胞RNA中最普遍的修飾。m6A的生物學重要性m6A依賴m6A一個控制mRNA命運和功能的讀者。然而，仍未探討m6A的額外監管亞基是否存在。

一位讀者參與了m6A。m6A對RNA的認識。在這裡我們發現長的非編碼RNA(IncRNA)LINC 00266-1編碼71個胺基酸肽.該肽主要與rna結合蛋白(包括m6A)相互作用。

m6A一個閱讀器IGF2BP1，因此被命名為「RNA結合調節肽」(RBRP)。RBRP與IGF2BP1結合增強m6AIGF2BP1對RNA的識別作用，如C-MycMRNA，以增加mRNA的穩定性和表達C-Myc從而促進腫瘤發生。

RBRP癌症患者預後不好。因此，大環肽RBRP編碼LINC 00266-1是m的一個調節亞基。m6A一個讀者和加強m6A對靶RNA的識別m6A發揮其致癌作用的讀者。

具有編碼潛力的incRNAs的鑑定

具有編碼潛力的incRNA必須與核糖體結合。分別對CRC SW 480細胞和相應轉移的SW 620細胞進行核糖體結合RNA序列測定。本研究對已鑑定的INcRNAs進行了研究。

在SW 480和SW 620細胞之間鑑定了384個差異表達的核糖體結合的≥1.2(補充數據)。利用NCBI工具的ORF Finder程序進一步分析了這384個核糖體結合的INcRNA的編碼潛力。

我們發現了55個在SW 480和SW 620細胞間差異表達的具有編碼潛力的incRNAs(補充數據)。


10種具有編碼潛力的INcRNAs的預測肽/蛋白質編碼ORF，即LINC 00263, KTN1-AS1, ZNF 205-AS1, LOC 100126784, LINC 00266-1, LINC 00115, LOC 286467(第一次), FLJ 20021, LOC 728752，和LOC 284581，分別與起始密碼子突變的N端融合。

綠色螢光蛋白矢量(GFPmut)只有印度RNA的ORFLINC 00266-1和FLJ 20021能夠被翻譯；另外8個incRNAs沒有編碼潛力。印度RNALINC 00266-1在這裡進行了進一步的調查FLJ 20021將在其他研究中進行調查。

Rbrp肽是天然的、內源性表達的

我們用抗RBRP抗體檢測細胞內的RBRP肽，以驗證天然的內源性RBRP肽在細胞和組織中的存在和表達。我們研製的抗RBRP抗體專門檢測到天然產生的RBRP肽。

天然的內源性RBRP肽在結直腸、乳腺、卵巢和鼻咽癌細胞中得到證實。此外，還證實RBRP肽是在5對匹配的新鮮CRC組織及其相應的鄰近非腫瘤結直腸組織中自然產生的。

最後，用MS分析鑑定了天然、內源性RBRP肽中的三個獨特肽片段。進一步表明腫瘤組織中存在天然的內源性RBRP肽。總之，RBRP是自然的，內源性的，廣泛地表達在各種細胞和組織中。

促進腫瘤發生

我們使用慢病毒來表達LINC 00266-1短髮夾RNA(ShRNA)，它的目標是3『-UTRLINC 00266-1ORF，穩定地擊倒LINC 00266-1表情。構建了rc細胞株hct-116和SW 480，並對其進行了穩定的基因敲除。LINC 00266-1。

在這些細胞中，我們恢復了ORF，5『U，或MT的表達，使其對shRNAs產生抗藥性。LINC 00266-1(無花果)3A)。擊倒LINC 00266-1導致細胞生長、集落形成、遷移和侵襲明顯減少，而這些變化在ORF表達後恢復到對照水平，但沒有。

LINC 00266-1Mt表達式(圖1.3B-d)，表明RBRP肽，而不是incRNALINC 00266-1它本身促進了腫瘤的發生。

RBRP與RNA m相互作用6IGF_2BP_1閱讀器

RBRP是一種沒有特徵的多肽，缺乏物種保護，與其他蛋白質和結構域/基序缺乏同源性。我們用MS鑑定了與RBRP相互作用的蛋白質，以闡明RBRP促進腫瘤發生的機制。

107個潛在的與RBRP相互作用的行為體在此通過細胞間分析被鑑定出來。基因注釋分析表明，這107個蛋白質中有76個屬於RNA結合蛋白.因此，我們稱之為LINC 00266-1-編碼肽RBRP。

Rna結合蛋白rna m6a讀取器IGF2bp1特別有趣，因為IGF2bp1的蛋白質評分在已鑑定的rbp相互作用體rna m中排在前5位。一種修飾在癌症的特徵中起著重要的作用，IGF2BP1調節一個重要的癌基因c-myc的水平和腫瘤的發生。

與RBRP在腫瘤發生中的致癌作用相一致。因此，我們選擇IGF2BP1作為進一步研究的對象。我們進一步證實，IGF2BP1存在於RBRP共沉澱(共IPED)複合物中，RBRP存在於IGF2BP1共IPED複合物中，表明RBRP與IGF2BP1結合。

考慮到IGF2BP1與m結合6我們進一步研究了rbp與IGF2BP1的相互作用是否依賴於RNA。我們發現在RNase A存在下，RBRP仍與IGF2BP1相互作用。表明RBRP與IGF2BP1的結合是不依賴RNA的。

討論

總之，以前注釋過的INcRNA，LINC 00266-1，實際上編碼一種未被識別的肽RBRP，它在腫瘤發生中顯示出致癌作用；這一發現突出了靶向RBRP在癌症中的治療潛力。

RBRP大肽，作為m的一個額外的調節亞基6一個讀者，增強m6對RNAs的認識，如C-MycMRNA，由m6閱讀器IGF_2BP_1增加C-MycMRNA的穩定性和表達。我們的研究揭示了incRNA及其編碼肽與m之間的聯繫。6RNA通路。

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