TargetScan是一款預測miRNA結合位點的軟體，對於哺乳動物中miRNA結合位點預測的效果非常好。在預測miRNA靶基因之前，首先需要確定轉錄本的3』UTR區域，TargetScan資料庫通過一種名為3P-seq的測序技術，確定轉錄本對應的3』UTR區（哺乳動物中的miRNA通過結合轉錄本序列的3』UTR區，從而發揮轉錄後調控作用），並且結合該技術的分析結果和NCBI中已有的3』UTR注釋，提供一個綜合的3』UTR區序列。
miRNA在不同物種間具有保守性，通過預測不同物種的miRNA靶標位點，targetscan的開發團隊發現其結合位點也具有一定的保守性，可以劃分成以下幾類：
進一步根據結合區域的特定和miRNA的多序列比對結果，劃分成不同的miRNA family。
根據序列在不同物種間的保守性，將miRNA family劃分成Broadly、poorly、conserved。
可以看到，TargetScan主要的功能內容都在首頁，快來一探究竟吧：
首先是Search for predicted microRNA targets in mammals，搜索哺乳動物中預測的microRNA靶標 ，可提供的動物子連結專庫有：，
人 : TargetScanHuman
小鼠 ：TargetScanMouse
果蠅：TargetScanFly
線蟲：TargetScanWorm
斑馬魚 ：TargetScanFish
--輸入需要預測的基因名或者輸入ENST編號，將顯示預測該基因的所有miRNA位點。我們以Hmga2為例，輸入好之後，點擊Submit即可。
這裡是預測結果，有顏色的點是標註的預測靶點。TargetScan7使用3'-UTR配置文件。上面3'-UTR圖譜是使用3P-seq標籤（在y軸上標記了3'UTR的標籤數量）構建的，表明了mRNA切割和聚腺苷酸化位點的位置和用法。將來自多個細胞系或組織的3P-seq標籤相互標準化（以說明可變的測序深度），然後匯總到一組共有計數中。每個TargetScan 3'-UTR配置文件還顯示Gencode注釋（帶有Ensembl筆錄ID的藍色垂直線）最遠端的位置。每一個預測結果可以點擊（每個小顏色方塊），點擊後下方區域信息會更新。
底部顯示的是選中miRNA的靶點周圍的序列，左邊顯示的是其他物種中相應位點的情況。同時，我們能看出miRNA種子序列在UTR中的位置，保守的種子序列區會以白色高亮顯示。這就是該位點詳細的信息，包括miRNA種子區在該區域的位點，位點中間的序列，位點的種類及位點評分信息。context++score評分越低，位點是靶點的概率越大，此外，percentile就是score的換算，數值越接近100，位點是真正靶點的概率越大。
Part2：Conserved
這一部分會顯示位置與Predicted consequential pairing of target region (top) and miRNA (bottom)預測的目標區域（頂部）和miRNA（底部）的配對情況、類型、上下文++得分及其百分比等內容。
這個表格如果想下載也是沒有問題的。點擊Site type，呈現結果：
7mer-m8：與成熟miRNA的2-8位（種子+ 8位）完全匹配
7mer-A1：與成熟miRNA（種子）的2-7位完全匹配，後跟「 A」
點擊Context++ score 會出現14個打分功能維度：
如果回到點擊View table of miRNA sites，將顯示PTEN的UTR上的可能的所有miRNA。點擊任一miRNA後，回到UTR頁面。最後兩列是每個miRNA總體評分情況：total context++score代表所有的這個miRNA的評分加和。加和越小，miRNA以這個蛋白為靶點的概率越高。aggregate Pct代表的是總體的miRNA位點的保守情況。
以上就是TargetScan預測miRNA靶基因的主要內容啦，如果寫文章使用了該資料庫，可以對以下文獻進行引用：
To reference information from this database, please cite one of the following papers:Agarwal V, Bell GW, Nam J, Bartel DP. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs. eLife, 4:e05005, (2015)