miRNA靶基因預測軟體__miRWalk 3.0

2021-01-14 上海天昊生物
是一款集靶基因預測、miRNA與基因互作、靶基因富集的綜合性分析工具，當前被文獻引用超過96篇，網址：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
miRWalk 3.0 新特性：
1、包括了TargetScan和miRDB這兩個靶基因預測資料庫的結果
2、包括了miRTarBase實驗驗證的資料庫
3、採用TarPmiR算法預測基因的CDS，5'UTR和3'UTR和miRNA的靶基因
4、相對miRWalk 2.0，結果會更準確，界面操作也更加簡單方便


Sticht C, De La Torre C, Parveen A, Gretz N.: miRWalk: An online resource for prediction of microRNA binding sites. PLoS One. 2018 Oct 18;13(10):



選擇Target Mining，輸入mmu-miR-1306-5p、mmu-miR-378d，提交。




2.1 數據過濾


AU: 本地AU含量,反映了預測位點上遊和下遊30nt的轉錄AU含量。

Me: 表示 m/e motif，此功能與miRNA不同位置的配對概率有關。

未進行過濾，Graph可能會因為顯示基因太多而報錯。


2.2篩選經過驗證的靶基因


點擊Graph




僅用P值進行過濾，篩選到5087個靶基因，進行富集分析，結果如下圖所示：R-MMU-1250347_SHC1 events in ERBB4 signaling 結果預覽


往期相關連結：

1、R基礎篇

2、R進階

【繪圖進階】之六種帶中心點的PCA 圖和三維PCA圖繪製（四）；

【繪圖進階】之交互式可刪減分組和顯示樣品名的PCA 圖（三）；

【繪圖進階】之繪製PCA biplot圖(二)；

【進階篇繪圖】之帶P值的箱體圖、小提琴圖繪製（一）；

3、數據提交

3分鐘學會微生物多樣性雲平臺數據分析;

3分鐘學會CHIP-seq類實驗測序數據可視化 —IGV的使用手冊；

10分鐘搞定多樣性數據提交，最快半天內獲取登錄號，史上最全的多樣性原始數據提交教程；

20分鐘搞定GEO上傳，史上最簡單、最詳細的GEO數據上傳攻略；

4、表達譜分析

5、醫學數據分析


【本群將為大家提供】

分享生信分析方案

提供數據素材及分析軟體支持

定期開展生信分析線上講座

QQ號：1040471849

miRNA靶基因預測、富集分析？一個軟體，統統推倒

相關焦點

  • TargetScan:哺乳動物miRNA靶基因資料庫
    TargetScan是一個專門分析哺乳動物miRNA靶基因的軟體，並且根據已有的分析結果整理成了資料庫，網址如下http://www.targetscan.org/vert_72/根據不同的代表物種，分成以下幾個子資料庫TargetScanHumanTargetScanMouseTargetScanFlyTargetScanWorm
  • 預測神器miRwalk 2.0:從miRNA到mRNA
    大家可能都知道，miRwalk是是個交叉預測網站，既可以通過靶基因預測microRNA也可以通過microRNA預測靶基因。
  • miRWalk 3.0:一個神奇的網站,非編碼RNA研究神器
    miRWalk 3.0 一個神奇的網站，海德堡榮譽出品，簡單實用。
  • miRNA研究知識資源大總結!值得收藏!
    http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi四、miRNA靶基因預測1. 植物類miRNA靶基因預測植物miRNA靶向目標的位點要求匹配度比較高，所以植物miRNA的靶基因預測相對比較容易一些。
  • TargetScan: miRNA靶基因資料庫
    TargetScan是一款預測miRNA結合位點的軟體，對於哺乳動物中miRNA結合位點預測的效果非常好。在預測miRNA靶基因之前，首先需要確定轉錄本的3』UTR區域，TargetScan資料庫通過一種名為3P-seq的測序技術，確定轉錄本對應的3』UTR區（哺乳動物中的miRNA通過結合轉錄本序列的3』UTR區，從而發揮轉錄後調控作用），並且結合該技術的分析結果和NCBI中已有的3』UTR注釋，提供一個綜合的3』UTR區序列。
  • 靶基因預測分析已上線
    為此我們特地推出在線靶基因預測雲分析，幫老師排憂解難！（雲平臺地址：https://www.omicstudio.cn/analysis/target_gene/create?analysis_id=4）該工具選用認知度較高的動物靶標預測軟體（Targetscan和Miranda）及植物靶標預測軟體（PsRobot），提供我司靶標預測庫供老師選擇，僅需上傳需預測的miRNA序列（15-26nt）即可一鍵分析，方便快捷。當然，它還不止有這些功能，接下來由我簡單介紹下該工具。
  • 老闆給了我一個miRNA,我卻發了一篇SCI!
    首先，我預測了這個miRNA的靶基因，打開miRWalk 3.0:http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/在此表格中，bindingp即為score，position為miRNA結合區域，validated代表已有研究證實，TargetScan及miRDB是另外兩個預測網站，可以作為miRWalk3.0
  • 乾貨推薦 | Starbase,你的 miRNA 靶標預測必備神器
    1.miRNA-Target 該功能模塊主要是預測 miRNA 的靶基因。提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA 和 miRNA-sncRNA 五種的相互作用網絡。
  • R下載合併ENCORI miRNA靶基因數據
    assembly=hg19&geneType=lncRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="") download.file(link,file) Sys.sleep(
  • miRNA 靶向預測軟體之 targetscan
    序列），進一步根據熱力學穩定性篩選得到 miRNA 的靶。seed 序列配對主要考慮三種類型：7 mer-1a(miRNA 的第 2-7nt 與靶基因互補配對, 而且 UTR 上與 miRNA 1nt 互補配對的位置是 A）；7 mer-m8 (miRNA 2-8nt 與靶基因完全配對)；8 mer (miRNA 2-8nt 與靶基因完 全配對,而且 UTR 上與miRNA 1nt 互補配對的位置是  A)。
  • miRNA資料庫薈萃，研究miRNA的看過來
    目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的連結（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。整合多個靶標預測軟體的調控關係。最新版本發布時間：2010年11月。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。
  • 經典的miRNA靶標預測資料庫
    miRNA-Target預測miRNA的靶基因。其中mammal代表哺乳動物，CLIP Data可以調整支持CLIP-seq實驗的次數以控制預測的嚴格性，Program Number選擇實驗數目，Predicted Program可以選擇使用哪些預測軟體來進行預測：
  • 讓基因編輯脫靶無處躲藏
    不過，以前的方法或者依賴於計算機軟體預測，可靠性無人得知；或者依賴於高通量測序檢測DSB產生；還有體外檢測的方法，會引入大量噪音，導致檢測精確度大打折扣。例如：無法高靈敏性檢測到脫靶突變，尤其是單核苷酸突變。因此，關於CRISPR/Cas9及其衍生工具的真實脫靶率，學術界一直存在爭議。能否找到一種能夠突破之前限制的脫靶檢測技術？
  • 「GOTI」技術讓基因編輯脫靶無處隱藏
    該研究建立了一種被命名為GOTI（Genome-wide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection）的新型脫靶檢測技術，並使用該技術發現: 近年來興起的單鹼基編輯技術有可能導致大量無法預測的脫靶，因而存在嚴重的安全風險。
  • 轉錄因子的靶基因，看這一個資料庫就夠了
    對於轉錄因子而言，我們最想知道的信息就是其對應的靶基因。轉錄因子相關資料庫非常的多，有些資料庫直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些資料庫只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我們只能通過軟體預測在基因的啟動子序列上是否有對應的motif, 從而識別轉錄因子的靶基因。
  • 基因編輯如何擺脫「脫靶」困擾
    近日，華中農業大學棉花遺傳改良團隊一篇相關綜述，系統總結了當前的基因編輯工具、基因編輯產生的脫靶效應及類型、脫靶效應的機理、動植物的脫靶效應存在的問題；並總結了如何進行sgRNA設計、脫靶效應的評估和預測、避免和減輕脫靶效應的策略，及對預期基因組編輯結果的影響。該論文在線發表於國際綜合性期刊Advanced Science。
  • ...高彩霞課題組發現胞嘧啶鹼基編輯器引發意想不到的全基因組脫靶...
    2019年3月2日訊/生物谷BIOON/---在一項新的研究中，中國科學院的高彩霞（Caixia Gao）課題組通過對作為一種重要的作物物種的水稻進行全基因組測序對胞嘧啶鹼基編輯器（BE3和HF1-BE3）和腺嘌呤鹼基編輯器（ABE）產生的脫靶突變進行全面調查。他們發現胞嘧啶鹼基編輯器（BE3和HF1-BE3）誘導全基因組脫靶突變。
  • 茶樹組織培養過程中與莖外植體相變相關的miRNA及其靶基因
    在198個miRNA和8001個預測靶基因中，從外植體，初級愈傷組織以及再生的根和芽中篩選出178個差異表達的miRNA和4264個潛在靶標。驗證還確認了csn-miR167d / ERF3，csn-miR156 / SPB1，csn-miR166a-3p / ATHB15，csn-miR396 / AIP15A，csn-miR157d-5p / GST和csn-miR393c-3p / ATG18b的調節模塊在調節外植體組織培養過程中的相變中起重要作用。
  • miRNA如何沉默基因
    這種識別鹼基對的方法使得一個給定miRNA的靶基因比較廣泛。科學家們一直都很好奇，在靶mRNA數量上極大地超過miRNA的這種情況下，miRNA是如何能夠調節這些靶mRNA的。作為RISC的重要組成成分,Argonaute蛋白(Ago)當然在其間發揮了至關重要的作用。miRNA識別靶序列對Ago蛋白降解其同源目標的這個反應過程有直接的動力學影響。