TargetScan:哺乳動物miRNA靶基因資料庫

歡迎關注」生信修煉手冊」!

哺乳動物中的miRNA通過結合轉錄本序列的3』UTR區，從而發揮轉錄後調控作用。TargetScan是一個專門分析哺乳動物miRNA靶基因的軟體，並且根據已有的分析結果整理成了資料庫，網址如下

http://www.targetscan.org/vert_72/

根據不同的代表物種，分成以下幾個子資料庫

TargetScanHuman

TargetScanMouse

TargetScanFly

TargetScanWorm

TargetScanFish

在預測miRNA靶基因之前，首先需要確定轉錄本的3』UTR區域，該資料庫通過一種名為3P-seq的測序技術，確定轉錄本對應的3』UTR區，該技術原理示意如下

並且結合該技術的分析結果和NCBI中已有的3』UTR注釋，提供一個綜合的3』UTR區序列。

我們都知道miRNA在不同物種間具有保守性，通過預測不同物種的miRNA靶標位點，targetscan的開發團隊發現其結合位點也具有一定的保守性，可以劃分成以下幾類

進一步根據結合區域的特定和miRNA的多序列比對結果，劃分成不同的miRNA family, 通過以下連結可以查詢targetscan整理的miRNA family信息

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_72/mirna_families.cgi?db=vert_72&species=Human

根據序列在不同物種間的保守性，將miRNA  family劃分成以下4類

broadly conserved

conserved

poorly conserved

other mirbase annotations

以TargetScanHuman為例，檢索界面如下

在該資料庫中, 還包含其他物種的miRNA靶基因信息，比如mouse, 那麼在TargetScanHuman和TartgetScanMouse中查詢到的小鼠miRNA靶基因信息是否一致呢？

當然是不一致的，官方的說法是兩個資料庫中確定3』UTR區域的方式不同，對於TargetScanhuman中的human而言，直接用human的3』UTR區域，對於mouse而言，通過同源序列比對的方式確定其3』UTR區域，用human的3』UTR序列和mouse的轉錄本比對，比對上的區域則為mouse的3』UTR區。

對於搜索功能，有以下3種用法

1. 檢索基因

支持gene symbol和Emsembl id兩種格式，檢索結果示意如下

給出這個基因對應的多個轉錄本和對應的3』UTR區長度，點擊每個轉錄本ID可以查看該轉錄本上的miRNA結合位點。

2，檢索轉錄本

支持Emsembl transcript id, 檢索結果示意如下

首先用一張圖來總體描述該轉錄本上的miRNA結合位點，具體的結合區域信息以表格形式展示，如下所示

3.  檢索miRNA

根據miRNA  family的名字進行檢索，結果示意如下

除了在線檢索，官網也提供了下載功能，同時提供了數據和軟體，連結如下

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.vert72.cgi

通過TargetScan, 可以方便的檢索哺乳動物中的miRNA靶基因信息。

掃描關注微信號，更多精彩內容等著你！